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- PDB-5x06: DNA replication regulation protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x06
タイトルDNA replication regulation protein
要素
  • DNA polymerase III subunit beta
  • DnaA regulatory inactivator Hda
キーワードREPLICATION / DNA replication / RIDA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DnaA regulatory inactivator Hda, Enterobacteriaceae / DnaA regulatory inactivator Hda / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal ...DnaA regulatory inactivator Hda, Enterobacteriaceae / DnaA regulatory inactivator Hda / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Beta sliding clamp / DnaA regulatory inactivator Hda
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.237 Å
データ登録者Kim, J. / Cho, Y.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea funded by the Korea GovernmentNRF-2015R1A2A1A05001694 韓国
National Research Foundation of Korea funded by the Korea Government2012054226 韓国
National Research Foundation of Korea funded by the Korea Government20120008833 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Replication regulation protein
著者: Kim, J. / Cho, Y.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta
C: DNA polymerase III subunit beta
D: DNA polymerase III subunit beta
E: DnaA regulatory inactivator Hda
F: DnaA regulatory inactivator Hda
G: DnaA regulatory inactivator Hda
H: DnaA regulatory inactivator Hda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,72220
ポリマ－286,5488
非ポリマー2,17412
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22700 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area101600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.112, 149.542, 200.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
DNA polymerase III subunit beta


分子量: 42801.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: dnaN, Z5192, ECs4636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A990, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質
DnaA regulatory inactivator Hda


分子量: 28835.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: hda, Z3759, ECs3358 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69933

-
非ポリマー , 4種, 42分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris-Cl pH 7.0, 10.5% PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 10mM Trimethylamine-HCl, 1mM ADP, 5mM Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 103.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→50 Å / Num. obs: 49691 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 3.23→3.29 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.734 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2POL/3BOS

2pol

3bos


解像度: 3.237→40.593 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 2469 5.05 %
Rwork0.2257 --
obs0.2277 48864 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.237→40.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18098 0 136 30 18264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56525149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.94211313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2367-3.29890.39511440.34712402X-RAY DIFFRACTION93
3.2989-3.36620.38931430.32582565X-RAY DIFFRACTION100
3.3662-3.43940.34141390.30632499X-RAY DIFFRACTION98
3.4394-3.51930.31661420.29762575X-RAY DIFFRACTION98
3.5193-3.60730.31831540.29882540X-RAY DIFFRACTION99
3.6073-3.70480.34141400.28312541X-RAY DIFFRACTION98
3.7048-3.81370.33911210.26812567X-RAY DIFFRACTION98
3.8137-3.93670.26631350.24932572X-RAY DIFFRACTION98
3.9367-4.07730.28191390.23512543X-RAY DIFFRACTION99
4.0773-4.24040.27071350.2222571X-RAY DIFFRACTION99
4.2404-4.43310.2721370.20512605X-RAY DIFFRACTION99
4.4331-4.66650.22641300.18322620X-RAY DIFFRACTION100
4.6665-4.95840.22351280.18472606X-RAY DIFFRACTION100
4.9584-5.34050.22871400.20962637X-RAY DIFFRACTION100
5.3405-5.87650.28951470.23542629X-RAY DIFFRACTION100
5.8765-6.72350.30741150.24132691X-RAY DIFFRACTION100
6.7235-8.45830.23261390.20492682X-RAY DIFFRACTION99
8.4583-40.59590.21481410.19242550X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7001-3.9197-0.79554.27231.53034.6655-0.1409-0.0832-0.0709-0.0739-0.21390.30930.15720.2810.16360.5009-0.289-0.1630.7112-0.07340.7985-58.8631-55.9992-34.2544
23.0074-0.2808-1.42553.10680.11067.4601-0.4114-0.09750.04920.3387-0.08380.1249-0.31450.6990.40060.5465-0.1115-0.13020.6125-0.02980.6801-53.4756-52.9214-29.071
33.49412.2005-1.38753.3707-0.50513.10780.21390.20571.137-0.35490.33080.0211-0.66830.3487-0.18061.0234-0.40620.02571.07980.24341.0566-44.7987-43.2005-52.9217
42.52641.1732.65673.7843-0.2675.70360.44330.7648-1.4715-1.34010.89320.13131.12661.0539-0.6761.2903-0.01060.16421.4043-0.38370.9865-56.9816-91.0255-18.2827
53.9307-1.439-3.5679.4008-1.31537.9549-0.16290.164-0.4412-1.1301-0.20840.2120.8610.81540.07590.74420.08580.04540.9679-0.00920.5471-60.7108-81.1562-17.6632
62.0153.4549-2.10276.9295-2.23967.0828-0.0026-1.4970.3662.02420.4668-0.8860.07680.92360.1980.8980.1332-0.09931.4414-0.26020.9672-58.8373-76.0399-2.2495
75.62211.61040.16216.92160.81465.2559-0.2178-0.43820.10170.58040.14690.6994-0.5580.73380.05030.83310.0642-0.02080.9765-0.02390.5581-63.7975-73.346-9.3729
88.22880.4697-0.08575.83262.63237.5704-0.62590.040.1064-0.15610.70952.4562-0.7686-1.6420.23310.79250.2127-0.23150.6614-0.04851.1448-73.2474-68.25-14.4165
91.5254-1.21250.55862.8728-2.38693.0939-0.27640.40060.5212-2.2722-0.06951.5176-1.1237-0.76360.66021.1730.0051-0.20530.9717-0.13360.7867-67.4522-75.1544-25.9842
107.6754-2.5327-7.02669.61365.80978.9901-0.54972.29381.3939-3.4049-0.4634-1.6777-2.3092-0.2610.23862.0697-0.08020.4292.0031-0.59971.3815-65.7228-96.5981-32.3794
117.3655-6.0641-0.90579.0867-4.38452.0062-0.1601-0.40820.0116-0.70621.93411.81670.0197-2.3541-0.3781.7324-0.737-0.21441.28330.09981.1264-71.7688-99.1776-26.4909
126.28874.95892.45745.00912.54571.26460.9372-1.4372-0.80050.3251-0.8649-0.9945-0.613-0.78330.19521.3606-0.12950.33670.9522-0.07630.9941-69.4294-51.821254.2733
133.53821.35330.53159.8764-2.45597.45020.020.1274-0.4227-0.3017-0.3670.2125-0.32740.44980.43070.9391-0.06390.45230.5840.03321.3539-62.4052-47.769439.926
145.5832-1.01773.00140.8757-1.20362.2356-0.45710.52411.50970.5152-1.8071.3637-1.5135-1.41080.85452.4357-0.18230.01241.7599-0.99562.085-59.955-44.044166.7606
152.049-0.90762.20055.4334-2.25162.67870.1867-2.11380.61963.3074-1.4697-1.7661-0.5832-1.01520.86732.2074-0.5304-0.29462.1012-0.14781.3998-53.9894-46.035371.3292
163.2569-1.6955-1.98436.26924.62543.6041-0.40160.9754-3.016-0.3225-1.1471-0.35590.1579-0.96330.85561.9108-0.27050.13261.30210.13561.2407-57.8118-56.592870.8196
174.32021.14280.02333.58014.33917.4890.26030.3574-0.0118-0.1670.2795-0.61720.86020.6695-0.4050.9923-0.0786-0.18350.60550.04070.7811-34.5814-14.9439-15.4724
188.00610.08-0.65981.9361-0.02011.92850.11341.6189-0.4662-0.4897-0.02160.2821-0.1165-0.2005-0.10450.66080.0025-0.11610.9061-0.03640.6922-66.37-24.1553-35.1146
194.3617-0.071-1.57622.39512.76635.25790.4067-0.07030.10840.499-0.37530.2866-0.3659-0.95520.05550.9767-0.1203-0.19890.84650.20.8326-91.5278-11.0134-9.7629
207.0332-0.673-0.95831.21470.36512.61360.0591-0.73680.85090.1878-0.0635-0.2165-0.1240.04530.08230.6635-0.0599-0.00110.53640.0230.7245-59.7668-1.03719.5163
217.63641.96-1.23314.4116-1.8245.774-1.0146-0.3555-0.4955-0.68510.3102-0.1620.87640.60530.67920.78970.03750.13210.82050.13880.7238-69.4836-24.952527.7487
227.47360.01510.47212.4047-0.3056.6973-0.1898-1.76110.55860.6464-0.8322-0.177-0.07870.56091.01960.58780.04980.09611.62080.05070.7972-76.6201-16.491241.256
231.848-2.1503-0.21392.50050.01720.9838-0.00881.27811.2229-1.11640.71710.58990.3998-0.825-0.04791.26130.1737-0.06071.2627-0.03771.8691-83.1731.179737.3449
245.21020.7917-0.72544.34012.38895.62210.16220.3569-0.1031-0.45690.05660.20540.7926-0.4023-0.18240.8322-0.09940.01760.6230.1570.7056-90.2771-94.415519.1771
254.38490.41990.5272.4412-0.71182.73580.07080.7136-0.8085-0.4277-0.0598-0.40291.13740.723-0.05191.05140.32330.00590.8943-0.23110.7728-55.0806-102.27396.1813
265.4894-1.7985-2.3256.91451.99087.71520.336-0.2047-0.57940.4808-0.0511-0.22350.5421.1705-0.29110.66050.069-0.12680.95540.10640.769-36.7274-88.582535.2404
275.6487-1.7194-1.08431.05330.05560.8532-0.058-0.60390.020.6263-0.1815-0.2496-0.22780.45460.10690.9276-0.1689-0.10641.00150.12250.9793-50.9173-79.877250.0274
286.33870.5428-0.36832.6803-0.27493.19920.1367-1.4342-0.10010.39450.0009-0.02330.09540.4869-0.14430.6766-0.20290.06290.87610.02130.7193-58.6067-77.284952.4239
297.07961.4021-0.3124.83660.82894.5810.0951-0.31270.25590.058-0.0550.2198-0.0875-0.257-0.03460.5679-0.07560.19530.4590.07380.7596-85.7317-80.24545.9186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 4 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 56 through 196 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 197 through 231 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 5 through 27 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 28 through 86 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 87 through 95 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 96 through 136 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 137 through 154 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 155 through 166 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 167 through 179 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 180 through 208 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 5 through 27 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 28 through 166 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 167 through 179 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 180 through 201 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 202 through 227 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid -1 through 123 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 124 through 365 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid -1 through 123 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 124 through 365 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 5 through 154 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 155 through 181 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 182 through 231 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid -1 through 123 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 124 through 365 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid -1 through 109 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 110 through 145 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 146 through 245 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 246 through 365 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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