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- PDB-5wn2: APE1 exonuclease substrate complex with phosphoglycolate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wn2
タイトルAPE1 exonuclease substrate complex with phosphoglycolate
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*C)-3')
  • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
キーワードHYDROLASE / LYASE/DNA / LYASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / deoxyribonuclease (pyrimidine dimer) activity / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / deoxyribonuclease (pyrimidine dimer) activity / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / double-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / uracil DNA N-glycosylase activity / phosphoric diester hydrolase activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / phosphodiesterase I activity / DNA catabolic process / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / regulation of mRNA stability / 3'-5' exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / cell redox homeostasis / telomere maintenance / DNA endonuclease activity / chromatin DNA binding / base-excision repair / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / transcription corepressor activity / endonuclease activity / DNA recombination / regulation of apoptotic process / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / nuclear speck / ribosome / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / DNA / DNA (> 10) / DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.288 Å
データ登録者Freudenthal, B.D. / Whitaker, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES024431 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular snapshots of APE1 proofreading mismatches and removing DNA damage.
著者: Whitaker, A.M. / Flynn, T.S. / Freudenthal, B.D.
履歴
登録2017年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
C: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,35514
ポリマ－74,8245
非ポリマー5309
水4,378243
1
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
C: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,01410
ポリマ－43,6704
非ポリマー3446
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
2
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3414
ポリマ－31,1551
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.363, 64.310, 91.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / APEX1 / APEX nuclease / APEN / Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1 / APE-1 / REF-1 / Redox factor-1


分子量: 31154.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APEX1, APE, APE1, APEX, APX, HAP1, REF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P27695, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3334.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 2771.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 6409.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 252分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID


分子量: 156.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 % / Mosaicity: 1.337 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 34821 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 33.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.568 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 154969
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.342.50.59817240.7750.4590.7571.13699.8
2.34-2.382.60.51417560.8220.3840.6441.18499.4
2.38-2.432.70.50816870.8350.3750.6351.18199.5
2.43-2.482.80.44217430.7430.3190.5471.51399.8
2.48-2.532.90.48217130.0980.3590.6052.52999.7
2.53-2.593.10.37317180.8950.2490.451.37299.6
2.59-2.653.20.32117400.9280.2070.3841.43699.6
2.65-2.733.40.29117010.5160.1890.3491.60399.7
2.73-2.813.60.23417560.9630.1410.2741.48299.9
2.81-2.93.80.2217150.9690.1280.2551.54699.9
2.9-340.19217520.9760.1080.2211.59699.9
3-3.124.30.15617420.9780.0840.1781.649100
3.12-3.264.70.12817450.9870.0650.1441.707100
3.26-3.435.20.10717340.9910.0510.1181.8699.9
3.43-3.655.80.117400.9920.0450.112.20699.9
3.65-3.936.70.08917390.9950.0370.0961.894100
3.93-4.327.10.07217630.9960.0290.0781.503100
4.32-4.9470.06217520.9970.0250.0671.299100
4.94-6.216.90.0617740.9970.0250.0651.202100
6.21-256.30.05418270.9970.0230.0591.262100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5DFF

5dff


解像度: 2.288→24.684 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 3757 5.78 %
Rwork0.1891 --
obs0.1921 34783 94.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.43 Å2 / Biso mean: 36.6578 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.288→24.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4366 834 36 244 5480
Biso mean--42.7 35.15 -
残基数----593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1267638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.53144
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.288-2.31690.35011020.27771578168067
2.3169-2.34740.32021400.27222235237592
2.3474-2.37950.29811260.26212263238992
2.3795-2.41350.35431420.26252126226892
2.4135-2.44950.281360.26092214235093
2.4495-2.48770.30881350.24312200233592
2.4877-2.52840.32591160.24012273238993
2.5284-2.5720.29211380.24372253239194
2.572-2.61870.2841320.23962248238094
2.6187-2.6690.28731460.23442242238894
2.669-2.72340.24891480.22542236238494
2.7234-2.78260.29351440.2252250239495
2.7826-2.84720.31951410.22832291243295
2.8472-2.91830.2411140.24072277239195
2.9183-2.99710.27271670.23582243241096
2.9971-3.08510.29061270.21852360248796
3.0851-3.18450.22611490.20062309245897
3.1845-3.29810.20671330.1962287242097
3.2981-3.42980.24191560.20032360251697
3.4298-3.58540.19611530.17792351250498
3.5854-3.77380.25081280.16972350247899
3.7738-4.00940.27971500.1652382253299
4.0094-4.31740.2051410.14823812522100
4.3174-4.74910.1911490.13362397254699
4.7491-5.42990.22061580.15632355251399
5.4299-6.81720.18811440.160623772521100
6.8172-24.68520.17651420.14782389253199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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