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- PDB-5x8l: PD-L1 in complex with atezolizumab -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x8l

タイトル

PD-L1 in complex with atezolizumab

要素

Programmed cell death 1 ligand 1
atezolizumab heavy chain
atezolizumab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / complex / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Heo, Y.S. / Lee, H.T.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism of PD-1/PD-L1 blockade via anti-PD-L1 antibodies atezolizumab and durvalumab
著者: Lee, H.T. / Lee, J.Y. / Lim, H. / Lee, S.H. / Moon, Y.J. / Pyo, H.J. / Ryu, S.E. / Shin, W. / Heo, Y.S.

履歴

登録	2017年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x8l.cif.gz	1020.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x8l.ent.gz	861.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5x8l_validation.pdf.gz	548.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x8l_full_validation.pdf.gz	597.7 KB	表示
XML形式データ	5x8l_validation.xml.gz	91.1 KB	表示
CIF形式データ	5x8l_validation.cif.gz	124.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/5x8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/5x8l	HTTPS FTP

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関連構造データ

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#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
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#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

K: atezolizumab light chain

F: atezolizumab heavy chain

B: Programmed cell death 1 ligand 1

L: atezolizumab light chain

G: atezolizumab heavy chain

C: Programmed cell death 1 ligand 1

M: atezolizumab light chain

H: atezolizumab heavy chain

D: Programmed cell death 1 ligand 1

N: atezolizumab light chain

S: atezolizumab heavy chain

E: Programmed cell death 1 ligand 1

O: atezolizumab light chain

J: atezolizumab heavy chain

311 kDa, 15 ポリマー
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A: Programmed cell death 1 ligand 1

K: atezolizumab light chain

F: atezolizumab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62.2 kDa, 3 ポリマー
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B: Programmed cell death 1 ligand 1

L: atezolizumab light chain

G: atezolizumab heavy chain

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62.2 kDa, 3 ポリマー
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C: Programmed cell death 1 ligand 1

M: atezolizumab light chain

H: atezolizumab heavy chain

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D: Programmed cell death 1 ligand 1

N: atezolizumab light chain

S: atezolizumab heavy chain

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E: Programmed cell death 1 ligand 1

O: atezolizumab light chain

J: atezolizumab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.197, 169.793, 206.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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要素

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 14224.239 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 18-134 / 変異: Q47E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 抗体	atezolizumab light chain 分子量: 23386.951 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#3: 抗体	atezolizumab heavy chain 分子量: 24633.447 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG8000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 57608 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 6.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.1→29.921 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2558	2894	5.02 %
R_work	0.2076	-	-
obs	0.2101	57608	96.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20569	0	0	0	20569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	21082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.261	28639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.078	7491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	3209
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3645

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1001-3.1508	0.3512	144	0.2824	2519	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1508-3.2051	0.3317	139	0.2735	2547	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2051-3.2633	0.3923	148	0.2626	2547	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2633-3.326	0.2688	121	0.2638	2570	X-RAY DIFFRACTION	96
3.326-3.3938	0.2956	108	0.255	2593	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3938-3.4675	0.3384	131	0.2455	2490	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4675-3.548	0.2727	123	0.2358	2581	X-RAY DIFFRACTION	96
3.548-3.6366	0.3055	149	0.2387	2557	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6366-3.7348	0.2716	119	0.2418	2591	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7348-3.8444	0.2838	137	0.2304	2574	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8444-3.9683	0.287	135	0.2234	2566	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9683-4.1097	0.2754	145	0.2089	2599	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1097-4.2738	0.242	137	0.1857	2562	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2738-4.4677	0.2166	137	0.1737	2614	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4677-4.7024	0.2177	123	0.1603	2627	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7024-4.9958	0.1797	158	0.1636	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9958-5.3795	0.2204	140	0.1727	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3795-5.9171	0.2271	149	0.1875	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9171-6.7646	0.2303	148	0.2037	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7646-8.4903	0.2245	151	0.1965	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
8.4903-29.922	0.2232	152	0.176	2738	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3473	0.062	-0.4196	2.5599	0.5342	0.286	0.2982	-0.1024	0.6478	0.2742	0.1073	-0.7276	0.2728	0.5389	-0.1601	0.0734	-0.0312	0.0527	0.5731	-0.0211	0.3699	36.9602	9.6622	62.4905
2	2.4439	-1.2129	0.5144	3.4135	1.0288	1.7953	-0.2364	0.4692	0.7875	-0.7356	0.147	0.5323	-1.0369	0.6449	-0.0106	0.6823	-0.1532	-0.1079	0.4772	-0.0879	0.5628	37.2823	29.8027	62.2168
3	1.3229	-0.2212	0.0528	0.292	-0.4628	0.825	-0.2689	0.1276	-0.0761	-0.3205	0.2738	-0.205	-0.063	-0.3715	0.0667	0.404	0.0169	-0.0171	0.3775	-0.0411	0.375	28.7876	9.0836	56.2374
4	1.8903	0.5987	-0.3559	2.8797	0.5409	1.8852	-0.0419	0.1335	-0.4289	1.1729	-0.0528	0.1429	-0.0234	0.408	0.2472	0.4201	-0.0021	-0.0541	0.2738	0.0191	0.2989	24.0516	12.6114	64.8565
5	0.7187	0.2638	0.3951	0.7552	0.091	0.5823	-0.2434	-0.5053	0.2336	0.047	-0.1553	-0.0894	0.2788	0.0467	0.0938	0.4689	0.06	-0.0191	0.2737	-0.0982	0.5315	23.6329	18.9426	69.9653
6	0.9276	-0.2083	-1.1799	3.6667	-0.2236	1.7824	-0.3045	0.1067	0.2083	0.1983	-0.0213	0.1101	-0.4778	0.1301	-0.0503	0.602	0.0585	-0.1606	0.754	0.1575	0.634	16.9782	16.7983	64.8674
7	0.4042	0.0293	-0.4678	0.7404	0.0381	0.5209	0.0469	0.1878	0.0401	0.022	0.1962	0.4827	0.0016	-0.3636	-0.094	0.8199	0.2896	-0.1523	1.2498	0.1114	0.7612	21.765	29.1443	65.7108
8	3.9655	-1.1769	-2.0202	5.5267	1.923	3.5605	-0.0885	0.5969	0.4989	-0.7596	-0.0262	1.1236	-0.3944	-0.3535	0.0553	0.3611	0.058	-0.7948	0.7063	-0.0733	-2.3292	23.9513	19.1775	55.4402
9	1.7944	-0.2296	0.0405	0.4145	-0.0174	1.9476	0.1206	-0.4709	0.0639	-0.0012	-0.2015	-0.4741	-0.634	-0.1996	0.2023	0.26	-0.115	-0.0483	0.263	-0.0175	0.4523	28.0511	16.309	56.4938
10	1.4396	0.9097	-0.5133	3.8597	3.1274	3.8058	0.2764	0.0952	0.6682	-0.3872	-0.0141	1.3137	-0.9608	-0.0916	-0.0357	0.7024	0.0481	-0.1054	0.4382	-0.1242	0.3862	30.6497	31.785	66.591
11	0.6639	0.0014	0.2785	1.2146	0.4307	1.1747	-0.1495	0.0027	0.4661	0.1154	0.1562	-0.1634	-0.3006	0.2261	0.0705	0.3748	-0.1236	-0.0015	0.391	-0.0606	0.4387	33.2025	16.1431	67.4987
12	1.0431	0.451	-0.1864	0.9043	-0.3128	1.28	-0.2729	0.0624	-0.3478	-0.1553	0.6064	0.2287	0.287	-0.1442	-0.1495	0.4898	0.0322	-0.0101	0.3366	-0.0714	0.2474	14.7979	-19.8004	69.9413
13	1.0834	0.8739	-0.164	1.2096	0.2889	0.5889	-0.0366	-0.0456	-0.1443	-0.056	0.0099	0.125	0.0503	0.107	0.0433	0.1188	0.0409	-0.0125	0.2205	0.0074	0.1949	22.8039	-13.3239	69.5544
14	0.4962	-0.0555	-0.547	2.0886	-0.815	1.2118	-0.0817	-0.0288	-0.1995	0.0277	-0.3131	-0.5589	0.0355	0.2012	0.1943	0.3306	-0.0049	-0.065	0.3088	-0.028	0.4202	20.9893	-18.8768	76.0353
15	0.9171	0.1656	-0.138	1.371	-1.6331	1.7677	-0.8596	0.2587	-0.4105	1.1641	0.5113	1.1063	-0.8418	0.6718	-0.0428	-3.2552	1.9775	-1.5816	-0.5157	0.7437	-0.3707	15.154	-4.3114	67.954
16	0.6849	-0.334	0.5891	0.7968	-0.315	0.2688	0.32	-0.0618	0.1098	0.2501	-0.3525	0.0042	-0.0837	-0.2792	0.0595	0.4397	-0.1684	0.0602	0.3867	-0.0174	0.3728	3.5001	-30.8056	90.2008
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精密化 TLSグループ

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21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'K' and (resid 198 through 213 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 1 through 17 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 18 through 51 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 52 through 83 )
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 128 through 137 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 138 through 163 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resid 164 through 174 )
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resid 198 through 211 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 1 through 17 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 18 through 33 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 34 through 83 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 84 through 124 )
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 156 through 182 )
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55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 200 through 218 )
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57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'C' and (resid 27 through 38 )
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'C' and (resid 54 through 78 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'C' and (resid 79 through 84 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'C' and (resid 85 through 101 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'C' and (resid 102 through 119 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'C' and (resid 120 through 133 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'M' and (resid 1 through 75 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'M' and (resid 76 through 102 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'M' and (resid 103 through 122 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'M' and (resid 123 through 137 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'M' and (resid 138 through 150 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'M' and (resid 151 through 174 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'M' and (resid 175 through 190 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'M' and (resid 191 through 213 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'H' and (resid 18 through 83 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'H' and (resid 84 through 124 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'H' and (resid 125 through 148 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'H' and (resid 149 through 162 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'H' and (resid 163 through 182 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'H' and (resid 183 through 199 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'H' and (resid 200 through 218 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'D' and (resid 18 through 26 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'D' and (resid 27 through 35 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'D' and (resid 36 through 49 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'D' and (resid 50 through 67 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'D' and (resid 68 through 73 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'D' and (resid 74 through 81 )
86	X-RAY DIFFRACTION	86	chain 'D' and (resid 82 through 87 )
87	X-RAY DIFFRACTION	87	chain 'D' and (resid 88 through 95 )
88	X-RAY DIFFRACTION	88	chain 'D' and (resid 96 through 109 )
89	X-RAY DIFFRACTION	89	chain 'D' and (resid 110 through 119 )
90	X-RAY DIFFRACTION	90	chain 'D' and (resid 120 through 133 )
91	X-RAY DIFFRACTION	91	chain 'N' and (resid 1 through 75 )
92	X-RAY DIFFRACTION	92	chain 'N' and (resid 76 through 102 )
93	X-RAY DIFFRACTION	93	chain 'N' and (resid 103 through 129 )
94	X-RAY DIFFRACTION	94	chain 'N' and (resid 130 through 158 )
95	X-RAY DIFFRACTION	95	chain 'N' and (resid 159 through 174 )
96	X-RAY DIFFRACTION	96	chain 'N' and (resid 175 through 188 )
97	X-RAY DIFFRACTION	97	chain 'N' and (resid 189 through 198 )
98	X-RAY DIFFRACTION	98	chain 'N' and (resid 199 through 213 )
99	X-RAY DIFFRACTION	99	chain 'S' and (resid 1 through 33 )
100	X-RAY DIFFRACTION	100	chain 'S' and (resid 34 through 76 )
101	X-RAY DIFFRACTION	101	chain 'S' and (resid 77 through 124 )
102	X-RAY DIFFRACTION	102	chain 'S' and (resid 125 through 148 )
103	X-RAY DIFFRACTION	103	chain 'S' and (resid 149 through 162 )
104	X-RAY DIFFRACTION	104	chain 'S' and (resid 163 through 182 )
105	X-RAY DIFFRACTION	105	chain 'S' and (resid 183 through 199 )
106	X-RAY DIFFRACTION	106	chain 'S' and (resid 200 through 218 )
107	X-RAY DIFFRACTION	107	chain 'E' and (resid 18 through 26 )
108	X-RAY DIFFRACTION	108	chain 'E' and (resid 27 through 41 )
109	X-RAY DIFFRACTION	109	chain 'E' and (resid 42 through 59 )
110	X-RAY DIFFRACTION	110	chain 'E' and (resid 60 through 88 )
111	X-RAY DIFFRACTION	111	chain 'E' and (resid 89 through 95 )
112	X-RAY DIFFRACTION	112	chain 'E' and (resid 96 through 109 )
113	X-RAY DIFFRACTION	113	chain 'E' and (resid 110 through 119 )
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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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