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- PDB-5wt1: Pyrococcus abyssi methyltransferase PaTrm5a bound by SAH and cogn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wt1
タイトルPyrococcus abyssi methyltransferase PaTrm5a bound by SAH and cognate tRNA
要素
  • RNA (76-MER)
  • tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a
キーワードTRANSFERASE/RNA / methyltransferase / Trm5a / wyosine hypermodification / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / tRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA methyltransferase 5, N-terminal / tRNA methyltransferase 5 N-terminal domain / : / : / TYW2 N-terminal domain / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type domain profile. / TRM5/TYW2 methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / : / RNA / RNA (> 10) / tRNA (guanine(37)-N(1))/4-demethylwyosine(37)-methyltransferase Taw22
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Xie, W. / Wang, C. / Jia, Q.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Structural insight into the methyltransfer mechanism of the bifunctional Trm5.
著者: Wang, C. / Jia, Q. / Zeng, J. / Chen, R. / Xie, W.
履歴
登録2016年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a
C: RNA (76-MER)
B: tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a
F: RNA (76-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,9626
ポリマ－126,1934
非ポリマー7692
水1,08160
1
A: tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a
C: RNA (76-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4813
ポリマ－63,0972
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
2
B: tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a
F: RNA (76-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4813
ポリマ－63,0972
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.096, 57.017, 115.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.53, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 38545.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay / 遺伝子: trm5a, PYRAB01130, PAB2272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9V2G1, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: RNA鎖 RNA (76-MER)


分子量: 24551.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: GenBank: HE613800.1
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 45% MPD, 100 mM MES (pH 6.5), 200 mM NH4OAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→50 Å / Num. obs: 40587 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.739 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZZN

2zzn


解像度: 2.598→40.217 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2742 2020 5.01 %
Rwork0.2474 --
obs0.2488 40281 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→40.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4966 2895 52 60 7973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97612002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9134706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071040
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5978-2.66280.45341470.38092484X-RAY DIFFRACTION92
2.6628-2.73470.41751210.35072769X-RAY DIFFRACTION100
2.7347-2.81520.38591290.34492749X-RAY DIFFRACTION100
2.8152-2.9060.38811430.34882748X-RAY DIFFRACTION100
2.906-3.00990.36331740.31342740X-RAY DIFFRACTION100
3.0099-3.13030.36611390.3052734X-RAY DIFFRACTION100
3.1303-3.27270.30961290.2692708X-RAY DIFFRACTION99
3.2727-3.44520.2771510.26132737X-RAY DIFFRACTION99
3.4452-3.66090.28211660.26032739X-RAY DIFFRACTION100
3.6609-3.94330.27571500.23492746X-RAY DIFFRACTION100
3.9433-4.33980.23341370.22262783X-RAY DIFFRACTION100
4.3398-4.96670.21641380.2122766X-RAY DIFFRACTION99
4.9667-6.25380.23511420.2252800X-RAY DIFFRACTION100
6.2538-40.22180.24351540.21152758X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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