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- PDB-5x3h: The Y81G mutant of the UNG crystal structure from Nitratifractor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x3h
タイトルThe Y81G mutant of the UNG crystal structure from Nitratifractor salsuginis
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / uracil DNA glycosylase / base excision repair
機能・相同性base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / uracil DNA N-glycosylase activity / Uracil-DNA glycosylase
機能・相同性情報
生物種Nitratifractor salsuginis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xie, W. / Chen, R. / Cao, W. / Zhang, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Fundamental Research Funds for the Central Universities16lgjc76 中国
the Science and Technology Program of Guangzhou201504010025 中国
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: An unconventional family 1 uracil DNA glycosylase in Nitratifractor salsuginis.
著者: Li, J. / Chen, R. / Yang, Y. / Zhang, Z. / Fang, G.C. / Xie, W. / Cao, W.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7982
ポリマ－60,7982
非ポリマー00
水43224
1
A: Uracil-DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3991
ポリマ－30,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uracil-DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3991
ポリマ－30,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.414, 114.763, 55.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase


分子量: 30398.912 Da / 分子数: 2 / 変異: Y81G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratifractor salsuginis (strain DSM 16511 / JCM 12458 / E9I37-1) (バクテリア)
株: DSM 16511 / JCM 12458 / E9I37-1 / 遺伝子: Nitsa_0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6WYZ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG3350 ?0.1 M HEPES pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16628 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 1623 / CC1/2: 0.92 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X3G

5x3g


解像度: 2.5→39.9 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 737 4.47 %
Rwork0.2117 --
obs0.214 16470 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3837 0 0 24 3861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0015336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7022365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.69090.38931330.26893043X-RAY DIFFRACTION95
2.6909-2.96170.31261360.27193221X-RAY DIFFRACTION100
2.9617-3.390.30821820.24423113X-RAY DIFFRACTION100
3.39-4.27030.26291550.19313201X-RAY DIFFRACTION99
4.2703-39.90.19651310.17833155X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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