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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ws3 | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structures of human orexin 2 receptor bound to the selective antagonist EMPA determined by serial femtosecond crystallography at SACLA | |||||||||||||||
![]() | Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Orexin receptor type 2 | |||||||||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / receptor | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / neuropeptide receptor activity / glycogen (starch) synthase activity / feeding behavior / locomotion / glycogen biosynthetic process / peptide hormone binding ...regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / neuropeptide receptor activity / glycogen (starch) synthase activity / feeding behavior / locomotion / glycogen biosynthetic process / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptide binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Suno, R. / Kimura, K. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Wang, J. / Fujiwara, T. / Yamanaka, Y. / Im, D. / Tsujimoto, H. / Sasanuma, M. ...Suno, R. / Kimura, K. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Wang, J. / Fujiwara, T. / Yamanaka, Y. / Im, D. / Tsujimoto, H. / Sasanuma, M. / Horita, S. / Hirokawa, T. / Nango, E. / Tono, K. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Joti, Y. / Yabashi, M. / Shimamoto, K. / Yamamoto, M. / Rosenbaum, D.M. / Iwata, S. / Shimamura, T. / Kobayashi, T. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Human Orexin 2 Receptor Bound to the Subtype-Selective Antagonist EMPA. 著者: Suno, R. / Kimura, K.T. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Wang, J. / Fujiwara, T. / Yamanaka, Y. / Im, D. / Horita, S. / Tsujimoto, H. / Tawaramoto, M.S. / Hirokawa, T. / Nango, E. / Tono, K. / ...著者: Suno, R. / Kimura, K.T. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Wang, J. / Fujiwara, T. / Yamanaka, Y. / Im, D. / Horita, S. / Tsujimoto, H. / Tawaramoto, M.S. / Hirokawa, T. / Nango, E. / Tono, K. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Joti, Y. / Yabashi, M. / Shimamoto, K. / Yamamoto, M. / Rosenbaum, D.M. / Iwata, S. / Shimamura, T. / Kobayashi, T. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5wqcC ![]() 4s0vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64204.871 Da / 分子数: 1 断片: UNP residues 3-254,UNP residues 218-413,UNP residues 294-388 由来タイプ: 組換発現 詳細: Chimera protein of UNP residues 3-254 from Orexin receptor type 2 (O43614), UNP residues 218-413 from GlgA glycogen synthase (Q9V2J8), UNP residues 294-388 from Orexin receptor type 2 (O43614) 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: HCRTR2, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O43614, UniProt: Q9V2J8 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-7MA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-OLA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 0.1M sodium malonate, 27-30% PEG 300, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 28958 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 77.6 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.58 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4s0v 解像度: 2.3→45.109 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.109 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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