PDB-5x6d: Crystal structure of PrfA-DNA binary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x6d

タイトル

Crystal structure of PrfA-DNA binary complex

要素

DNA (28-MER)
DNA (29-MER)
Listeriolysin positive regulatory factor A

キーワード

DNA BINDING PROTEN/DNA / complex / DNA BINDING PROTEN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Wang, Y. / Feng, H. / Zhu, Y.L. / Gao, P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2017
タイトル: Structural insights into glutathione-mediated activation of the master regulator PrfA in Listeria monocytogenes
著者: Wang, Y. / Feng, H. / Zhu, Y. / Gao, P.

履歴

登録	2017年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb5x6d.ent.gz	653 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5x6d_validation.pdf.gz	520.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x6d_full_validation.pdf.gz	586.8 KB	表示
XML形式データ	5x6d_validation.xml.gz	60.9 KB	表示
CIF形式データ	5x6d_validation.cif.gz	83.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x6d	HTTPS FTP

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関連構造データ

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アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Listeriolysin positive regulatory factor A

B: Listeriolysin positive regulatory factor A

C: DNA (29-MER)

D: DNA (28-MER)

G: Listeriolysin positive regulatory factor A

H: Listeriolysin positive regulatory factor A

L: DNA (28-MER)

K: DNA (29-MER)

M: Listeriolysin positive regulatory factor A

N: Listeriolysin positive regulatory factor A

O: DNA (28-MER)

P: DNA (29-MER)

217 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Listeriolysin positive regulatory factor A

B: Listeriolysin positive regulatory factor A

C: DNA (29-MER)

D: DNA (28-MER)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.5 kDa, 4 ポリマー
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2

G: Listeriolysin positive regulatory factor A

H: Listeriolysin positive regulatory factor A

L: DNA (28-MER)

K: DNA (29-MER)

ソフトウェアが定義した集合体
72.5 kDa, 4 ポリマー
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3

M: Listeriolysin positive regulatory factor A

N: Listeriolysin positive regulatory factor A

O: DNA (28-MER)

P: DNA (29-MER)

ソフトウェアが定義した集合体
72.5 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.820, 96.443, 371.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Listeriolysin positive regulatory factor A / Listeriolysin positive regulatory protein / Listeriolysin regulatory protein / Pleitrophic ...Listeriolysin positive regulatory protein / Listeriolysin regulatory protein / Pleitrophic regulatory factor A / Positive regulatory factor A / PrfA / Transcriptional regulator 分子量: 27329.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: prfA, AJL40_05990, AJN46_04535, M643_11230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4TVQ0, UniProt: P22262*PLUS
#2: DNA鎖	DNA (29-MER) 分子量: 8972.807 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア)
#3: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8852.735 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, 15% PEG3350, 0.16M MgCl2, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.93→96.44 Å / Num. obs: 50839 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 13.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BGC

2bgc

解像度: 2.94→19.827 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2659	2467	4.95 %
R_work	0.2131	-	-
obs	0.2158	49838	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.94→19.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11504	3511	0	0	15015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.31	21959
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.326	5992
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2432
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2148

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.94-2.9964	0.4359	120	0.3753	2535	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9964-3.0573	0.3555	126	0.347	2612	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0573-3.1236	0.3597	122	0.3347	2446	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1236-3.1959	0.4034	123	0.3108	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1959-3.2755	0.3958	149	0.2833	2582	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2755-3.3637	0.3432	119	0.2734	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3637-3.4621	0.3182	133	0.2552	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4621-3.5733	0.3439	140	0.2463	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5733-3.7002	0.2839	129	0.2438	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7002-3.8473	0.303	125	0.2487	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8473-4.021	0.2732	147	0.232	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.021-4.2311	0.3045	156	0.2122	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2311-4.4933	0.2736	151	0.1912	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4933-4.8355	0.2531	126	0.1885	2598	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8355-5.3137	0.2515	149	0.1866	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3137-6.0632	0.2578	151	0.2032	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0632-7.5677	0.2665	150	0.2095	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5677-19.8275	0.1707	151	0.1533	2810	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6651	-0.1387	1.0804	0.9831	-0.0219	1.1622	0.0715	0.094	0.156	-1.2497	0.1915	0.8465	-0.2821	-0.5855	-0.0014	0.2376	0.2368	-0.0224	0.8925	0.2512	1.0669	-3.181	121.9397	366.0193
2	0.7444	-0.5706	-0.7245	2.3178	-0.5502	1.9292	-0.4042	1.4542	0.1602	-0.1492	0.21	-0.4247	0.4549	1.2556	-0.0182	1.1813	-0.1123	0.1349	1.1324	-0.0452	0.8342	10.6408	106.8762	362.6898
3	0.2095	0.5664	-0.0417	2.8761	0.2832	2.3684	0.3569	1.3395	0.2281	-0.7411	-0.3931	0.1768	2.4952	0.123	-0.0083	-0.146	-0.241	0.0353	0.7217	0.0701	0.8621	3.4762	108.4799	367.5435
4	0.0877	-0.0443	0.5271	1.4666	0.0617	1.1939	0.7308	-0.7167	0.7142	-1.2183	-0.2775	-0.5706	-0.0165	0.247	0.0029	0.7882	0.0357	0.1683	0.6365	-0.0864	0.8846	8.8044	97.9846	371.6883
5	1.9325	-0.3322	-1.3124	2.0708	-0.2627	5.3346	0.0357	0.7492	0.1795	-0.4636	-0.0989	0.1399	-0.3944	0.0319	-0.0004	0.3785	0.0405	-0.0732	0.6775	0.0318	0.7475	7.3818	115.7538	369.7344
6	-0.0512	-1.8102	0.3025	0.9926	-0.2059	2.5803	-0.5661	-0.5366	-0.0229	1.1786	1.3673	0.4656	-0.2778	-1.1697	0.0027	0.2701	-0.0558	-0.0762	0.588	0.0624	0.9116	1.4285	110.9378	382.197
7	4.6022	1.3697	2.5572	3.5581	0.8392	2.7322	0.24	0.2916	-0.3274	-0.1206	-0.2348	0.3983	0.8847	-0.9226	-0.001	0.9003	-0.2085	0.0021	0.7981	-0.0216	0.9174	-6.8357	92.0337	377.3223
8	0.3798	0.0292	0.2269	1.5252	0.1749	0.3461	0.5782	0.5791	0.1848	0.4003	-1.0192	-1.0597	-1.373	0.1329	0.0182	1.254	-0.3431	-0.2792	0.7177	-0.0279	1.4929	14.2385	127.7156	394.0097
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52	0.9408	0.7514	0.5065	0.7479	0.0482	0.1731	0.2886	0.0263	0.128	-1.0209	0.208	1.0356	-0.9066	0.0137	-0.0029	1.3793	0.141	-0.1257	1.0931	0.0537	0.8601	28.5336	67.8003	423.2489
53	0.5717	0.2946	-0.9747	0.7152	-0.0278	0.4298	-0.7364	2.0795	-0.92	-1.9907	-0.7321	0.1873	1.2545	0.3461	-0.0386	1.293	-0.808	-0.4172	1.9329	-0.3368	1.5187	18.6425	37.732	410.221
54	0.0119	0.0924	-0.0915	0.8543	-0.8309	1.1904	0.5494	0.5909	0.5429	-1.3868	-0.558	-0.3509	-0.8468	-1.9622	0.0097	1.326	-0.1517	-0.352	1.4287	0.0894	1.042	27.6735	54.9713	405.3337
55	1.7858	-0.7802	-1.8878	0.8901	0.5919	3.424	-0.1328	0.9442	-0.2246	-0.3299	0.3111	-0.2938	-0.3588	-0.145	0.0002	0.8856	-0.264	-0.1273	1.1744	0.011	0.7846	33.5774	49.2472	411.5436
56	-0.0147	-0.0449	-0.0871	-0.0082	-0.0416	0.2081	0.6693	0.7107	1.1037	-0.8881	-0.7033	0.7422	-0.424	-1.3879	0.0006	1.4382	0.0878	-0.3412	1.4452	0.2015	1.2267	22.5812	57.8924	417.3254
57	1.0514	-0.7127	0.614	0.7288	-0.1154	0.713	-0.4192	0.7034	-0.6687	-1.0272	-0.1537	0.8461	-0.4644	-0.8568	0.0004	1.1152	-0.1738	-0.1261	1.4304	-0.1209	1.1055	28.1552	45.2538	405.3437
58	0.9342	1.3701	0.4916	0.6468	0.249	4.7355	-0.3291	-0.0632	0.35	-0.0148	-0.0173	0.4258	0.3068	-0.6804	-0.003	0.781	-0.1347	-0.0439	0.912	-0.0801	0.9706	32.4009	45.4104	421.762
59	0.6254	0.813	-0.1209	0.6578	-0.1679	0.3653	-1.0038	1.4874	-1.2131	-2.3656	0.4967	0.0968	1.5601	-0.2467	-0.0155	1.4968	-0.1597	0.3258	1.0613	-0.0293	1.2373	47.5171	35.6263	408.399
60	1.1965	0.3911	-0.9254	1.9167	-0.556	1.2794	0.1151	1.0648	0.5036	-1.0577	-0.4219	-0.3252	-0.1864	1.1007	0.0003	1.2029	-0.2491	0.0757	1.2142	0.0765	0.9613	54.2856	50.7769	410.9332
61	0.5862	-0.0268	-0.7548	-0.0297	0.1571	0.6919	0.3775	0.5378	-1.0029	-1.5376	-0.1456	-0.8522	0.7088	0.8462	0.0421	1.4307	0.1186	0.1579	1.8064	0.0132	0.8462	55.9801	37.9719	410.4811
62	0.0527	1.0085	-0.3465	1.6515	-1.2443	1.1093	-0.0295	0.0272	-1.4826	-0.6133	-0.2659	-0.5628	0.9583	0.3714	0.0001	1.1509	-0.1665	0.0882	0.8977	0.0117	0.9411	45.2644	37.2128	424.7771
63	0.6905	0.4114	0.1465	0.5235	-0.2991	0.203	-0.1361	1.4209	-0.4967	-1.7924	1.0787	-0.4916	-2.933	0.6334	0.0008	2.3493	-0.5668	-0.1565	2.4299	-0.295	1.2048	54.8996	49.9187	388.328
64	1.5103	0.0051	-0.9649	0.3711	-0.4074	1.0842	0.173	-0.5912	0.4595	-0.7047	1.1832	-0.3336	-1.0498	1.9924	0	1.4239	-0.537	-0.0008	1.9655	-0.3525	1.1019	63.5779	61.0914	420.48
65	0.9253	-0.6244	0.9652	0.7603	-0.3418	1.0479	1.4666	-0.3326	0.1888	2.1129	0.1612	0.0094	0.9539	-0.1338	0.0024	2.3037	-0.5639	0.2203	2.4812	-0.0869	1.1132	55.03	70.5325	451.427
66	-0.007	0.0153	-0.0541	-0.0048	0.0004	0.0915	1.026	-0.5084	-0.4415	3.1326	-0.7582	-0.4965	0.0206	-0.4242	0.0092	3.02	-0.3359	0.2081	3.0317	0.143	1.1727	55.9581	67.8005	460.6174
67	2.5178	-2.0149	1.1221	2.0606	0.3166	1.3793	-0.6461	-2.009	0.1941	-0.5378	1.0928	-0.2049	1.612	1.4764	0.0016	1.8519	-0.665	0.2209	2.1801	-0.079	1.1473	59.176	69.2008	439.2291
68	1.1831	-0.5764	-0.8412	2.5782	-0.5318	0.5227	0.4598	0.0619	-0.0288	-0.5966	0.8129	-0.9563	-1.6541	1.9864	0.0014	1.5057	-0.5179	0.0609	1.9042	-0.2387	0.9962	62.3091	60.8914	414.1313
69	0.3974	0.5012	-0.2745	1.3518	-0.3109	0.117	-0.026	-1.191	-0.0546	-2.4077	-0.1827	-0.3001	-1.0988	-0.8228	-0.0176	2.4497	-0.2654	-0.3097	2.1353	-0.4186	1.2768	56.6084	47.3141	391.3124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 64 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 65 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 110 through 135 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 136 through 237 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 15 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 16 through 56 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 57 through 70 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 71 through 90 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 91 through 109 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 110 through 136 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 137 through 153 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 154 through 170 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 171 through 182 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 183 through 210 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 211 through 237 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 1 through 7 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 8 through 16 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 17 through 29 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 2 through 14 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 15 through 29 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 3 through 23 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 24 through 51 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 52 through 64 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 65 through 109 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 110 through 135 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 136 through 153 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 154 through 171 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 172 through 193 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 194 through 210 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 211 through 237 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 2 through 34 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 35 through 93 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 94 through 136 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 137 through 195 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 196 through 237 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'L' and (resid 2 through 6 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'L' and (resid 7 through 15 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 16 through 20 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 21 through 29 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'K' and (resid 1 through 10 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'K' and (resid 11 through 29 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'M' and (resid 3 through 36 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'M' and (resid 37 through 70 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'M' and (resid 71 through 109 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'M' and (resid 110 through 163 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'M' and (resid 164 through 195 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'M' and (resid 196 through 208 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'M' and (resid 209 through 218 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'M' and (resid 219 through 237 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'N' and (resid 2 through 23 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'N' and (resid 24 through 37 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'N' and (resid 38 through 70 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'N' and (resid 71 through 83 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'N' and (resid 84 through 98 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'N' and (resid 99 through 153 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'N' and (resid 154 through 170 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'N' and (resid 171 through 195 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'N' and (resid 196 through 210 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'N' and (resid 211 through 237 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'O' and (resid 1 through 8 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'O' and (resid 9 through 22 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'O' and (resid 23 through 29 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'P' and (resid 1 through 5 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'P' and (resid 6 through 12 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'P' and (resid 13 through 22 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'P' and (resid 23 through 29 )

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新型コロナ情報

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