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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wq3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of type-II LOG from Corynebacterium glutamicum | ||||||
要素 | Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase activity / : / cytokinin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Structural basis for a novel type of cytokinin-activating protein 著者: Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wq3.cif.gz | 144.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wq3.ent.gz | 111.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wq3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wq3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1wekS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 29798.986 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: Cg1261 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1B4WK77, UniProt: Q8NRE2*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 7種, 257分子
#2: 化合物 | ChemComp-1PE / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||||||
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: PEG 3350, Lithium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 47969 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 39 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.46 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WEK 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.368 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.03 Å2 / Biso mean: 32.901 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.951→2.002 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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