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万見
- PDB-5wx8: Human herpesvirus 6A immediate early protein 2 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wx8
タイトルHuman herpesvirus 6A immediate early protein 2 C-terminal domain
要素Immediate-early protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transactivator
機能・相同性Human herpesvirus 6 immediate early protein / Human herpesvirus 6 immediate early protein / Herpesvirus intermediate/early protein 2/3 / Herpes virus intermediate/early protein 2/3 / regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding / Immediate-early protein 2
機能・相同性情報
生物種Human herpesvirus 6A
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nishimura, M. / Wang, J. / Wakata, A. / Sakamoto, K. / Mori, Y.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the DNA-Binding Domain of Human Herpesvirus 6A Immediate Early Protein 2.
著者: Nishimura, M. / Wang, J. / Wakata, A. / Sakamoto, K. / Mori, Y.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immediate-early protein 2
B: Immediate-early protein 2
C: Immediate-early protein 2
D: Immediate-early protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3344
ポリマ－83,3344
非ポリマー00
水5,368298
1
A: Immediate-early protein 2
B: Immediate-early protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6672
ポリマ－41,6672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
2
C: Immediate-early protein 2
D: Immediate-early protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6672
ポリマ－41,6672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.840, 39.710, 103.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Immediate-early protein 2 / IE2


分子量: 20833.508 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (UNP RESIDUES 1324-1500) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 6A (strain Uganda-1102) (ヘルペスウイルス)
株: Uganda-1102 / 遺伝子: U90/U87/U86, BCLF0 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77Z83
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 24% polyethylene glycol 3350, 0.2M sodium formate, 20 mM Tris-HCl (pH 8.8), 20 mM CaCl2, 1 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→42.51 Å / Num. obs: 27197 / % possible obs: 97.88 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 9.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSOct 15, 2015データ削減
XDSOct 15, 2015データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→42.508 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 2001 7.36 %
Rwork0.2195 --
obs0.2233 27179 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.508 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5336 0 0 298 5634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.147340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9773390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006928
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4997-2.56220.34041410.26181789X-RAY DIFFRACTION100
2.5622-2.63140.27261460.24441848X-RAY DIFFRACTION100
2.6314-2.70890.30041460.26461783X-RAY DIFFRACTION100
2.7089-2.79630.31591440.24181819X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-2.89620.34511450.24531802X-RAY DIFFRACTION100
2.8962-3.01210.27791480.2281849X-RAY DIFFRACTION100
3.0121-3.14920.2671360.23891823X-RAY DIFFRACTION100
3.1492-3.31510.32141490.23551826X-RAY DIFFRACTION100
3.3151-3.52270.29081430.23481805X-RAY DIFFRACTION100
3.5227-3.79460.33051090.25451381X-RAY DIFFRACTION75
3.7946-4.17610.30451400.24361760X-RAY DIFFRACTION96
4.1761-4.77970.2021490.16171865X-RAY DIFFRACTION100
4.7797-6.01920.21621520.16731862X-RAY DIFFRACTION100
6.0192-42.51440.17751530.1781966X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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