[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5d4d: Crystal structure of Thermus thermophilus product complex for tra... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5d4d | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Thermus thermophilus product complex for transcription initiation with NAD and CTP | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | transcription/dna / RNA polymerase / transcription initiation / bacterial / NCIN / non-canonical initiating nucleotide / primer-dependent initiation / DNA / Single-Stranded / DNA-Directed RNA Polymerases / Gene Expression Regulation / Promoter Regions / Genetic / Protein Conformation / Sigma Factor / transcription-dna complex | |||||||||
Function / homology | ![]() sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhang, Y. / Ebright, R.H. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The mechanism of RNA 5' capping with NAD(+), NADH and desphospho-CoA. Authors: Bird, J.G. / Zhang, Y. / Tian, Y. / Panova, N. / Barvik, I. / Greene, L. / Liu, M. / Buckley, B. / Krasny, L. / Lee, J.K. / Kaplan, C.D. / Ebright, R.H. / Nickels, B.E. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 237.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 327.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5d4cC ![]() 5d4eC ![]() 4g7hS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 10 molecules ABKLCMDNEO
#1: Protein | Mass: 35056.164 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: Q9Z9H6, UniProt: Q5SHR6*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | Mass: 125436.539 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | Mass: 170997.391 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | Mass: 11533.316 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase |
---|
-Protein , 1 types, 2 molecules FP
#5: Protein | Mass: 50769.398 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: sigA, rpoD, TT_C0164 / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() ![]() |
---|
-DNA chain , 2 types, 4 molecules GRHS
#6: DNA chain | Mass: 5845.786 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #7: DNA chain | Mass: 8421.432 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 8 types, 915 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/C.gif)
![](data/chem/img/CTP.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/C5P.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/C.gif)
![](data/chem/img/CTP.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/C5P.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: Chemical | ChemComp-MG / #9: Chemical | ChemComp-ZN / #10: Chemical | ChemComp-C / | #11: Chemical | #12: Chemical | ChemComp-NAD / | #13: Chemical | ChemComp-C5P / | #14: Chemical | ChemComp-AMP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.17 % / Description: rod |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.4 Details: 100 mM Tris-HCl, pH 8.4, 200 mM potassium chloride, 50 mM magnesium chloride, 9.5% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 23, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 219058 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 48.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.132 / Rsym value: 0.119 / Χ2: 1.095 / Net I/av σ(I): 10.571 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 869839 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4G7H Resolution: 3→42.173 Å / FOM work R set: 0.8048 / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.59 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 170.1 Å2 / Biso mean: 31.84 Å2 / Biso min: 0.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→42.173 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|