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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wux | ||||||
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Title | TNFalpha-certolizumab Fab | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / : ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / : / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of translational initiation by iron / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / negative regulation of myosin-light-chain-phosphatase activity / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / death receptor agonist activity / response to isolation stress / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of cytokine production involved in immune response / inflammatory response to wounding / cellular response to toxic substance / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / sequestering of triglyceride / positive regulation of interleukin-18 production / positive regulation of action potential / TNF signaling / positive regulation of protein transport / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / positive regulation of superoxide dismutase activity / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of neuroinflammatory response / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of synoviocyte proliferation / response to fructose / positive regulation of fever generation / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of glucose import / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of protein localization to cell surface / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of programmed cell death / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of reactive oxygen species metabolic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / response to L-glutamate / cortical actin cytoskeleton organization / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / Interleukin-10 signaling / regulation of insulin secretion / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of interleukin-6 production / phagocytic cup / antiviral innate immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / humoral immune response / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of lipid storage / skeletal muscle contraction Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heo, Y.S. / Lee, J.U. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Basis for the Neutralization of Tumor Necrosis Factor alpha by Certolizumab Pegol in the Treatment of Inflammatory Autoimmune Diseases Authors: Lee, J.U. / Shin, W. / Son, J.Y. / Yoo, K.Y. / Heo, Y.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 80.8 KB | Display | |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23905.816 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 23423.004 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 17370.658 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 76-232 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() References: UniProt: C1K3N5, UniProt: P01375*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.91 Å3/Da / Density % sol: 68.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M 3-(cyclohexylamino)-1-propanesulfonic acid pH10.2, 0.2M lithium sulfate, 1.5M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. obs: 63355 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 2.9 % / Net I/σ(I): 19.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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