PDB-5x66: Human thymidylate synthase in complex with dUMP and methotrexate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x66

タイトル

Human thymidylate synthase in complex with dUMP and methotrexate

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Chen, D. / Jansson, A. / Larsson, A. / Nordlund, P.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of human thymidylate synthase reveal a site that may control conformational switching between active and inactive states
著者: Chen, D. / Jansson, A. / Sim, D. / Larsson, A. / Nordlund, P.

履歴

登録	2017年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x66.cif.gz	374.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x66.ent.gz	305.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x66_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x66_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	5x66_validation.xml.gz	78.1 KB	表示
CIF形式データ	5x66_validation.cif.gz	104 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x4wC 5x4xC 5x4yC 5x5aC 5x5dC 5x5qC 5x67C 5x69C 1i00S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r2e-4 1hvy-2 5x69-1 1hvy-1 6pf5-1 6pf4-2 6r2e-2 6f6z-d 6pf3-2 5x69-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

204 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.198, 109.198, 317.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	A	A	26 - 313	3 - 290
2	1	VAL	VAL	B	B	26 - 313	3 - 290
1	2	VAL	VAL	A	A	26 - 313	3 - 290
2	2	VAL	VAL	C	C	26 - 313	3 - 290
1	3	VAL	VAL	A	A	26 - 313	3 - 290
2	3	VAL	VAL	D	D	26 - 313	3 - 290
1	4	MET	MET	A	A	26 - 311	3 - 288
2	4	MET	MET	E	E	26 - 311	3 - 288
1	5	VAL	VAL	A	A	26 - 313	3 - 290
2	5	VAL	VAL	F	F	26 - 313	3 - 290
1	6	VAL	VAL	B	B	26 - 313	3 - 290
2	6	VAL	VAL	C	C	26 - 313	3 - 290
1	7	VAL	VAL	B	B	26 - 313	3 - 290
2	7	VAL	VAL	D	D	26 - 313	3 - 290
1	8	MET	MET	B	B	26 - 311	3 - 288
2	8	MET	MET	E	E	26 - 311	3 - 288
1	9	VAL	VAL	B	B	26 - 313	3 - 290
2	9	VAL	VAL	F	F	26 - 313	3 - 290
1	10	VAL	VAL	C	C	26 - 313	3 - 290
2	10	VAL	VAL	D	D	26 - 313	3 - 290
1	11	MET	MET	C	C	26 - 311	3 - 288
2	11	MET	MET	E	E	26 - 311	3 - 288
1	12	VAL	VAL	C	C	26 - 313	3 - 290
2	12	VAL	VAL	F	F	26 - 313	3 - 290
1	13	MET	MET	D	D	26 - 311	3 - 288
2	13	MET	MET	E	E	26 - 311	3 - 288
1	14	VAL	VAL	D	D	26 - 313	3 - 290
2	14	VAL	VAL	F	F	26 - 313	3 - 290
1	15	MET	MET	E	E	26 - 311	3 - 288
2	15	MET	MET	F	F	26 - 311	3 - 288

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase 分子量: 33254.125 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 26-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 934 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100mM sodium calcodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 119969 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 642721

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	5.9	0.445	11184	0.848	1	86.8
2.07-2.15	5.7	0.337	11214	0.881	1	86.7
2.15-2.25	5.4	0.257	11261	0.9	1	87.2
2.25-2.37	5	0.191	11523	0.935	1	89.1
2.37-2.52	4.7	0.155	11879	0.979	1	91.5
2.52-2.71	4.5	0.131	12336	0.979	1	94.9
2.71-2.99	4.3	0.102	12588	1.028	1	96.1
2.99-3.42	4.3	0.078	12602	1.149	1	96
3.42-4.31	5.1	0.067	12556	1.396	1	94.5
4.31-30	8.6	0.062	12826	1.132	1	92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I00

1i00

解像度: 1.99→25.178 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.527 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2379	6034	5 %	RANDOM
R_work	0.2008	-	-	-
obs	0.2027	113847	91.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.74 Å² / B_iso mean: 28.071 Å² / B_iso min: 11.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.99→25.178 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13849	0	318	934	15101
B_iso mean	-	-	38.98	33.32	-
残基数	-	-	-	-	1727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	14554
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.872	1.984	19730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.025	3	31257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.603	5	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.694	23.333	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.506	15	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.857	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	16389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3495

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19276	0.04
1	2	B	19276	0.04
2	1	A	19178	0.05
2	2	C	19178	0.05
3	1	A	18948	0.06
3	2	D	18948	0.06
4	1	A	18822	0.06
4	2	E	18822	0.06
5	1	A	18956	0.06
5	2	F	18956	0.06
6	1	B	19040	0.06
6	2	C	19040	0.06
7	1	B	18940	0.07
7	2	D	18940	0.07
8	1	B	18830	0.06
8	2	E	18830	0.06
9	1	B	18922	0.06
9	2	F	18922	0.06
10	1	C	18904	0.07
10	2	D	18904	0.07
11	1	C	18806	0.06
11	2	E	18806	0.06
12	1	C	18896	0.07
12	2	F	18896	0.07
13	1	D	19018	0.05
13	2	E	19018	0.05
14	1	D	19024	0.06
14	2	F	19024	0.06
15	1	E	18850	0.05
15	2	F	18850	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.994→2.046 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	411	-
R_work	0.276	7609	-
all	-	8020	-
obs	-	-	83.92 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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