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- PDB-2dgj: Crystal structure of EbhA (756-1003 domain) from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dgj
タイトルCrystal structure of EbhA (756-1003 domain) from Staphylococcus aureus
要素hypothetical protein ebhA
キーワードCELL ADHESION / helix-bundle / rod-like structure / adhesin
機能・相同性
機能・相同性情報


Ebh helix bundles repeating unit (S and A modules) / : / Domain of unknown function DUF1542 / Domain of Unknown Function (DUF1542) / Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / FIVAR domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...Ebh helix bundles repeating unit (S and A modules) / : / Domain of unknown function DUF1542 / Domain of Unknown Function (DUF1542) / Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / FIVAR domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Extracellular matrix-binding protein EbhA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Yao, M. / Kuroda, M. / Watanabe, N. / Ohta, T. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: A helical string of alternately connected three-helix bundles for the cell wall-associated adhesion protein Ebh from Staphylococcus aureus
著者: Tanaka, Y. / Sakamoto, S. / Kuroda, M. / Goda, S. / Gao, Y.-G. / Tsumoto, K. / Hiragi, Y. / Yao, M. / Watanabe, N. / Ohta, T. / Tanaka, I.
履歴
登録2006年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein ebhA
B: hypothetical protein ebhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4546
ポリマ－55,1092
非ポリマー3444
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein ebhA
ヘテロ分子

A: hypothetical protein ebhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4546
ポリマ－55,1092
非ポリマー3444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554-x+1/2,y+1/2,-z-1/21
Buried area1410 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26980 Å2
手法PISA
3
B: hypothetical protein ebhA
ヘテロ分子

B: hypothetical protein ebhA
ヘテロ分子

A: hypothetical protein ebhA
ヘテロ分子

A: hypothetical protein ebhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,90712
ポリマ－110,2194
非ポリマー6898
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation7_554-x+1/2,y+1/2,-z-1/21
Buried area6530 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area50260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.265, 161.848, 133.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein ebhA


分子量: 27554.725 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 2-249 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q931R6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M acetate, 2.3M ammonium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 20244 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0.6 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.7 % / Num. unique all: 1839 / Rsym value: 0.131 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
OASISV. 2004位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→19.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2600153.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1975 9.8 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 20173 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.572 Å2 / ksol: 0.389521 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.89 Å20 Å20 Å2
2---11.11 Å20 Å2
3---15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3629 0 20 280 3929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.59
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 311 10 %
Rwork0.267 2785 -
obs--90.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein_rep.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3ligand.paramligand.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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