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万見
- PDB-4s35: AMPPCP and TMP bound Crystal structure of thymidylate kinase (aq_... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s35
タイトルAMPPCP and TMP bound Crystal structure of thymidylate kinase (aq_969) from Aquifex Aeolicus VF5
要素Thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / ATP binding / TMP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dTMP kinase / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTMP kinase activity / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Biswas, A. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of a hyperthermophilic thymidylate kinase enzyme reveal conformational substates along the reaction coordinate.
著者: Biswas, A. / Shukla, A. / Chaudhary, S.K. / Santhosh, R. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.
履歴
登録2015年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,71813
ポリマ－44,8062
非ポリマー1,91211
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.479, 62.615, 73.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 22402.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_969, tmk / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O67099, dTMP kinase

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非ポリマー , 6種, 365分子

#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1 NaAcetate pH 5.4, 0.2 M MgFormate,10 mM dTMP, 10mM AMP-PCP, 10 mM MgCl2, 20% Glycerol as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: RH Coated Bent-Cyrindrical MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 390513 / Num. obs: 54781 / % possible obs: 98.61 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 33.59
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 9.376 / Num. unique all: 5025 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2PBR

2pbr


解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.2 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17413 2809 5.1 %RANDOM
Rwork0.14632 ---
obs0.14778 51970 98.6 %-
all-390513 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å2-0.13 Å2
2--1.39 Å2-0 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3071 0 117 354 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0193345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4732.054542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02637673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1075417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.42324.429140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15715641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2231523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6751.2781588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6741.2771587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4541.9171989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4541.9191990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5681.5011757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5631.5011757
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8482.1492539
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.46811.4584096
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.26510.823911
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 207 -
Rwork0.179 3389 -
obs--87.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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