[日本語] English
万見
- PDB-5x7e: Crystal structure of vitamin D hydroxylase cytochrome P450 105A1 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x7e
タイトルCrystal structure of vitamin D hydroxylase cytochrome P450 105A1 (R84A mutant) in complex with 1,25-dihydroxyvitamin D2
要素Vitamin D3 dihydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / METAL-BINDING / MONOOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D 1,25-hydroxylase / vitamin D3 metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7ZU / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Vitamin D3 dihydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseolus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
Model detailsCYP105A1 in complex with active form of vitamin D2
データ登録者Hayashi, K. / Yasuda, K. / Shiro, Y. / Sugimoto, H. / Sakaki, T.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Production of an active form of vitamin D2 by genetically engineered CYP105A1
著者: Yasuda, K. / Yogo, Y. / Sugimoto, H. / Mano, H. / Takita, T. / Ohta, M. / Kamakura, M. / Ikushiro, S. / Yasukawa, K. / Shiro, Y. / Sakaki, T.
履歴
登録2017年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 dihydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0373
ポリマ－44,9921
非ポリマー1,0452
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.409, 53.360, 139.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 dihydroxylase / CYP105A1 / Cytochrome P450-CVA1 / Cytochrome P450-SU1 / Vitamin D3 hydroxylase / VD3 hydroxylase


分子量: 44991.742 Da / 分子数: 1 / 変異: R84A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseolus (バクテリア)
遺伝子: cyp105A1, suaC / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P18326, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 還元型鉄- ...参照: UniProt: P18326, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 還元型鉄-硫黄タンパク質を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-7ZU / (1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(E,2R,5S)-5,6-dimethyl-6-oxidanyl-hept-3-en-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydr o-1H-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexane-1,3-diol / 1,25-dihydroxyvitamin D2


分子量: 428.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 % / Mosaicity: 0.59 °
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 / 詳細: 26% PEGMME 20000, 0.2 M NaCl, 0.1 M BisTris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 30958 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 89.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZBZ

2zbz


解像度: 1.9→17.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 3.426 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1563 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 29341 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3090 0 74 294 3458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6792.0254447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5735405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35723.472144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54315504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0231530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 103 -
Rwork0.206 1877 -
obs--87.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る