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- PDB-5wnb: Structure of antibody 3D3 bound to the linear epitope of RSV G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wnb
タイトルStructure of antibody 3D3 bound to the linear epitope of RSV G
要素
  • Major surface glycoprotein G
  • mAb 3D3 Fab heavy chain
  • mAb 3D3 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / RSV / glycoprotein / G glycoprotein / viral protein / viral attachment protein / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major surface glycoprotein G / Pneumovirus attachment glycoprotein G / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Major surface glycoprotein G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fedechkin, S.O. / George, N.L. / Wolff, J.T. / Kauvar, L.M. / DuBois, R.M.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2018
タイトル: Structures of respiratory syncytial virus G antigen bound to broadly neutralizing antibodies.
著者: Fedechkin, S.O. / George, N.L. / Wolff, J.T. / Kauvar, L.M. / DuBois, R.M.
履歴
登録2017年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: mAb 3D3 Fab heavy chain
L: mAb 3D3 Fab light chain
I: mAb 3D3 Fab heavy chain
M: mAb 3D3 Fab light chain
A: Major surface glycoprotein G
B: Major surface glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,36522
ポリマ－99,3296
非ポリマー1,03616
水1,62190
1
H: mAb 3D3 Fab heavy chain
L: mAb 3D3 Fab light chain
B: Major surface glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,24812
ポリマ－49,6643
非ポリマー5839
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
I: mAb 3D3 Fab heavy chain
M: mAb 3D3 Fab light chain
A: Major surface glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,11710
ポリマ－49,6643
非ポリマー4537
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.760, 105.430, 121.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質・ペプチド Major surface glycoprotein G / Attachment glycoprotein G / Membrane-bound glycoprotein / mG


分子量: 1398.538 Da / 分子数: 2
Fragment: Central conserved region of RSV G, UNP residues 162-172
由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
参照: UniProt: P03423

-
抗体 , 2種, 4分子 HILM

#1: 抗体 mAb 3D3 Fab heavy chain


分子量: 24778.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 mAb 3D3 Fab light chain


分子量: 23487.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 106分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 23% PEG 3350, 0.05 M zinc acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11503 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月17日 / 詳細: Pilatus3 S, 25Hz, S/N 60-0134
放射モノクロメーター: Si(111) Khozu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11503 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.38 Å / Num. obs: 40103 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 37.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 368399 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.388.91.1543448238660.7490.4061.2252.7100
8.91-48.389.10.0572477930.9980.0170.0533299.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I30

5i30


解像度: 2.4→48.38 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: PHENIX
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 1763 4.99 %
Rwork0.2241 33562 -
obs0.2263 35325 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.31 Å2 / Biso mean: 49.2866 Å2 / Biso min: 14.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6549 0 22 90 6661
Biso mean--63.15 34.99 -
残基数----877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056723
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8839169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1452339
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.46490.32651330.297325502683
2.4649-2.53740.28841330.281925232656
2.5374-2.61930.34711330.271525352668
2.6193-2.71290.32771340.260225392673
2.7129-2.82160.29371340.264325612695
2.8216-2.950.32791350.258425602695
2.95-3.10550.31621350.250725632698
3.1055-3.30.2551350.242325732708
3.3-3.55470.25511330.2225582691
3.5547-3.91230.27531380.212726012739
3.9123-4.4780.22671360.186126052741
4.478-5.64050.23161380.177826312769
5.6405-48.38940.24611460.222727632909
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.655-0.7258-0.61144.3230.25911.9190.1215-0.07780.22250.2957-0.1032-0.1850.01180.0770.02090.18840.05580.01710.27720.10070.3314-16.07718.7344-33.5542
23.435-0.45760.00071.8908-0.10411.14310.03560.32140.3157-0.1743-0.11350.00430.0552-0.04330.01830.25090.06470.02720.22630.11880.2959-13.591218.8194-40.0314
33.8101-1.62370.02563.3515-1.32283.1659-0.1339-0.3740.54230.81730.1127-0.3355-0.18740.23790.00170.36560.0266-0.04360.2155-0.06050.2922-22.8574-6.9074-14.082
45.3088-5.50433.56478.9027-5.36475.5391-0.11710.0859-0.6894-0.1701-0.0583-0.1370.26290.15140.02770.42580.08810.16010.20540.04380.4096-2.7709-4.6248-42.465
53.039-0.3026-1.27282.7423-0.65981.24140.04240.3243-0.3028-0.4236-0.3844-0.30570.01720.23740.19480.29680.10150.12910.34460.11950.26760.99584.2782-41.6555
62.0110.2816-0.1652.2613-1.47641.17850.1374-0.1217-0.3363-0.0646-0.5107-0.2743-0.02180.33360.28050.25030.03190.00230.1558-0.05420.2079-15.6996-7.4205-29.9741
79.60841.2437-1.30631.8989-0.68262.40160.18220.2253-0.4949-0.3655-0.1079-0.62650.0752-0.0302-0.08010.25050.01510.0330.14580.04970.3258-20.4517-18.0183-26.5314
89.62616.511-0.93935.3597-1.24831.7185-0.08820.3239-0.3207-0.56260.0845-0.05160.3374-0.2115-0.20260.29910.0250.05050.37820.04090.2397-28.9704-18.2154-30.2196
96.89522.4539-1.70622.8916-0.79091.3791-0.14350.20370.0269-0.037-0.042-0.40630.20980.03670.13540.25390.00610.01880.23990.02960.3478-23.6719-20.1899-23.7016
104.3535-1.8517-0.36322.5162-0.49832.4281-0.0189-0.2242-0.36520.1590.44660.9287-0.1066-0.4659-0.13950.36750.0673-0.0020.47590.08270.4117-0.1546-10.61823.6765
112.8368-0.43870.09770.8534-0.19160.06390.0188-0.64290.27740.52190.0709-0.0321-0.8041-0.2741-0.01180.6320.16940.03990.3586-0.0430.21939.4977-6.49957.2756
122.13790.12190.42273.27190.33973.25980.1213-0.235-0.00820.09540.2531-0.0462-0.3339-0.3197-0.21510.33460.08560.05640.33750.05510.17948.2874-9.64791.2515
130.5784-0.12820.97820.3335-0.37711.7274-0.5985-0.54410.33140.93760.15080.4388-0.7623-0.5852-0.00610.84440.49830.04250.9653-0.05170.4908-8.519817.9181-2.2773
143.99271.5845-1.2240.7-0.94213.263-1.1313-0.1052-0.47571.2160.23670.75650.2484-0.42970.16160.98370.43690.11460.62510.00470.5738-12.023514.6656-5.2668
151.01040.52721.21890.53451.58395.0403-0.8909-0.94550.08490.82740.17620.4029-0.179-0.38120.21810.88820.4322-0.09040.7129-0.03750.4269-5.28818.0329-5.6526
164.0472-0.3508-0.11423.25330.11262.3248-0.19970.00270.05460.87250.2230.5595-0.6547-0.12210.1360.74180.213-0.11370.621-0.06450.5113-13.412223.2364-14.3481
176.7248-2.72930.74071.70850.78212.0344-0.6985-0.4499-1.10851.03410.19030.5092-0.5701-0.30420.4590.88170.46940.08121.08890.07930.579-18.590818.9019-5.0011
184.4921-0.85243.71715.01520.24715.9913-0.2360.27360.72880.1784-0.3471-1.0323-0.09520.40620.56620.44970.0150.03860.24290.08270.547719.74976.9438-12.7946
193.5588-2.40242.314.4482-2.49445.9758-0.04440.26190.38320.0627-0.065-0.2861-0.38940.06150.140.283-0.00660.0860.21690.02280.261617.9645-2.4968-12.9479
201.0615-0.88240.75262.45380.13751.3972-0.35890.14390.64320.213-0.0668-0.1079-0.5491-0.36080.38560.50790.0564-0.09480.4310.0610.559610.058513.5202-9.6298
213.3093-1.4206-1.84893.77121.35894.4528-0.3215-0.50830.94190.44310.2016-0.6-0.4942-0.14290.16560.74840.2756-0.23820.5904-0.10680.65481.524328.7736-6.2466
226.9122-0.6914-1.62025.97947.14529.1041-0.6457-0.28590.2295-0.04530.4870.3022-0.7779-0.31640.17710.67770.1275-0.06540.34760.05560.50313.56618.1737-13.9698
230.0910.03670.1852.16470.60820.5387-0.4849-0.67860.97690.04960.4587-0.7958-0.38860.222-1.15521.2010.2731-0.36450.5297-0.36721.03152.093734.9253-5.9028
243.0509-0.0167-2.73725.76322.15653.49070.341-0.0754-0.26250.60440.0611-0.18940.76660.3394-0.54720.37370.0403-0.09410.24980.02920.205419.664-16.9232.4406
257.613-0.58750.5634.71992.14654.91230.19360.87290.3328-0.6358-0.5364-0.7514-1.03760.49570.22090.40380.09040.09910.45040.27110.5199-4.083623.0483-49.9977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 44 )H1 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 45 through 122 )H45 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 123 through 227 )H123 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 19 through 90 )L19 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 91 through 127 )L91 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 128 through 149 )L128 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 150 through 162 )L150 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 163 through 213 )L163 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'I' and (resid 1 through 33 )I1 - 33
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'I' and (resid 34 through 73 )I34 - 73
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'I' and (resid 74 through 114 )I74 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'I' and (resid 115 through 154 )I115 - 154
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'I' and (resid 155 through 168 )I155 - 168
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 169 through 188 )I169 - 188
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 189 through 211 )I189 - 211
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'I' and (resid 212 through 225 )I212 - 225
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'M' and (resid 1 through 18 )M1 - 18
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'M' and (resid 19 through 90 )M19 - 90
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'M' and (resid 91 through 120 )M91 - 120
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'M' and (resid 121 through 157 )M121 - 157
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'M' and (resid 158 through 173 )M158 - 173
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'M' and (resid 174 through 210 )M174 - 210
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 162 through 172 )A162 - 172
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 162 through 172 )B162 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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