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万見
- PDB-5x83: Structure of DCC FN456 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x83
タイトルStructure of DCC FN456 domains
要素(Netrin receptor DCC) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / DCC / Netrin-1 / axon guidance (軸索誘導)
機能・相同性
機能・相同性情報


dorsal/ventral axon guidance / spinal cord ventral commissure morphogenesis / anterior/posterior axon guidance / negative regulation of collateral sprouting / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / negative regulation of dendrite development / Netrin mediated repulsion signals / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand ...dorsal/ventral axon guidance / spinal cord ventral commissure morphogenesis / anterior/posterior axon guidance / negative regulation of collateral sprouting / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / negative regulation of dendrite development / Netrin mediated repulsion signals / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / DCC mediated attractive signaling / DSCAM interactions / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / axonal growth cone / 軸索誘導 / 軸索誘導 / postsynaptic density membrane / neuron migration / Schaffer collateral - CA1 synapse / 細胞接着 / transmembrane signaling receptor activity / negative regulation of neuron projection development / apoptotic process / 細胞膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Netrin receptor DCC
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.997 Å
データ登録者Finci, F.I. / Xiao, J. / Wang, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation of China (NSFC)81425009 中国
NIH grantHL48675 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of unliganded membrane-proximal domains FN4-FN5-FN6 of DCC
著者: Finci, L.I. / Zhang, J. / Sun, X. / Smock, R.G. / Meijers, R. / Zhang, Y. / Xiao, J. / Wang, J.H.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin receptor DCC
B: Netrin receptor DCC
C: Netrin receptor DCC
D: Netrin receptor DCC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7584
ポリマ－70,7584
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area31950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.459, 126.971, 57.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Netrin receptor DCC / / Colorectal cancer suppressor / Immunoglobulin superfamily DCC subclass member 1 / Tumor suppressor protein DCC


分子量: 12021.081 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 721-815 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCC, IGDCC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43146
#2: タンパク質 Netrin receptor DCC / / Colorectal cancer suppressor / Immunoglobulin superfamily DCC subclass member 1 / Tumor suppressor protein DCC


分子量: 23357.670 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 844-1043 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCC, IGDCC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43146
構成要素の詳細Entities 1 and 2 are genetically manipulated as one entire chain. Hence, the structure contains 2 ...Entities 1 and 2 are genetically manipulated as one entire chain. Hence, the structure contains 2 molecules. However, residues 816-843 are disordered in both molecules. Currently each molecule is split into 2 chains in this structure. N-terminal domains are assigned chain IDs A/C, and C-terminal domains are assigned chain IDs B/D. Author are not certain whether chains A/B or A/D (C/D or C/B) belongs to one molecule.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Phosphate Monobasic Monohydrate, 0.1M Potassium Phosphate Monobasic, 0.1M MES Monohydrate pH 6.5, 2.0M Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.997→50 Å / Num. obs: 14589 / % possible obs: 96.36 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 8.58
反射 シェル解像度: 2.997→3.05 Å / 冗長度: 5.9 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.997→42.142 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2778 716 4.91 %
Rwork0.2208 --
obs0.2237 14589 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.997→42.142 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4627 0 0 0 4627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5996461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9421739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9967-3.2280.35711470.26692800X-RAY DIFFRACTION98
3.228-3.55270.27911240.26752774X-RAY DIFFRACTION95
3.5527-4.06640.35641320.26892539X-RAY DIFFRACTION89
4.0664-5.12180.24891660.18012853X-RAY DIFFRACTION100
5.1218-42.14650.23131470.18822907X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.1646 Å / Origin y: -31.6489 Å / Origin z: 63.4535 Å
111213212223313233
T0.2416 Å20.0167 Å20.0296 Å2-0.3586 Å20.0072 Å2--0.2435 Å2
L0.2663 °20.1255 °2-0.1137 °2-1.8286 °2-0.0914 °2--0.2329 °2
S0.0336 Å °-0.002 Å °0.0261 Å °0.1453 Å °-0.0629 Å °0.157 Å °0.0248 Å °-0.0131 Å °0.0354 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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