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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x2s | ||||||
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タイトル | Direct Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglobin: Crystal Structure of Half-Liganded Hemoglobin after Adding 4 mM bezafibrate pH 6.5. | ||||||
![]() | (Hemoglobin subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Hemoglobin / Allostery / Allosteric proteins / Oxygen binding / Bezafibrate | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ohki, M. / Park, S.-Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Direct observation of conformational population shifts in crystalline human hemoglobin. 著者: Shibayama, N. / Ohki, M. / Tame, J.R.H. / Park, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 681.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 572.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 84.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Hemoglobin subunit ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 49分子 ![](data/chem/img/HNI.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/PEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/PEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-HNI / #4: 化合物 | ChemComp-HEM / #5: 化合物 | ChemComp-PEM / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.7 / 詳細: 17%(w/v) PEG 3350, pH 7.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 65188 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 63.46 Å2 / Net I/σ(I): 12.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.39→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.663 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.58 / SU Rfree Blow DPI: 0.304 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.316
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原子変位パラメータ | Biso mean: 78.95 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.43 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.39→34.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.39→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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