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- PDB-5wou: Crystal Structure of drosophila melanogaster Scribble PDZ1 domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wou
タイトルCrystal Structure of drosophila melanogaster Scribble PDZ1 domain in complex with Guk-Holder
要素
  • GUK-holder, isoform A
  • Protein lap4
キーワードCELL ADHESION / Scribble / PDZ domain / Guk-holder / cell polarity
機能・相同性
機能・相同性情報


RAC3 GTPase cycle / Malpighian tubule development / RHOQ GTPase cycle / establishment of imaginal disc-derived wing hair orientation / establishment of ommatidial planar polarity / R3/R4 cell fate commitment / establishment or maintenance of polarity of larval imaginal disc epithelium / negative regulation of imaginal disc growth / cell fate commitment involved in pattern specification / septate junction ...RAC3 GTPase cycle / Malpighian tubule development / RHOQ GTPase cycle / establishment of imaginal disc-derived wing hair orientation / establishment of ommatidial planar polarity / R3/R4 cell fate commitment / establishment or maintenance of polarity of larval imaginal disc epithelium / negative regulation of imaginal disc growth / cell fate commitment involved in pattern specification / septate junction / septate junction assembly / morphogenesis of follicular epithelium / RAC1 GTPase cycle / establishment or maintenance of polarity of follicular epithelium / morphogenesis of larval imaginal disc epithelium / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / zonula adherens assembly / anterior/posterior axis specification, follicular epithelium / VEGFA-VEGFR2 Pathway / pole plasm protein localization / fusome / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / dorsal closure / basal protein localization / wing disc morphogenesis / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / follicle cell of egg chamber development / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / basolateral part of cell / compound eye development / olfactory behavior / establishment of epithelial cell polarity / morphogenesis of embryonic epithelium / Neutrophil degranulation / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / apical cortex / apicolateral plasma membrane / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / morphogenesis of a polarized epithelium / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of synapse structure or activity / cell fate specification / protein kinase A regulatory subunit binding / receptor clustering / regulation of endocytosis / lateral plasma membrane / stem cell proliferation / stem cell differentiation / adherens junction / neuromuscular junction / cell-cell adhesion / cell morphogenesis / negative regulation of epithelial cell proliferation / memory / terminal bouton / sensory perception of smell / intracellular protein localization / actin binding / actin cytoskeleton organization / cell cortex / basolateral plasma membrane / cytoskeleton / protein-macromolecule adaptor activity / postsynaptic density / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
SCAR/WAVE family / : / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...SCAR/WAVE family / : / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Protein lap4 / Wiskott-Aldrich syndrome protein family member
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Caria, S. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Drosophila melanogasterGuk-holder interacts with the Scribbled PDZ1 domain and regulates epithelial development with Scribbled and Discs Large.
著者: Caria, S. / Magtoto, C.M. / Samiei, T. / Portela, M. / Lim, K.Y.B. / How, J.Y. / Stewart, B.Z. / Humbert, P.O. / Richardson, H.E. / Kvansakul, M.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein lap4
V: GUK-holder, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,87110
ポリマ－11,2862
非ポリマー5858
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.429, 53.884, 94.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-221-

HOH

21A-242-

HOH

31A-277-

HOH

41A-326-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein lap4 / Protein scribble / Protein smell-impaired


分子量: 10408.926 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ1 domain (UNP residues 726-820) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: scrib, smi, vart, CG5462 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KRY7
#2: タンパク質・ペプチド GUK-holder, isoform A


分子量: 876.993 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1781-1788 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VE13
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30 % (v/v) PEG 4000, 0.2 M sodium acetate and 0.1M Tris chloride pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→31.42 Å / Num. obs: 13578 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 617 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWC

5vwc


解像度: 1.55→30.179 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 684 5.05 %
Rwork0.1967 --
obs0.1981 13548 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.179 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数759 0 38 134 931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.681087
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.88485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053129
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004139
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5495-1.66920.28961470.23362448X-RAY DIFFRACTION96
1.6692-1.83710.22781360.20742545X-RAY DIFFRACTION97
1.8371-2.10290.23511400.1912541X-RAY DIFFRACTION98
2.1029-2.64920.22391280.1962604X-RAY DIFFRACTION98
2.6492-30.18520.20261330.18952726X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22830.01850.24520.2290.09820.61770.0520.0546-0.15040.00580.0123-0.05690.16710.0709-0.04080.0874-0.00360.02010.0381-0.01360.148220.690611.424335.553
20.0414-0.06270.02220.1586-0.00250.04720.01650.10140.01470.0246-0.0452-0.02390.0138-0.0147-0.0080.0670.00990.00720.0873-0.02530.07117.441225.611731.4837
30.0593-0.03850.02290.0314-0.00510.00240.00770.00730.01990.0319-0.0099-0.0647-0.06960.0408-0.00610.0759-0.00390.00710.0903-0.00860.074624.345918.277431.7183
40.0104-0.0036-0.00290.03510.00750.0138-0.0133-0.0029-0.01130.06150.06040.12480.0662-0.0488-0.00130.0819-0.00730.00580.08960.00660.075616.035123.813743.4805
50.1038-0.01-0.04870.00180.01220.0605-0.0231-0.10490.1397-0.00430.014-0.03710.00520.1248-0.00280.1020.00850.01240.0682-0.0150.071722.940329.781541.179
60.0419-0.0913-0.00480.3286-0.10360.12540.1194-0.012-0.14020.15150.06710.16520.0512-0.08650.10590.0874-0.01140.00360.0818-0.0240.081819.541514.217834.7614
70.0612-0.06620.04070.1537-0.11140.0834-0.0656-0.0375-0.01090.0903-0.07670.05560.0674-0.0658-0.0120.09690.00830.00070.1031-0.0270.086617.33232.926930.8262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 61 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 70 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 71 through 83 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 84 through 94 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'V' and (resid 98 through 105 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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