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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wxi | |||||||||
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タイトル | EarP bound with dTDP-rhamnose (soaked) | |||||||||
要素 | EarP | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / glycosyltransferase / GT-B / EF-P / rhamnosylation / translation elongation / dTDP-rhamnose | |||||||||
機能・相同性 | protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / Protein-arginine rhamnosyltransferase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15 | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Sengoku, T. / Yokoyama, S. / Yanagisawa, T. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018 タイトル: Structural basis of protein arginine rhamnosylation by glycosyltransferase EarP 著者: Sengoku, T. / Suzuki, T. / Dohmae, N. / Watanabe, C. / Honma, T. / Hikida, Y. / Yamaguchi, Y. / Takahashi, H. / Yokoyama, S. / Yanagisawa, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wxi.cif.gz | 333.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wxi.ent.gz | 270.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wxi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wxi_validation.pdf.gz | 998.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wxi_full_validation.pdf.gz | 1006.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wxi_validation.xml.gz | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wxi_validation.cif.gz | 53.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wxi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44219.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15 (strain H44/76) (髄膜炎菌) 株: H44/76 / 遺伝子: NMH_0797 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6MVV9 |
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-非ポリマー , 5種, 651分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Hepes-NaOH buffer (pH 6.8-7.5), 20% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate PH範囲: 6.8-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48.85 Å / Num. obs: 61063 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: apo EarP 解像度: 2→48.847 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.11
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.847 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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