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- PDB-7jid: Crystal structure of the L780 UDP-rhamnose synthase from Acantham... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jid
タイトルCrystal structure of the L780 UDP-rhamnose synthase from Acanthamoeba polyphaga mimivirus
要素UDP-L-Rhamnose Synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / rhamnose / mimivirus
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase regulator activity / methionine adenosyltransferase complex / S-adenosylmethionine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AWU / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Uncharacterized protein L780
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bockhaus, N.J. / Ferek, J.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134643 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: The high-resolution structure of a UDP-L-rhamnose synthase from Acanthamoeba polyphaga Mimivirus.
著者: Bockhaus, N.J. / Ferek, J.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-L-Rhamnose Synthase
B: UDP-L-Rhamnose Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,53415
ポリマ－66,3882
非ポリマー3,14613
水12,611700
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.803, 52.989, 70.149
Angle α, β, γ (deg.)81.940, 88.680, 66.740
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 UDP-L-Rhamnose Synthase / Uncharacterized protein L780


分子量: 33193.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_L780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q5UPS5
#2: 化合物 ChemComp-AWU / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate / UDP-β-L-ラムノ-ス


分子量: 550.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% PEG-8000, 2% DMSO, 100 mM CHES, 5 mM NADP(+), 5 mM UDP-L-rhamnose, 200 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日 / 詳細: helios
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 110458 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.55 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 18606 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qqr

4qqr


解像度: 1.45→30.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2058 / WRfactor Rwork: 0.1735 / FOM work R set: 0.7766 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0767 / SU Rfree: 0.0781 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 5584 5.1 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.1992 104874 95.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.13 Å2 / Biso mean: 17.528 Å2 / Biso min: 5.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0.43 Å2-0.18 Å2
2--0.73 Å20.04 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→30.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4576 0 181 700 5457
Biso mean--22.24 29.31 -
残基数----574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.6926705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4461.59710586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5415602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65223.074257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90515888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0181529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02994
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 335 -
Rwork0.387 7049 -
all-7384 -
obs--85.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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