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- PDB-1r66: Crystal Structure of DesIV (dTDP-glucose 4,6-dehydratase) from St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r66
タイトルCrystal Structure of DesIV (dTDP-glucose 4,6-dehydratase) from Streptomyces venezuelae with NAD and TYD bound
要素TDP-glucose-4,6-dehydratase
キーワードLYASE / Dehydratase / Rossmann Fold / Short-Chain Dehydrogenase/Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide-sugar metabolic process / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dTDP-glucose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Allard, S.T.M. / Cleland, W.W. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: High Resolution X-ray Structure of dTDP-Glucose 4,6-Dehydratase from Streptomyces venezuelae
著者: Allard, S.T.M. / Cleland, W.W. / Holden, H.M.
履歴
登録2003年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_biol / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TDP-glucose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6014
ポリマ－36,5001
非ポリマー1,1013
水4,918273
1
A: TDP-glucose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子

A: TDP-glucose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2028
ポリマ－73,0002
非ポリマー2,2026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.501, 99.799, 42.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

CL

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要素

#1: タンパク質 TDP-glucose-4,6-dehydratase / E.C.4.2.1.46 / dTDP-glucose 4 / 6-dehydratase


分子量: 36499.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: DesIV / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)PLysS / 参照: UniProt: Q9ZGH3, dTDP-glucose 4,6-dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 6.3
詳細: PEG 8000, magnesium acetate tetrahydrate, sodium cacodylate, pH 6.3, Batch, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein11
220 %PEG800011
3200 mMmagnesium acetate tetrahydrate11
4100 mMsodium cacodylate11pH6.5
57 %PEG800012
6100 mMmagnesium acetate tetrahydrate12
7100 mMsodium cacodylate12pH6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月4日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. all: 57828 / Num. obs: 56518 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.44→1.49 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 5618 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.44 Å / 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 5618 / Rmerge(I) obs: 0.212

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BXK

1bxk


解像度: 1.44→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted least squares procedure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 5729 -RANDOM
Rwork0.176 ---
all-57828 --
obs-56518 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 70 273 2818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.34
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 'V. 5-E' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 52099 / Rfactor obs: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg15.4
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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