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- PDB-5x14: Crystal structure of Bacillus subtilis PadR in complex with ferul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x14
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis PadR in complex with ferulic acid
要素Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii strain W23 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Park, S.C. / Kwak, Y.M. / Song, W.S. / Hong, M. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of effector and operator recognition by the phenolic acid-responsive transcriptional regulator PadR
著者: Park, S.C. / Kwak, Y.M. / Song, W.S. / Hong, M. / Yoon, S.I.
履歴
登録2017年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0373
ポリマ－21,7511
非ポリマー2862
水3,189177
1
A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0746
ポリマ－43,5022
非ポリマー5734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8570 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.183, 76.001, 38.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 21750.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii strain W23 (バクテリア)
株: W23 / 遺伝子: padR, BSUW23_04210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0TW95
#2: 化合物 ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 10 mM ferulic acid, 22% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→30 Å / Num. obs: 24229 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 37.8
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.328

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X12

5x12


解像度: 1.68→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.674 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21424 1237 5.1 %RANDOM
Rwork0.18322 ---
obs0.18482 22962 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20 Å21.15 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.68→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1438 0 20 177 1635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.9892115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92732684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0885199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37424.11868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88415298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.076157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9081.5918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2741.5367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59321490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4913641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.924.5613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.681→1.725 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 95 -
Rwork0.281 1675 -
obs--97.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52250.3808-0.07294.4310.48191.6012-0.05610.0847-0.0326-0.45750.0308-0.28070.0962-0.00830.02520.0812-0.04130.01850.10030.00340.1199-19.168-25.3538.998
21.461-0.16470.26630.2632-0.0911.00840.00360.08-0.0122-0.0109-0.0147-0.004-0.09120.04360.01110.0302-0.0077-0.00870.03480.00860.07411.208-6.40414.091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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