PDB-5wxj: Apo EarP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wxj

タイトル

Apo EarP

要素

EarP

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / GT-B / EF-P / rhamnosylation / translation elongation / dTDP-rhamnose

機能・相同性

protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / BETA-MERCAPTOETHANOL / Protein-arginine rhamnosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Sengoku, T. / Yokoyama, S. / Yanagisawa, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of protein arginine rhamnosylation by glycosyltransferase EarP
著者: Sengoku, T. / Suzuki, T. / Dohmae, N. / Watanabe, C. / Honma, T. / Hikida, Y. / Yamaguchi, Y. / Takahashi, H. / Yokoyama, S. / Yanagisawa, T.

履歴

登録	2017年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wxj.cif.gz	325.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wxj.ent.gz	275.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wxj_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wxj_full_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示
XML形式データ	5wxj_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	5wxj_validation.cif.gz	54.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wxiC 5wxkC 5xvrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wxi-d 1vgv-1 4w99-d 5kzc-3 5nsf-1 1u75-d 4l0q-d 4jji-d 5w94-1 5w94-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EarP

B: EarP

ヘテロ分子

89.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.622, 195.774, 46.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	EarP 分子量: 44219.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15 (strain H44/76) (髄膜炎菌) 株: H44/76 / 遺伝子: NMH_0797 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6MVV9
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Hepes-NaOH buffer (pH 6.8-7.5), 20% PEG3350, and 0.2 M ammonium sulfate PH範囲: 6.8-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→48.94 Å / Num. obs: 77019 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.704 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ抽出
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→47.361 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1977	1846	2.4 %
R_work	0.1583	-	-
obs	0.1592	77019	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.361 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6087	0	78	724	6889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	6391
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.363	8706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.294	5153
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	904
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1121

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3174	137	0.248	5660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.9559	0.2477	140	0.2021	5718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9559-2.0191	0.2582	142	0.1921	5724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0912	0.2444	140	0.176	5693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.175	0.1969	140	0.1594	5717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.274	0.1868	140	0.1512	5702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.274-2.3938	0.1858	141	0.1505	5762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5438	0.2126	142	0.162	5761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5438-2.7402	0.219	143	0.1574	5779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-3.0159	0.224	142	0.1665	5774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0159-3.4522	0.1884	143	0.1529	5832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-4.349	0.1642	145	0.1316	5899	X-RAY DIFFRACTION	100
4.349-47.3767	0.1718	151	0.1555	6152	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9075	-0.4233	-0.343	3.3647	0.2111	3.7866	0.0612	0.099	0.2683	-0.1678	0.0607	0.0915	-0.2188	-0.1528	-0.0105	0.1222	0.0117	0.0407	0.1697	0.0365	0.278	38.8348	75.5922	5.5046
2	0.4251	-0.2336	-0.0859	4.3653	1.9126	1.989	-0.0557	0.0218	0.1076	0.246	0.0728	-0.1064	0.1474	-0.1095	-0.001	0.1468	0.0099	-0.009	0.1855	0.0128	0.2279	32.7862	70.8546	17.6648
3	1.2828	-0.1405	0.3469	3.3268	-1.3752	1.9008	-0.0226	0.0945	0.0399	-0.1166	0.078	-0.152	0.0131	-0.0177	-0.0553	0.1712	0.0126	0.05	0.1529	-0.0088	0.1846	23.485	100.327	14.254
4	2.6938	-1.4807	0.2535	2.6215	-0.0873	1.0808	0.0069	-0.2138	0.0015	0.2435	0.0988	0.1266	-0.0652	-0.0906	-0.0933	0.1876	-0.0065	0.0555	0.145	0.0404	0.1469	19.9104	87.9615	27.0538
5	1.2883	-0.4273	0.2994	3.5471	-0.0818	3.792	0.1334	0.1064	0.0132	-0.3964	-0.0507	0.1368	0.162	0.0134	-0.0729	0.1749	0.0495	-0.0551	0.2431	-0.0087	0.2096	6.1676	58.2369	3.4388
6	0.6132	-0.1946	-0.0004	1.1748	0.5329	0.7768	-0.0154	0.0028	0.0291	-0.0002	-0.0024	0.0767	-0.0132	-0.0024	0.0188	0.1396	-0.0152	-0.0032	0.1504	0.005	0.1017	21.4892	36.1546	6.9156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 290 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 291 through 379 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 114 through 378 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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