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- PDB-4kbg: almost closed conformation of the helicase core of the RNA helica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kbg
タイトルalmost closed conformation of the helicase core of the RNA helicase Hera
要素Heat resistant RNA dependent ATPase
キーワードHYDROLASE / DEAD BOX RNA HELICASE / DIMER / ATP-BINDING / HELICASE / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD box helicase Hera, RNA-binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain ...: / : / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD box helicase Hera, RNA-binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat resistant RNA dependent ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2013
タイトル: Rearranging RNA structures at 75C? toward the molecular mechanism and physiological function of the thermus thermophilus DEAD-box helicase hera.
著者: Klostermeier, D.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
B: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5768
ポリマ－80,0002
非ポリマー5766
水99155
1
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1923
ポリマ－40,0001
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3845
ポリマ－40,0001
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.200, 128.702, 101.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細the core is monomeric while the intact Hera is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Heat resistant RNA dependent ATPase


分子量: 39999.945 Da / 分子数: 2 / 断片: helicase core / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72GF3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→45.24 Å / Num. obs: 27922 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.66 % / Biso Wilson estimate: 58.7 Å2 / Rsym value: 0.1615 / Net I/σ(I): 8.19
反射 シェル解像度: 2.54→2.64 Å / 冗長度: 6.63 % / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique all: 3003 / Rsym value: 0.8254 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1327)精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2gxs, 2db3

2gxs

2db3


解像度: 2.54→44.348 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 1400 5.02 %random
Rwork0.1858 ---
obs0.1884 27867 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→44.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 30 55 4469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1426083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6871708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071705
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005793
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-2.63080.3711290.33532610X-RAY DIFFRACTION99
2.6308-2.73610.37431210.31952633X-RAY DIFFRACTION100
2.7361-2.86060.38121340.29552606X-RAY DIFFRACTION100
2.8606-3.01140.33081320.26322645X-RAY DIFFRACTION100
3.0114-3.20.31421630.242581X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.4470.27021320.21672649X-RAY DIFFRACTION100
3.447-3.79370.21811540.17122633X-RAY DIFFRACTION100
3.7937-4.34230.22221470.13992638X-RAY DIFFRACTION100
4.3423-5.46920.16021370.12152690X-RAY DIFFRACTION100
5.4692-44.35480.1761510.15092782X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.10392.42621.91685.51281.42674.83440.1285-0.4730.14220.4396-0.1692-0.19690.09850.37110.03860.4996-0.00340.00720.37440.04220.3657-15.177714.404232.6861
25.6849-1.931-0.75563.1608-0.77666.1573-0.01660.12550.09890.2901-0.1771-0.3347-0.03920.45340.18430.3701-0.0865-0.05370.2787-0.04190.2961-12.431623.354920.3267
32.6817-2.76344.51726.5862-3.87327.7951-0.3251-0.16130.39460.8973-0.01680.15-0.5762-0.21250.25410.297-0.0512-0.00240.3538-0.06490.3634-15.981529.588925.6484
47.8368-5.8628-3.22486.9260.79675.78330.46650.14341.096-0.139-0.316-0.2264-0.84120.1128-0.11920.45320.0295-0.07190.3249-0.03640.4437-16.543339.199114.9268
50.33570.3495-1.39442.7318-0.17956.4134-0.12930.3763-0.1617-0.0876-0.21880.0781-0.2899-0.15780.36460.29810.0241-0.03210.37020.00910.4646-20.111231.307112.8276
64.9531-1.6482.90536.2219-1.18413.00230.0462-0.2213-0.1592-0.20280.02480.08080.08630.0565-0.08940.3658-0.0254-0.01780.1526-0.0620.2026-23.511324.471415.2046
76.9182-1.7792-5.59728.53532.10554.5867-0.01980.9851-0.3492-0.3509-0.03770.55440.0057-0.7729-0.01050.499-0.0111-0.15530.41870.02580.3628-27.754422.85659.2778
82.91311.0587-2.11542.0033-2.06464.9128-0.06480.2601-0.0912-0.01420.21410.30710.6164-0.2681-0.09740.47990.0097-0.03850.2789-0.01980.3363-27.144712.666418.0119
91.45680.38160.43573.1596-0.36572.03590.14-0.09730.0070.1144-0.1143-0.0905-0.13520.1352-0.01720.4724-0.03010.04880.3140.00120.3087-24.8309-11.567235.6095
106.5534-1.1438-1.21585.28231.52255.4437-0.0955-0.3299-0.06290.42480.0679-0.2161-0.31340.37370.03490.6579-0.0266-0.03640.36990.03990.2935-21.5311-23.271712.6093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 81 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 104 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 105 through 119 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 120 through 136 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 137 through 161 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 162 through 171 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 172 through 207 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 224 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 225 through 365 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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