PDB-5wmf: Crystal structure of the Hexameric Ring of Epstein-Barr Virus Nuc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wmf

タイトル

Crystal structure of the Hexameric Ring of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1

要素

Epstein-Barr nuclear antigen 1

キーワード

VIRAL PROTEIN / EBNA1 / DNA binding protein / Epstein-Barr Virus

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / enzyme-substrate adaptor activity / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Messick, T.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Basis for an EBNA1 Hexameric Ring in Epstein-Barr Virus Episome Maintenance.
著者: Deakyne, J.S. / Malecka, K.A. / Messick, T.E. / Lieberman, P.M.

履歴

登録	2017年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wmf.cif.gz	473.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wmf.ent.gz	397.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wmf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/5wmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/5wmf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1vhiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pki-7 4o6n-d 6km8-1 3s7i-2 4o6m-d 5tjc-1 4q6u-d 1uf9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Epstein-Barr nuclear antigen 1

B: Epstein-Barr nuclear antigen 1

C: Epstein-Barr nuclear antigen 1

D: Epstein-Barr nuclear antigen 1

E: Epstein-Barr nuclear antigen 1

F: Epstein-Barr nuclear antigen 1

99.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking, The paper describes experiments to support a hexameric ring structure (trimer of dimers) of EBNA1. No translational matrices are needed for the to generate the hexameric structure.

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.280, 84.768, 84.709
Angle α, β, γ (deg.)	60.01, 87.31, 88.53
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBV nuclear antigen 1 分子量: 16618.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / プラスミド: pET SUMO EBNA1 468-619 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03211
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBV nuclear antigen 1

分子量: 16618.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / プラスミド: pET SUMO EBNA1 468-619 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03211

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Concentrated EBNA1 was diluted 1:1 in a solution containing 50 mM morpholineethanesulfonic acid (MES) (pH 6.5) and 800 mM sodium formate. PH範囲: 6.0=7.0

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: VariMax optical mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 48887 / % possible obs: 82.4 % / 冗長度: 1.9 % / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VHI

1vhi

解像度: 1.9→29.189 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 30.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2764	1879	4.13 %
R_work	0.1983	-	-
obs	0.2015	45443	76.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6373	0	0	344	6717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	6554
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.599	8934
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.022	2431
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1153

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8989-1.9502	0.3664	51	0.2823	987	X-RAY DIFFRACTION	22
1.9502-2.0076	0.334	75	0.2791	1467	X-RAY DIFFRACTION	34
2.0076-2.0724	0.3525	86	0.2527	2064	X-RAY DIFFRACTION	46
2.0724-2.1464	0.312	155	0.2389	3112	X-RAY DIFFRACTION	72
2.1464-2.2323	0.3553	162	0.2216	3685	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2323-2.3339	0.3005	154	0.2155	3750	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3339-2.4568	0.3176	147	0.2157	3881	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4568-2.6107	0.2925	141	0.2075	3915	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6107-2.8121	0.2998	168	0.2134	4028	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8121-3.0948	0.2497	174	0.2057	4055	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0948-3.542	0.2747	194	0.1931	4132	X-RAY DIFFRACTION	94
3.542-4.46	0.2423	193	0.1644	4258	X-RAY DIFFRACTION	97
4.46-29.1923	0.2382	179	0.1783	4230	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0209	-0.0178	-0.0418	0.3183	0.245	0.2692	-0.0336	0.0117	0.0511	-0.0838	-0.1346	0.2443	-0.0798	-0.1137	-0.3241	0.1762	0.0284	0.0665	-0.0641	0.0428	0.3137	-3.1385	14.4081	5.8753
2	0.0901	0.0455	0.0758	0.1794	0.0767	0.0734	-0.1111	-0.06	-0.0954	0.0099	-0.0609	0.0095	0.0756	0.0021	-0.3233	0.2557	0.2181	0.4055	0.1397	-0.0139	0.1247	7.4051	-1.6638	-0.1219
3	0.1427	0.0711	0.2494	0.0411	0.1193	0.433	0.0669	-0.0836	0.0058	0.1434	0.0081	-0.0461	0.004	0.1252	0.0846	0.1301	-0.0179	0.0539	0.0696	-0.017	0.1404	-0.6479	2.9973	16.9099
4	0.0452	0.063	-0.101	0.187	-0.106	0.1811	-0.0905	0.0793	0.313	-0.2114	0.1647	0.1673	0.1437	-0.0536	-0.1113	0.1206	0.037	-0.0244	0.1007	0.0363	0.2157	-6.2911	4.6313	11.0694
5	0.1269	0.2521	-0.0854	0.5953	-0.2629	0.1459	-0.0872	-0.3345	-0.0485	0.2848	-0.0946	-0.0162	0.0054	0.1461	-0.2421	0.3325	0.0167	0.0773	0.2606	-0.035	0.0614	1.6654	0.941	37.1497
6	0.3278	0.2397	0.1128	0.2672	-0.0694	0.3005	0.2792	-0.009	0.2223	0.1255	0.147	-0.1728	0.0104	-0.0116	0.1447	0.2576	-0.0235	0.0372	0.1671	-0.0747	0.1502	-3.671	-0.7976	33.9818
7	0.0201	0.0513	0.0605	0.1295	0.1414	0.1875	0.19	-0.0494	-0.0021	0.1085	0.0896	-0.0554	0.0603	0.0407	0.0631	-0.0012	0.0088	0.0512	0.1708	-0.0026	0.1962	4.4082	1.797	11.0675
8	0.0532	-0.011	0.0145	0.005	-0.0016	0.0058	-0.0359	0.22	-0.006	0.0456	-0.1104	-0.0726	-0.1867	0.0628	-0.0326	0.1851	-0.0338	0.0056	0.1073	0.0104	0.1707	2.7934	13.0355	17.6297
9	0.2935	0.1689	-0.2153	0.7617	-0.2144	0.1702	0.0256	0.1898	0.0346	-0.3669	0.0126	0.2552	0.0274	0.0013	0.0002	0.2054	0.0605	-0.0243	0.1926	-0.026	0.2046	-2.0326	-11.1416	8.2215
10	0.0311	-0.0385	-0.039	0.1395	0.0516	0.0447	0.0228	-0.0311	-0.0553	0.169	-0.1264	0.1483	-0.0097	-0.0444	-0.0241	0.095	-0.0596	-0.0133	0.219	0.026	0.1825	-5.1045	-21.6189	35.5305
11	0.0226	-0.015	0.0034	0.0167	-0.0057	0.0042	0.0085	0.0182	-0.1102	0.0054	-0.0858	-0.0582	-0.0292	-0.0141	-0.0046	0.0375	0.0044	-0.0424	0.1432	-0.0612	0.1313	7.7679	-21.9552	32.5759
12	0.028	0.0104	0.0094	0.0591	0.0019	0.0263	0.0416	-0.0591	0.0219	0.0162	0.0275	0.0291	-0.0042	0.0485	0.0222	-0.0244	-0.0174	0.0546	0.2387	0.1424	0.2431	14.6863	-12.9333	34.0814
13	0.4191	-0.2089	0.2742	0.2382	-0.3778	0.6265	-0.1561	-0.0044	0.1688	0.13	-0.1288	-0.1514	-0.3436	0.0454	-0.1522	0.1891	-0.0338	-0.0396	0.0958	-0.0228	0.1582	4.6781	-6.9803	25.6935
14	0.0447	0.0165	0.0801	0.0741	0.0929	0.1881	-0.0379	-0.0899	-0.0074	0.1185	0.0063	0.0823	-0.0829	-0.1235	0.0911	0.1169	-0.0071	-0.0202	0.0985	-0.0089	0.0851	-3.1675	-11.942	30.2231
15	0.0014	0.0053	0.0026	0.2002	0.0438	0.0109	-0.1038	0.1121	-0.1018	-0.0348	0.0209	0.0709	-0.0116	-0.0878	-0.0526	0.0658	-0.0009	-0.0033	0.1513	0.0116	0.0921	-6.6749	-7.9703	4.574
16	0.0568	0.0178	-0.029	0.0121	0.0067	0.0419	0.0222	0.0488	-0.039	-0.0146	0.0617	-0.0696	0.1161	-0.1001	-0.0145	0.1974	-0.0138	-0.1331	0.1753	0.0653	0.1869	-10.2479	-4.5706	6.4132
17	0.0562	-0.1185	-0.0654	0.2768	0.1182	0.1864	-0.0404	0.0159	-0.0272	0.1494	0.1491	0.0597	-0.0705	-0.0039	0.1341	0.0694	-0.024	0.0335	0.0645	0.0062	0.1435	5.7906	-12.646	24.7052
18	0.1786	0.0401	0.1481	0.1073	-0.0586	0.2172	0.1558	0.1529	0.07	-0.0662	0.0021	0.0888	0.0865	0.1632	0.1011	0.0562	0.0085	0.0245	0.0493	-0.0395	0.1227	-0.4964	-21.0816	19.9716
19	0.7785	-0.1199	-0.0866	0.3078	-0.11	0.2278	-0.0041	-0.3052	0.0847	0.239	-0.1482	0.2033	0.0243	-0.0483	-0.0505	0.1593	-0.0851	0.0848	0.2265	-0.0431	0.222	4.4159	3.0431	30.2366
20	0.0483	0.0214	0.0073	0.0118	-0.0045	0.0876	-0.0505	0.2089	0.0654	-0.071	-0.1293	-0.218	0.0611	0.0913	-0.1294	0.0093	-0.0301	0.0144	0.2786	0.0282	0.1608	1.7542	-46.1447	-21.1576
21	0.0214	0.0148	0.0164	0.0117	0.012	0.0128	-0.1156	-0.0238	0.0168	0.0909	-0.0012	-0.0429	0.0363	0.0813	-0.0203	0.1936	0.0217	0.0526	0.2933	0.0254	0.1846	15.1014	-53.9636	-9.1306
22	0.201	-0.0323	0.0206	0.473	-0.2489	0.1712	-0.0076	-0.1339	-0.0599	0.2676	-0.1643	-0.0965	0.1439	-0.0093	-0.0737	0.157	0.0932	-0.062	0.1267	0.0048	0.1329	-0.1928	-42.717	-5.8912
23	0.0406	-0.0746	-0.0006	0.1808	-0.0425	0.0287	0.0132	-0.0161	0.1467	-0.1845	0.0094	0.1262	0.0969	-0.1208	0.0957	0.0625	0.01	0.0226	0.083	0.0122	0.0472	-2.778	-48.7132	-10.6776
24	0.0426	0.0548	0.0454	0.1912	0.0551	0.0675	0.0676	0.1087	0.1172	-0.089	0.0153	0.0834	0.0132	-0.0237	-0.024	0.1512	-0.01	-0.0086	0.0614	-0.0184	0.1295	-6.9818	-27.0896	5.7764
25	0.0271	-0.0046	-0.0071	0.0012	0.0008	0.0027	0.0033	0.0382	-0.1549	-0.0195	0.1329	0.127	-0.0476	-0.0422	0.0002	0.2035	0.0557	-0.0087	0.2292	-0.0315	0.146	-10.162	-32.8035	5.0452
26	0.0103	0.0126	0.0409	0.0199	0.06	0.2046	0.0451	-0.0591	0.102	0.0349	0.0536	-0.0231	0.1712	-0.1078	0.0139	0.1188	0.0184	-0.0226	0.0982	0.0198	0.1087	7.1007	-45.3048	-6.9198
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57	0.2662	0.2004	0.2973	0.1458	0.2153	0.3126	-0.2599	0.2265	-0.0735	-0.2219	-0.1066	0.0469	-0.1416	-0.1792	-0.1244	0.2646	0.057	-0.0235	0.2464	0.0046	0.1605	2.8473	0.1156	-35.7865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 475:492 )	A	475 - 492
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 493:501 )	A	493 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 502:516 )	A	502 - 516
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 517:537 )	A	517 - 537
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 538:549 )	A	538 - 549
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 550:560 )	A	550 - 560
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 561:576 )	A	561 - 576
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 577:599 )	A	577 - 599
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 600:611 )	A	600 - 611
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 475:483 )	B	475 - 483
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 484:491 )	B	484 - 491
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 492:497 )	B	492 - 497
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 498:514 )	B	498 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 515:537 )	B	515 - 537
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 538:548 )	B	538 - 548
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 549:558 )	B	549 - 558
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 559:582 )	B	559 - 582
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 583:598 )	B	583 - 598
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 599:611 )	B	599 - 611
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 476:492 )	C	476 - 492
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 493:501 )	C	493 - 501
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN C AND RESID 502:516 )	C	502 - 516
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN C AND RESID 517:537 )	C	517 - 537
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN C AND RESID 538:549 )	C	538 - 549
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN C AND RESID 550:560 )	C	550 - 560
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN C AND RESID 561:576 )	C	561 - 576
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN C AND RESID 577:599 )	C	577 - 599
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN C AND RESID 600:613 )	C	600 - 613
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN D AND RESID 475:483 )	D	475 - 483
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN D AND RESID 484:491 )	D	484 - 491
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN D AND RESID 492:497 )	D	492 - 497
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN D AND RESID 498:514 )	D	498 - 514
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN D AND RESID 515:537 )	D	515 - 537
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN D AND RESID 538:548 )	D	538 - 548
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN D AND RESID 549:558 )	D	549 - 558
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN D AND RESID 559:582 )	D	559 - 582
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN D AND RESID 583:598 )	D	583 - 598
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN D AND RESID 599:611 )	D	599 - 611
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN E AND RESID 477:492 )	E	477 - 492
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN E AND RESID 493:501 )	E	493 - 501
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN E AND RESID 502:516 )	E	502 - 516
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN E AND RESID 517:537 )	E	517 - 537
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN E AND RESID 538:549 )	E	538 - 549
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN E AND RESID 550:560 )	E	550 - 560
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN E AND RESID 561:576 )	E	561 - 576
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN E AND RESID 577:599 )	E	577 - 599
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN E AND RESID 600:611 )	E	600 - 611
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN F AND RESID 474:483 )	F	474 - 483
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN F AND RESID 484:491 )	F	484 - 491
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN F AND RESID 492:497 )	F	492 - 497
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN F AND RESID 498:514 )	F	498 - 514
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN F AND RESID 515:537 )	F	515 - 537
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN F AND RESID 538:548 )	F	538 - 548
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN F AND RESID 549:558 )	F	549 - 558
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN F AND RESID 559:582 )	F	559 - 582
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN F AND RESID 583:598 )	F	583 - 598
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN F AND RESID 599:613 )	F	599 - 613

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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