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万見
- PDB-5wq1: Solution Structure of the first stem-loop of Escherichia coli DsrA RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wq1
タイトルSolution Structure of the first stem-loop of Escherichia coli DsrA RNA
要素DsrA-SL1
キーワードRNA / first stem-loop
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wu, P. / Wu, J. / Shi, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2016YFA0500700 中国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08010100 中国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08030302 中国
Chinese National Natural Science Foundation31330018 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The important conformational plasticity of DsrA sRNA for adapting multiple target regulation
著者: Wu, P. / Liu, X. / Yang, L. / Sun, Y. / Gong, Q. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DsrA-SL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3171
ポリマ－7,3171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4760 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 160structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 DsrA-SL1


分子量: 7317.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
123isotropic12D 1H-15N HNN-COSY
133isotropic12D 1H-15N HSQC
143isotropic12D 1H-15N HSQC NH2 only
153isotropic13D 1H-15N NOESY
262isotropic12D 1H-1H NOESY
272isotropic12D DQF-COSY
282isotropic12D 1H-1H TOCSY
294isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
2114isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
2104isotropic12D HCN
2134isotropic13D (H)CCH-TOCSY
2124isotropic13D (H)CCH-COSY
2144isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM RNA (23-MER), 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2ONA_H2O90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM RNA (23-MER), 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2ONA_D2O100% D2O
solution30.7 mM [U-13C; U-15N] RNA (23-MER), 10 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2OCN_H2O90% H2O/10% D2O
solution40.7 mM [U-13C; U-15N] RNA (23-MER), 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2OCN_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMRNA (23-MER)natural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.7 mMRNA (23-MER)natural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
0.7 mMRNA (23-MER)[U-13C; U-15N]3
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMpotassium chloridenatural abundance3
0.7 mMRNA (23-MER)[U-13C; U-15N]4
10 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
160 mMH2O6.5 1 atm283 K
260 mMD2O6.5 1 atm303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Varian INOVAVarianINOVA7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
XwinNMRBruker Biospincollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 160 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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