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- PDB-5x21: Crystal structure of Thermus thermophilus transcription initiatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x21
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus transcription initiation complex with GpA and pseudouridimycin (PUM)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • (promoter DNA ...) x 2
  • RNA (5'-R(*GP*A)-3')
  • RNA polymerase sigma factor SigA
キーワードTRANSFERASE/DNA / Transcription / RNA polymerase / transcription inhibition / nucleoside-analog inhibitor / pseudouridimycin / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PUM / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.323 Å
データ登録者Zhang, Y. / Ebright, R.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Antibacterial Nucleoside-Analog Inhibitor of Bacterial RNA Polymerase.
著者: Maffioli, S.I. / Zhang, Y. / Degen, D. / Carzaniga, T. / Del Gatto, G. / Serina, S. / Monciardini, P. / Mazzetti, C. / Guglierame, P. / Candiani, G. / Chiriac, A.I. / Facchetti, G. / ...著者: Maffioli, S.I. / Zhang, Y. / Degen, D. / Carzaniga, T. / Del Gatto, G. / Serina, S. / Monciardini, P. / Mazzetti, C. / Guglierame, P. / Candiani, G. / Chiriac, A.I. / Facchetti, G. / Kaltofen, P. / Sahl, H.G. / Deho, G. / Donadio, S. / Ebright, R.H.
履歴
登録2017年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: promoter DNA template strand
H: promoter DNA nontemplate strand
I: RNA (5'-R(*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,09718
ポリマ－444,3349
非ポリマー7639
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54920 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area141560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.790, 103.090, 296.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: rpoA / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: Q9Z9H6, UniProt: Q5SHR6*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72ID6, DNA-directed RNA polymerase

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Promoter DNA ... , 2種, 2分子 GH

#6: DNA鎖 promoter DNA template strand


分子量: 6464.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#7: DNA鎖 promoter DNA nontemplate strand


分子量: 8421.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FI

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 50739.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: sigA, rpoD, TT_C0164 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q72L95
#8: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*A)-3')


分子量: 629.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)

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非ポリマー , 4種, 44分子

#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 化合物 ChemComp-PUM / (1S)-1,4-anhydro-5-[(N-carbamimidoylglycyl-N~2~-hydroxy-L-glutaminyl)amino]-5-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-D-ribitol / pseudouridimycin


分子量: 486.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N8O9
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 % / 解説: rod
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.4, 200 mM potassium chloride, 50 mM magnesium chloride, 9.5% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 76928 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 60.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.068 / Net I/av σ(I): 8.35 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
3.3-3.363.40.6330.954187.4
3.36-3.423.40.570.998187.9
3.42-3.483.40.5020.986186.5
3.48-3.553.40.4381.021188.8
3.55-3.633.40.3580.988187.9
3.63-3.723.40.3081.015186.8
3.72-3.813.40.2750.994188.3
3.81-3.913.40.2541.065187.8
3.91-4.033.40.2031.073187.1
4.03-4.163.40.1811.094187.7
4.16-4.313.40.1631.11188.6
4.31-4.483.40.1421.059190.9
4.48-4.683.30.1391.173192.8
4.68-4.933.30.1271.106195.7
4.93-5.243.40.1291.069198.4
5.24-5.643.40.1331.103199.5
5.64-6.23.60.131.083199.8
6.2-7.13.70.1241.168199.9
7.1-8.933.70.1081.191100
8.93-403.50.091.023197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.323→39.668 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2802 1565 2.23 %
Rwork0.2319 --
obs0.233 70069 85.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODELf
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.323→39.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27667 987 42 35 28731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00229322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54239851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.94211375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0224484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3232-3.43040.4006450.34241944X-RAY DIFFRACTION27
3.4304-3.5530.38381060.33964952X-RAY DIFFRACTION68
3.553-3.69510.36711580.3226374X-RAY DIFFRACTION88
3.6951-3.86310.36811430.30116427X-RAY DIFFRACTION89
3.8631-4.06660.35631360.26946397X-RAY DIFFRACTION88
4.0666-4.32110.3171550.24436495X-RAY DIFFRACTION89
4.3211-4.65430.28141550.22376759X-RAY DIFFRACTION92
4.6543-5.12180.24981610.2067077X-RAY DIFFRACTION97
5.1218-5.86090.2781640.20847324X-RAY DIFFRACTION100
5.8609-7.37630.22891720.20767351X-RAY DIFFRACTION100
7.3763-39.67070.1851700.15927404X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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