PDB-2bgc: PrfA-G145S, a constitutive active mutant of the Transcriptional R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bgc

タイトル

PrfA-G145S, a constitutive active mutant of the Transcriptional Regulator In L.monocytogenes

要素

PRFA

キーワード

TRANSCRIPTION / BACTERIAL INFECTION / HUMAN PATHOGEN / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Eiting, M. / Hagelueken, G. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: The Mutation G145S in Prfa, a Key Virulence Regulator of Listeria Monocytogenes, Increases DNA-Binding Affinity by Stabilizing the Hth Motif
著者: Eiting, M. / Hagelueken, G. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W.

履歴

登録	2004年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2bgc.ent.gz	316.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2bgc_validation.pdf.gz	531 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bgc_full_validation.pdf.gz	572.6 KB	表示
XML形式データ	2bgc_validation.xml.gz	71 KB	表示
CIF形式データ	2bgc_validation.cif.gz	96.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/2bgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/2bgc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2beoC 1omiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lrr-1 5lrr-2 1og5-2 4zf6-d 5x23-d 6hpu-1 4rui-6 4ejj-1 6hhj-d 5lrr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (6) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (2) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (6)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (2)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (2)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PRFA

B: PRFA

D: PRFA

E: PRFA

F: PRFA

G: PRFA

H: PRFA

I: PRFA

ヘテロ分子

220 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PRFA

B: PRFA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55 kDa, 2 ポリマー
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2

D: PRFA

E: PRFA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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3

F: PRFA

G: PRFA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55 kDa, 2 ポリマー
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4

H: PRFA

I: PRFA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.247, 100.243, 189.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.33, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PRFA 分子量: 27430.500 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア) 株: EGD-E / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P22262
#2: 化合物	ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FUNCTION: POSITIVE REGULATION OF THE EXPRESSION OF LISTERIOLYSIN, OF 1-PHOSPHADIDYLINOSITOL ...FUNCTION: POSITIVE REGULATION OF THE EXPRESSION OF LISTERIOLYSIN, OF 1-PHOSPHADIDYLINOSITOL PHOSPHODIESTERASE (PI-PLC) AND OTHER VIRULENCE FACTORS ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A, B, D, E, F, G, H, I GLY 145 TO SER
配列の詳細	THE PRFA-CONSTRUCTS WERE DESIGNED WITH AN N-TERMINAL HIS-TAG. THEREFORE THE CLONING SEQUENCE STARTS ...THE PRFA-CONSTRUCTS WERE DESIGNED WITH AN N-TERMINAL HIS-TAG. THEREFORE THE CLONING SEQUENCE STARTS WITH GLY-SER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化	pH: 6.9 詳細: 12 % (W/V) PEG 8000 100 MM NA-MES PH 6.9 300 MM NA-ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 89772 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OMI

1omi

解像度: 2.3→182.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 17.311 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	4648	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.199	88472	95.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.5 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	-2.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→182.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15239	0	16	389	15644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	15599
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	1.963	21067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.908	3	32538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.159	5	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.769	25.391	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.699	15	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.139	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	16963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	12571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	7175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	8209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.254	2	9753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.54	2	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.302	3	15009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.968	2	7176
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.912	3	6058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	335	-
R_work	0.261	6505	-
obs	-	-	96.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8067	-0.0252	-0.3199	2.5931	0.5954	0.7658	-0.011	-0.0374	-0.0278	-0.5681	-0.256	0.5482	-0.1938	-0.0337	0.2669	0.0047	0.0456	-0.187	-0.0765	-0.0797	0.0441	14.4091	89.3648	61.391
2	3.7264	-1.7833	-0.9719	3.8377	1.8813	3.2534	-0.3406	-0.2107	-0.6276	0.6534	-0.4186	1.2367	0.501	-0.636	0.7592	-0.1816	-0.1406	0.2229	0.0002	-0.1057	0.3579	4.2494	75.2585	78.0981
3	0.6509	-0.018	0.5209	1.2716	0.354	0.8971	0.007	0.0023	0.0295	0.0168	-0.0176	-0.0429	-0.0019	0.1137	0.0106	-0.0586	-0.0058	0.0011	-0.0016	0.0098	-0.0551	32.75	88.6935	76.2954
4	1.0975	-0.2255	1.0541	3.1313	-0.0717	1.6555	0.1401	0.1378	-0.0527	0.0424	0.0585	-0.1181	0.1704	0.2315	-0.1986	-0.0146	0.0534	-0.0316	-0.0509	-0.0373	-0.0676	35.3826	66.2833	67.9667
5	1.5469	0.3718	-0.473	0.815	0.0393	1.9041	0.0179	0.0399	-0.1618	-0.0208	0.083	0.0017	0.2042	-0.2772	-0.1009	-0.0977	-0.0295	-0.0277	-0.0186	0.0146	-0.0159	14.8644	59.1217	15.4925
6	9.848	-1.3997	-4.639	1.9196	-0.3344	4.4806	-0.3389	-0.0373	-0.6346	0.0373	-0.1419	0.3628	-0.102	-0.2945	0.4808	-0.2441	0.0857	0.0811	0.101	-0.0733	-0.0444	2.9268	68.6464	34.9161
7	0.7235	0.3226	0.1004	0.8842	-0.3289	1.6965	0.0164	0.0808	-0.0413	0.0693	0.0177	-0.0209	-0.1647	0.064	-0.0341	-0.0582	-0.0018	0.0037	-0.0277	-0.0133	-0.0532	29.7751	76.8402	19.1741
8	1.013	0.1844	-0.0209	0.9397	-0.1696	2.0012	-0.1194	-0.0757	-0.0988	-0.0601	0.0777	-0.1507	-0.1337	0.1359	0.0417	0.0024	-0.0266	0.0095	-0.0374	-0.0055	-0.0738	36.6151	64.117	38.4806
9	0.9242	0.1555	0.1518	2.5019	0.5857	0.8573	0.0008	0.0364	0.0391	0.5391	-0.2483	0.4869	0.2073	-0.0955	0.2475	-0.0042	-0.0545	0.1626	-0.0556	-0.0897	0.0329	14.5842	11.0638	33.4366
10	2.8913	1.6203	0.7697	3.014	1.3341	2.8182	-0.403	0.2565	0.5729	-0.5314	-0.2808	1.1222	-0.3562	-0.6515	0.6838	-0.2103	0.1307	-0.2425	0.0149	-0.1003	0.3673	4.4919	25.0327	16.6735
11	0.6706	-0.0483	-0.4175	1.4394	0.324	0.9193	0.0248	0.0038	-0.0343	-0.0331	-0.0314	-0.0602	-0.0173	0.1134	0.0066	-0.0572	-0.0034	0.0104	0.0058	0.002	-0.068	33.113	11.6705	18.5358
12	0.7937	0.2128	-1.0283	2.6337	-0.1028	2.023	0.1364	-0.157	0.0229	-0.0616	0.0544	-0.1072	-0.1789	0.2572	-0.1908	-0.0157	-0.0497	0.0312	-0.0278	-0.0382	-0.0623	35.6195	34.0039	26.8199
13	1.6561	-0.4701	0.1733	0.9504	-0.1934	1.7294	0.0263	-0.0375	0.1797	0.0112	0.0609	0.0267	-0.1888	-0.2724	-0.0873	-0.0843	0.0221	0.0292	-0.0188	0.0176	-0.0364	14.4931	41.2068	79.2749
14	12.1086	0.4659	3.4094	4.0115	0.0581	2.9425	-0.2051	0.2617	0.6418	-0.0228	-0.2777	0.4096	0.2533	-0.5432	0.4828	-0.2424	-0.0749	-0.093	0.0569	-0.0475	-0.0302	2.849	31.7097	59.7087
15	0.5895	-0.2863	-0.0032	0.7069	-0.3323	1.6635	0.0338	-0.1085	0.0113	-0.087	0.0339	-0.0087	0.2038	0.0279	-0.0677	-0.0441	-0.0029	0.0049	-0.0187	-0.0091	-0.0502	29.4663	23.5235	75.6047
16	0.5442	-0.3163	0.3662	1.1785	0.1855	1.8823	-0.1504	0.1037	0.087	0.0623	0.0491	-0.1718	0.1924	0.0934	0.1013	-0.0019	0.0153	0.0006	-0.0202	0.0069	-0.0665	36.4942	36.266	56.2933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	139 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	139 - 237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	3 - 138
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	139 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	2 - 138
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	139 - 237
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	2 - 138
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	139 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	G	3 - 138
12	X-RAY DIFFRACTION	12	G	139 - 237
13	X-RAY DIFFRACTION	13	H	3 - 138
14	X-RAY DIFFRACTION	14	H	139 - 235
15	X-RAY DIFFRACTION	15	I	2 - 138
16	X-RAY DIFFRACTION	16	I	139 - 237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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