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万見
- PDB-5x6v: Crystal structure of human heteroheptameric complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6v
タイトルCrystal structure of human heteroheptameric complex
要素
  • (Ragulator complex protein ...) x 5
  • (Ras-related GTP-binding protein ...) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / Ragulator Rag GTPase complex / scaffold / roadblock / lysosome / mTOR signaling / cell growth
機能・相同性
機能・相同性情報


Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of PTEN gene transcription / MTOR signalling / Macroautophagy / Amino acids regulate mTORC1 / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux ...Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of PTEN gene transcription / MTOR signalling / Macroautophagy / Amino acids regulate mTORC1 / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / mTORC1-mediated signalling / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / endosome organization / fibroblast migration / lysosome localization / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / kinase activator activity / enzyme-substrate adaptor activity / azurophil granule membrane / endosomal transport / regulation of cell size / lysosome organization / Macroautophagy / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / regulation of receptor recycling / RAC2 GTPase cycle / response to amino acid / RAC3 GTPase cycle / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / cellular response to amino acid starvation / viral genome replication / negative regulation of autophagy / : / cholesterol homeostasis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of cell growth / cellular response to amino acid stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / MAP2K and MAPK activation / response to virus / positive regulation of protein localization to nucleus / GDP binding / late endosome / protein localization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / GTPase binding / late endosome membrane / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / lysosome / endosome membrane / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / membrane raft / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / GTP binding / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #190 / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 ...Beta-Lactamase - #190 / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / Ras-related GTP-binding protein C / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Yonehara, R. / Nada, S. / Nakai, T. / Nakai, M. / Kitamura, A. / Ogawa, A. / Nakatsumi, H. / Nakayama, K.I. / Li, S. / Standley, D.M. ...Yonehara, R. / Nada, S. / Nakai, T. / Nakai, M. / Kitamura, A. / Ogawa, A. / Nakatsumi, H. / Nakayama, K.I. / Li, S. / Standley, D.M. / Yamashita, E. / Nakagawa, A. / Okada, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the assembly of the Ragulator-Rag GTPase complex.
著者: Yonehara, R. / Nada, S. / Nakai, T. / Nakai, M. / Kitamura, A. / Ogawa, A. / Nakatsumi, H. / Nakayama, K.I. / Li, S. / Standley, D.M. / Yamashita, E. / Nakagawa, A. / Okada, M.
履歴
登録2017年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ragulator complex protein LAMTOR3
B: Ragulator complex protein LAMTOR2
C: Ragulator complex protein LAMTOR5
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
E: Ragulator complex protein LAMTOR1
F: Ras-related GTP-binding protein A
G: Ras-related GTP-binding protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6759
ポリマ－92,5937
非ポリマー822
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20820 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area33300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.099, 93.476, 125.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Ragulator complex protein ... , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13868.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHA4
#2: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13517.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2Q5
#3: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal ...Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5


分子量: 9622.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43504
#4: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VGL1
#5: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 13405.055 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 42-161 / Mutation: S98E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IAA8

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Ras-related GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 FG

#6: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein A / RagA / Adenovirus E3 14.7 kDa-interacting protein 1 / FIP-1


分子量: 15661.119 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 183-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L523
#7: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein C / RagC / GTPase-interacting protein 2 / TIB929


分子量: 15764.174 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 238-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rragc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99K70

-
非ポリマー , 3種, 350分子

#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, ammonium acetate, PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→125.45 Å / Num. obs: 57406 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 40.11 Å2 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X6U, 4ARZ

5x6u

4arz


解像度: 2.02→20.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2899 5.06 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 57304 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.8732 Å20 Å20 Å2
2--4.7533 Å20 Å2
3---7.1198 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.02→20.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6045 0 5 348 6398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.128339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2174SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes885HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6161HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion830SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7374SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 230 5.61 %
Rwork0.2329 3869 -
all0.2346 4099 -
obs--96.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0912-0.53650.55572.92970.30843.19570.16680.0438-0.2213-0.5442-0.02640.36060.5317-0.2876-0.14040.304-0.0359-0.0959-0.2091-0.004-0.164413.1121-30.05686.776
20.6342-0.34020.23322.52910.09821.97840.0161-0.03330.0175-0.2371-0.00170.1448-0.1183-0.2214-0.01440.18160.0399-0.022-0.0930.0159-0.133713.0978-6.918415.0475
30.58760.62150.29163.63950.05013.24740.0312-0.0062-0.06980.10610.0464-0.19290.35760.2276-0.07760.06730.0625-0.0024-0.0871-0.0001-0.097326.6708-26.863631.1628
41.7951.01970.12345.6433-0.60812.76610.1382-0.0863-0.54420.2131-0.10690.04680.5442-0.1097-0.03140.28780.03230.0168-0.24670.0565-0.127222.2409-47.861734.8069
50.6972-0.60740.4011.3961-0.97352.03660.20520.0398-0.1379-0.522-0.05920.080.5442-0.0212-0.1460.2076-0.0056-0.0386-0.2524-0.016-0.172319.1721-24.839513.0646
61.9907-1.0151-0.6692.85381.22546.7295-0.0327-0.00080.1660.3490.0847-0.0658-0.5442-0.1735-0.0520.00010.06970.0197-0.12190.0146-0.09873.914422.41088.8756
70.3315-0.1841-0.34731.3465-0.83284.3465-0.0018-0.07820.0025-0.05-0.0038-0.04130.3230.18310.0056-0.01410.0054-0.0072-0.040.0092-0.0913.10269.4834-9.4184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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