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- PDB-5x8x: Crystal Structure of the mutant Human ROR gamma Ligand Binding Do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x8x
タイトルCrystal Structure of the mutant Human ROR gamma Ligand Binding Domain With Compound A.
要素
  • Nuclear receptor ROR-gamma
  • Nuclear receptor corepressor 2
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Inhibitor / Ternary Complex / Nuclear Receptor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-activated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-activated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / Notch binding / regulation of fat cell differentiation / : / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of glucose metabolic process / estrous cycle / lymph node development / adipose tissue development / nuclear retinoid X receptor binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / xenobiotic metabolic process / cerebellum development / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of miRNA transcription / HDACs deacetylate histones / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / circadian regulation of gene expression / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear matrix / HCMV Early Events / nuclear receptor activity / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-82O / RAR related orphan receptor C / Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Noguchi, M. / Nomura, A. / Murase, K. / Doi, S. / Yamaguchi, K. / Adachi, T.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2017
タイトル: Ternary complex of human ROR gamma ligand-binding domain, inverse agonist and SMRT peptide shows a unique mechanism of corepressor recruitment
著者: Noguchi, M. / Nomura, A. / Murase, K. / Doi, S. / Yamaguchi, K. / Hirata, K. / Shiozaki, M. / Hirashima, S. / Kotoku, M. / Yamaguchi, T. / Katsuda, Y. / Steensma, R. / Li, X. / Tao, H. / Tse, ...著者: Noguchi, M. / Nomura, A. / Murase, K. / Doi, S. / Yamaguchi, K. / Hirata, K. / Shiozaki, M. / Hirashima, S. / Kotoku, M. / Yamaguchi, T. / Katsuda, Y. / Steensma, R. / Li, X. / Tao, H. / Tse, B. / Fenn, M. / Babine, R. / Bradley, E. / Crowe, P. / Thacher, S. / Adachi, T. / Kamada, M.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年6月17日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor corepressor 2
C: Nuclear receptor ROR-gamma
D: Nuclear receptor corepressor 2
E: Nuclear receptor ROR-gamma
F: Nuclear receptor corepressor 2
G: Nuclear receptor ROR-gamma
H: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,32812
ポリマ－129,4178
非ポリマー1,9114
水1,26170
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8323
ポリマ－32,3542
非ポリマー4781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
2
C: Nuclear receptor ROR-gamma
D: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8323
ポリマ－32,3542
非ポリマー4781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
3
E: Nuclear receptor ROR-gamma
F: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8323
ポリマ－32,3542
非ポリマー4781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
4
G: Nuclear receptor ROR-gamma
H: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8323
ポリマ－32,3542
非ポリマー4781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.300, 72.600, 99.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVALAA266 - 4936 - 233
21SERSERVALVALCC266 - 4936 - 233
12SERSERVALVALAA266 - 4936 - 233
22SERSERVALVALEE266 - 4936 - 233
13LEULEULEULEUAA267 - 4897 - 229
23LEULEULEULEUGG267 - 4897 - 229
14ASNASNLEULEUBB2347 - 23582 - 13
24ASNASNLEULEUDD2347 - 23582 - 13
15ASNASNLEULEUBB2347 - 23582 - 13
25ASNASNLEULEUFF2347 - 23582 - 13
16ASNASNLEULEUBB2347 - 23582 - 13
26ASNASNLEULEUHH2347 - 23582 - 13
17SERSERVALVALCC266 - 4936 - 233
27SERSERVALVALEE266 - 4936 - 233
18LEULEULEULEUCC267 - 4897 - 229
28LEULEULEULEUGG267 - 4897 - 229
19THRTHRLEULEUDD2346 - 23581 - 13
29THRTHRLEULEUFF2346 - 23581 - 13
110THRTHRGLYGLYDD2346 - 23601 - 15
210THRTHRGLYGLYHH2346 - 23601 - 15
111LEULEULEULEUEE267 - 4897 - 229
211LEULEULEULEUGG267 - 4897 - 229
112THRTHRLEULEUFF2346 - 23581 - 13
212THRTHRLEULEUHH2346 - 23581 - 13

NCSアンサンブル:
ID
2
1
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 29754.301 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 261-518 / 変異: K469A,R473A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449, UniProt: G1RH57*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor corepressor 2 / N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone ...N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / T3 receptor-associating factor / TRAC / Thyroid- / retinoic-acid-receptor-associated corepressor


分子量: 2599.999 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2346-2367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOR2, CTG26 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q9Y618
#3: 化合物
ChemComp-82O / (3R,4R)-4-[4-cyclopropyl-5-[3-(2-methylpropyl)cyclobutyl]-1,2,4-triazol-3-yl]-N-(2,4-dimethylphenyl)-1-ethanoyl-pyrrolidine-3-carboxamide / N-(2,4-ジメチルフェニル)-3α-[5-[3β-(2-メチルプロピル)シクロブタン-1β-イル]-4-シクロプロ(以下略)


分子量: 477.642 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes pH6.9, 12% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.58
11-h,-k,l20.42
反射解像度: 2.6→29.3 Å / Num. obs: 33867 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2475 / CC1/2: 0.787 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L0L

3l0l


解像度: 2.6→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 8.438 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 1698 5.1 %RANDOM
Rwork0.19864 ---
obs0.20042 31889 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.673 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--38.74 Å2-0 Å2-1.7 Å2
2--61.97 Å20 Å2
3----23.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7819 0 140 70 8029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198122
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.97210943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6695957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.75823.163392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68151491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0541568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.1496.2123852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.0299.3044801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.9936.564270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.34932378
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A144160.08
12C144160.08
21A145540.09
22E145540.09
31A142480.07
32G142480.07
41B6040.17
42D6040.17
51B6240.1
52F6240.1
61B6180.13
62H6180.13
71C143940.09
72E143940.09
81C141940.08
82G141940.08
91D6440.13
92F6440.13
101D7360.13
102H7360.13
111E143440.08
112G143440.08
121F6500.11
122H6500.11
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.55 127 -
Rwork0.566 2304 -
obs--95.26 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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