PDB-5x62: Crystal structure of a carnosine N-methyltransferase bound by AdoHcy

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x62

タイトル

Crystal structure of a carnosine N-methyltransferase bound by AdoHcy

要素

Carnosine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / SAM / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Histidine catabolism / carnosine N-methyltransferase / carnosine N-methyltransferase activity / carnosine metabolic process / protein methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.204 Å

データ登録者

Xie, W. / Liu, X.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Substrate Recognition Mechanism of the Putative Yeast Carnosine N-methyltransferase
著者: Liu, X. / Wu, J. / Sun, Y. / Xie, W.

履歴

登録	2017年2月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x62.cif.gz	162.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x62.ent.gz	131.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x62_validation.pdf.gz	998.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x62_full_validation.pdf.gz	1004 KB	表示
XML形式データ	5x62_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	5x62_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4o13-d 5yf2-d 2wjx-2 2xlp-2 5zhq-d 5g5t-d 1zc2-d 4v98-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carnosine N-methyltransferase

B: Carnosine N-methyltransferase

ヘテロ分子

93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.537, 72.902, 175.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carnosine N-methyltransferase 分子量: 46126.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YNL092W, N2227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53934, carnosine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 30-35% PEG 400, 0.1 M NaOAc, 0.1 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 47093 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 4653 / CC_1/2: 0.667 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.204→38.443 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2428	2377	5.06 %
R_work	0.2041	-	-
obs	0.206	46985	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.204→38.443 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5872	0	53	212	6137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.91	8245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.052	3599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	911
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1058

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2044-2.2494	0.2805	146	0.2636	2489	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2494-2.2983	0.273	133	0.2518	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2983-2.3518	0.2983	144	0.2493	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3518-2.4106	0.2955	130	0.2408	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4106-2.4757	0.2691	134	0.2285	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4757-2.5486	0.2607	134	0.2204	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5486-2.6308	0.2837	150	0.2199	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6308-2.7248	0.2778	144	0.2241	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7248-2.8339	0.2366	164	0.2047	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8339-2.9628	0.2574	137	0.1988	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9628-3.1189	0.2456	148	0.2027	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1189-3.3143	0.2461	143	0.1977	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3143-3.57	0.2639	125	0.1937	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.9289	0.2312	128	0.1872	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9289-4.4967	0.2074	127	0.1802	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4967-5.6625	0.232	127	0.2001	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6625-38.4488	0.224	163	0.2102	2803	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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