[日本語] English
万見
- PDB-5wp2: 1.44 Angstrom crystal structure of CYP121 from Mycobacterium tube... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wp2
タイトル1.44 Angstrom crystal structure of CYP121 from Mycobacterium tuberculosis in complex with substrate and CN
要素Mycocyclosin synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex / P450
機能・相同性
機能・相同性情報


mycocyclosin synthase / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-YTT / Cytochrome P450 121 CYP121 / Mycocyclosin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.439 Å
データ登録者Fielding, A. / Dornevil, K. / Liu, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108988 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107529 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Probing Ligand Exchange in the P450 Enzyme CYP121 from Mycobacterium tuberculosis: Dynamic Equilibrium of the Distal Heme Ligand as a Function of pH and Temperature.
著者: Fielding, A.J. / Dornevil, K. / Ma, L. / Davis, I. / Liu, A.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mycocyclosin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5288
ポリマ－43,1751
非ポリマー1,3537
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.856, 77.856, 263.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-880-

HOH

21A-896-

HOH

31A-942-

HOH

41A-1004-

HOH

51A-1085-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mycocyclosin synthase / Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2


分子量: 43174.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cyp121, MT2336 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPP6, UniProt: A0A0T9WNE5*PLUS, EC: 1.14.21.9

-
非ポリマー , 5種, 597分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-YTT / (3S,6S)-3,6-bis(4-hydroxybenzyl)piperazine-2,5-dione / cyclo(tyrosyl-tyrosyl) / Cyclo(tyr-tyr) / シクロ(L-Tyr-L-Tyr-)


分子量: 326.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O4
#4: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM MES, pH 6, 2 M ammonium sulfate / PH範囲: 5.5-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 86668 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 1690455
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.44-1.4917.20.96184510.8480.230.990.5699.9
1.49-1.5519.60.76285240.9330.1720.7820.582100
1.55-1.62200.59885290.9540.1340.6140.606100
1.62-1.7118.70.43385180.9740.10.4450.659100
1.71-1.8119.80.30985610.9860.0690.3170.751100
1.81-1.9518.80.21785900.9920.0490.2230.915100
1.95-2.1516.80.15186190.9930.0370.1561.065100
2.15-2.4618.30.11287170.9970.0260.1151.141100
2.46-3.118.70.08288090.9980.0190.0841.047100
3.1-5026.60.08793500.9990.0160.0881.59899.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1N40

1n40


解像度: 1.439→22.581 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 4338 5.02 %
Rwork0.1794 82147 -
obs0.1802 86485 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.67 Å2 / Biso mean: 22.9722 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.439→22.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 137 590 3737
Biso mean--18.33 33.3 -
残基数----395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9064526
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4191254
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.4395-1.45580.27651290.267726542783
1.4558-1.47290.30391260.254127402866
1.4729-1.49090.29981350.24326482783
1.4909-1.50980.29271500.24226982848
1.5098-1.52960.25771400.229826912831
1.5296-1.55060.25231480.236626882836
1.5506-1.57270.23981190.217927202839
1.5727-1.59620.26571510.223826672818
1.5962-1.62110.26851510.220527142865
1.6211-1.64770.25671570.222626792836
1.6477-1.67610.25331420.219626772819
1.6761-1.70660.25691470.214227082855
1.7066-1.73940.24421450.207626912836
1.7394-1.77490.24031250.204627592884
1.7749-1.81340.2531460.205226852831
1.8134-1.85560.24551370.207227342871
1.8556-1.9020.24131640.198626872851
1.902-1.95340.21981580.191827092867
1.9534-2.01080.21731580.189626912849
2.0108-2.07570.21161390.188127322871
2.0757-2.14980.211570.178227252882
2.1498-2.23580.21461570.178427402897
2.2358-2.33750.19121330.174227602893
2.3375-2.46060.18441360.172427732909
2.4606-2.61450.18581530.177427682921
2.6145-2.81610.20851280.182628032931
2.8161-3.09880.18451440.17628082952
3.0988-3.54570.1891490.161628452994
3.5457-4.46160.12741560.13928663022
4.4616-22.58380.1521580.164230873245

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る