PDB-5wp4: Arabidopsis thaliana phosphoethanolamine N-methyltransferase 1 (A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wp4

タイトル

Arabidopsis thaliana phosphoethanolamine N-methyltransferase 1 (AtPMT1, XIOPTL) in complex with SAH and phosphocholine

要素

Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / Phosphoethanolamine N-Methyltransferase / AtPMT1 / XIOPTL

機能・相同性

機能・相同性情報

choline biosynthetic process / pollen tube guidance / post-embryonic root development / phosphoethanolamine N-methyltransferase activity / pollen tube growth / phosphoethanolamine N-methyltransferase / unidimensional cell growth / pollen development / phosphatidylcholine biosynthetic process / methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.341 Å

データ登録者

Lee, S.G. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Conformational changes in the di-domain structure of Arabidopsis phosphoethanolamine methyltransferase leads to active-site formation.
著者: Lee, S.G. / Jez, J.M.

履歴

登録	2017年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wp4.cif.gz	233.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wp4.ent.gz	184.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wp4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wp4_validation.pdf.gz	958.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wp4_full_validation.pdf.gz	961.2 KB	表示
XML形式データ	5wp4_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	5wp4_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wp4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wp5C 4krgS 4krhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qds-1 2v5l-1 1amp-1 3db1-2 1l5o-1 1amk-1 1iig-d 5dro-d 3s04-d 3wyn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1

ヘテロ分子

57.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.261, 86.032, 68.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1 / PEAMT 1 / Protein XIPOTL 1 分子量: 56175.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: NMT1, PEAMT, XPL1, At3g18000, MEB5.22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9FR44, phosphoethanolamine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン分子量: 184.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₅NO₄P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% w/v PEG8000, 0.04 M potassium phosphate monobasic, 20% v/v glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月29日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→26.734 Å / Num. obs: 121932 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	最高解像度: 1.34 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 4KRG & 4KRH

4krg

4krh

解像度: 1.341→26.734 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1661	6098	5.02 %
R_work	0.1517	-	-
obs	0.1524	121515	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.341→26.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3901	0	74	650	4625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4196
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	5674
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.034	1635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	591
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	735

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3407-1.356	0.2362	213	0.2302	3661	X-RAY DIFFRACTION	95
1.356-1.3719	0.2303	217	0.2192	3827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3719-1.3887	0.2138	205	0.2229	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3887-1.4062	0.238	189	0.2097	3841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4062-1.4247	0.2198	229	0.2024	3813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4247-1.4443	0.2066	194	0.195	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4443-1.4649	0.2127	180	0.1817	3831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4649-1.4868	0.2045	212	0.1744	3884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4868-1.51	0.1748	185	0.1651	3873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.5347	0.1762	201	0.1579	3843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5347-1.5612	0.1604	202	0.1553	3864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5612-1.5896	0.1597	206	0.1546	3852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5896-1.6202	0.1578	207	0.1457	3864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6202-1.6532	0.1498	226	0.1482	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6532-1.6892	0.192	201	0.1507	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6892-1.7285	0.1681	199	0.146	3844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7285-1.7717	0.1714	195	0.1443	3867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7717-1.8196	0.1836	186	0.1456	3878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8196-1.8731	0.1492	212	0.1427	3844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8731-1.9335	0.1635	225	0.1435	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-2.0026	0.165	183	0.1427	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0026-2.0828	0.1521	232	0.1458	3824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0828-2.1775	0.1446	215	0.1392	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1775-2.2923	0.1638	185	0.1403	3909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2923-2.4358	0.1578	215	0.142	3866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4358-2.6237	0.1552	222	0.1508	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6237-2.8875	0.1647	201	0.1503	3875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8875-3.3046	0.1561	173	0.1497	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3046-4.161	0.1514	203	0.1358	3850	X-RAY DIFFRACTION	99
4.161-26.7394	0.1836	185	0.1644	3690	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0289	-0.3486	-0.394	0.9312	-0.5787	2.7356	-0.0483	-0.0042	-0.0258	0.1992	-0.0491	-0.0484	-0.0444	0.1242	0.1134	0.291	0.0312	-0.0067	0.1908	0.0474	0.1493	15.4814	-2.8615	39.5641
2	4.4594	-0.5286	0.0897	1.8228	1.4183	1.1665	-0.2235	-0.549	0.8369	0.5711	0.0098	0.0487	-0.7183	-0.5833	-0.0834	0.6223	0.1246	0.035	0.315	-0.044	0.2789	6.1651	12.2435	42.7373
3	1.3033	-0.2329	-0.0128	2.0332	0.1522	2.1192	-0.0416	-0.1211	0.0337	0.1855	0.009	0.3271	-0.1922	-0.5683	0.0648	0.1857	0.0469	0.0202	0.2318	0.0065	0.1904	-1.1011	4.1583	29.118
4	3.8717	-0.2584	0.1323	1.8991	-0.4886	2.6914	-0.1044	-0.1127	-0.2311	0.1899	0.0776	0.3361	0.2045	-0.6706	-0.0816	0.2297	-0.0501	0.0541	0.2652	0.0317	0.1936	-1.8021	-6.1412	33.5405
5	1.2965	-0.1229	0.2422	0.8692	-0.2501	2.8592	-0.0892	0.0486	-0.1231	0.0415	0.0072	0.056	0.0513	-0.0392	0.0608	0.1586	-0.0163	-0.005	0.1237	0.0208	0.157	9.9115	-1.3787	22.2936
6	1.9423	-0.5274	-0.1478	0.3151	0.5911	1.914	-0.2096	-0.3054	0.1332	0.4395	0.0005	-0.1804	-0.5988	0.5546	-0.9218	0.3497	-0.0732	-0.0978	0.2071	0.0491	0.1584	20.6751	7.693	33.5753
7	3.8539	0.5228	0.0199	2.8642	0.7416	3.6332	0.063	0.155	-0.1537	-0.0771	0.0266	-0.3722	-0.0517	-0.2467	0.1222	0.1848	-0.0418	-0.0314	0.1256	0.0223	0.1729	15.3116	5.5052	13.0579
8	1.2714	0.0016	0.0214	2.3379	1.487	4.0549	-0.1067	-0.1432	0.0748	0.1988	-0.0065	0.1632	-0.5657	0.0176	-0.0361	0.2941	0.0205	-0.0333	0.1615	0.0111	0.1891	8.3008	9.9322	19.2503
9	1.5867	0.2599	-0.1057	2.8077	0.463	1.5831	-0.0484	-0.0749	0.0047	0.0548	0.0134	-0.0595	-0.4469	-0.0782	0.0841	0.1791	-0.0006	-0.0324	0.089	0.0279	0.1066	9.0865	10.596	20.2767
10	1.5785	0.8444	-0.5192	1.8579	0.044	1.4369	0.0878	-0.0639	-0.2083	0.0583	-0.1012	-0.1826	0.1763	0.0214	-0.0109	0.1472	0.0012	-0.0466	0.1066	0.0249	0.146	25.3581	17.531	7.7349
11	2.5832	0.2669	-0.9937	2.0449	-0.5636	2.5021	0.0745	0.0586	0.4634	0.0992	-0.0484	-0.1206	-0.1661	0.0655	-0.0768	0.1154	-0.0056	0.013	0.0558	-0.015	0.1124	16.2393	39.2767	7.7848
12	0.6733	-0.1039	0.1719	2.0426	-0.2486	0.5247	0.08	-0.1329	-0.0239	0.2397	-0.0628	0.0328	0.034	-0.0855	-0.02	0.1568	-0.0349	-0.0082	0.1373	0.0036	0.1245	13.2233	24.1001	12.0794
13	1.8002	0.3069	0.1798	0.8481	0.0677	1.2036	0.0083	0.2706	0.0187	-0.0951	0.0295	-0.0155	0.0166	0.0015	-0.0326	0.107	0.0026	-0.0225	0.1278	0.0058	0.1066	18.0098	26.6356	-6.0818
14	1.5374	0.7408	-0.1196	2.0044	-0.4482	1.4027	0.0795	-0.3283	0.0318	0.3127	-0.1521	-0.2162	-0.1724	0.1182	0.0412	0.1217	-0.0231	-0.025	0.1696	0.0273	0.1408	33.3676	33.4351	5.4451
15	2.6943	0.6034	-0.3189	1.098	-0.0777	1.4749	0.0641	-0.0636	-0.3837	0.1101	-0.1177	-0.2133	0.0977	0.2723	-0.063	0.1017	0.003	-0.0323	0.1172	0.0426	0.1556	33.6357	26.9168	1.975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A resi 6:29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A resi 30:41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A resi 42:69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A resi 70:104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A resi 105:161
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A resi 162:182
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A resi 183:190
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A resi 191:218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A resi 219:231
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A resi 232:267
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain A resi 268:282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain A resi 283:342
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain A resi 343:423
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain A resi 424:453
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain A resi 454:491

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)