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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5wux | ||||||
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| Title | TNFalpha-certolizumab Fab | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of multicellular organismal process / regulation of secretion / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of fractalkine production / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation ...regulation of multicellular organismal process / regulation of secretion / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of fractalkine production / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / positive regulation of protein transport / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / response to gold nanoparticle / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of cytokine production involved in immune response / regulation of biological quality / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of D-glucose import / leukocyte migration involved in inflammatory response / vascular endothelial growth factor production / embryonic digestive tract development / positive regulation of fever generation / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / necroptotic signaling pathway / positive regulation of mononuclear cell migration / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / regulation of fat cell differentiation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to L-glutamate / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / regulation of developmental process / regulation of metabolic process / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / response to isolation stress / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of synapse organization / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of glial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of lipid storage / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Heo, Y.S. / Lee, J.U. | ||||||
Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2017Title: Molecular Basis for the Neutralization of Tumor Necrosis Factor alpha by Certolizumab Pegol in the Treatment of Inflammatory Autoimmune Diseases Authors: Lee, J.U. / Shin, W. / Son, J.Y. / Yoo, K.Y. / Heo, Y.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5wux.cif.gz | 625.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5wux.ent.gz | 524.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5wux.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/5wux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/5wux | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 23905.816 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human)Production host: #2: Antibody | Mass: 23423.004 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human)Production host: #3: Protein | Mass: 17370.658 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 76-232 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TNFProduction host: References: UniProt: C1K3N5, UniProt: P01375*PLUS Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.91 Å3/Da / Density % sol: 68.57 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M 3-(cyclohexylamino)-1-propanesulfonic acid pH10.2, 0.2M lithium sulfate, 1.5M ammonium sulfate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. obs: 63355 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 2.9 % / Net I/σ(I): 19.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9→30 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.66
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→30 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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