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Yorodumi- PDB-5vo8: X-ray crystal structure of a bacterial reiterative transcription ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vo8 | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of a bacterial reiterative transcription complex of pyrG promoter | ||||||
Components |
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Keywords | transcription/DNA/RNA / Thermus thermophilus / RNA polymerase / reiterative transcription / holoenzyme / transcription-DNA-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Murakami, K.S. / Shin, Y. / Turnbough Jr, C.L. / Molodtsov, V. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: X-ray crystal structure of a reiterative transcription complex reveals an atypical RNA extension pathway. Authors: Murakami, K.S. / Shin, Y. / Turnbough, C.L. / Molodtsov, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vo8.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vo8.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vo8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/5vo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/5vo8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5voiC 4q4zS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 35056.164 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | | Mass: 125436.539 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | | Mass: 170997.391 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | | Mass: 11533.316 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules GH
#6: DNA chain | Mass: 6674.347 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Bacillus subtilis (bacteria) |
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#7: DNA chain | Mass: 8412.417 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Bacillus subtilis (bacteria) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules FI
#5: Protein | Mass: 48598.031 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SKW1 |
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#8: RNA chain | Mass: 2876.648 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermus thermophilus (bacteria) |
-Non-polymers , 3 types, 5 molecules
#9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-POP / | #11: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.1 M Tris-HCl (pH 8), 0.2M KCl, 50 mM MgCl2, 9.5 % PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→30 Å / Num. obs: 78332 / % possible obs: 94.2 % / Redundancy: 3.2 % / Net I/σ(I): 9.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4Q4Z Resolution: 3.3→29.883 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→29.883 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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