PDB-5wl7: Crystal structure of chalcone isomerase engineered from ancestral...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wl7

タイトル

Crystal structure of chalcone isomerase engineered from ancestral inference (ancCHI*)

要素

Engineered Chalcone Isomerase ancCHI*

キーワード

ISOMERASE / chalcone isomerase / naringenin / flavanone

機能・相同性

10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Burke, J.R. / Kaltenbach, M. / Tawfik, D.S. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Evolution of chalcone isomerase from a noncatalytic ancestor.
著者: Kaltenbach, M. / Burke, J.R. / Dindo, M. / Pabis, A. / Munsberg, F.S. / Rabin, A. / Kamerlin, S.C.L. / Noel, J.P. / Tawfik, D.S.

履歴

登録	2017年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wl7.cif.gz	125.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wl7.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wl7_validation.pdf.gz	413.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wl7_full_validation.pdf.gz	414.6 KB	表示
XML形式データ	5wl7_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	5wl7_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wkrC 5wksC 5wl3C 5wl4C 5wl5C 5wl6C 5wl8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oct-2 3u7n-d 2w7q-1 4ke9-2 3u7m-d 1jbk-d 4f6z-d 5sym-2 7dhy-2 3e1x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Engineered Chalcone Isomerase ancCHI*

ヘテロ分子

24.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.440, 65.440, 94.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Engineered Chalcone Isomerase ancCHI* 分子量: 24000.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 4.5M NaCl, 50mM acetic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.07 Å / Num. obs: 25236 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 11.04

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.9→47.07 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2062	1999	7.92 %
R_work	0.1755	-	-
obs	0.178	25236	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1585	0	2	132	1719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1613
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.277	2179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.461	592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	255
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.2809	142	0.2793	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9475-2.0002	0.2636	139	0.2304	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.0591	0.2595	141	0.2114	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0591-2.1255	0.2006	141	0.1923	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2015	0.2159	140	0.1849	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.2896	0.2413	141	0.1927	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3938	0.2247	140	0.1752	1627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.52	0.2209	143	0.1812	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6779	0.2241	141	0.1906	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-2.8846	0.2182	143	0.1991	1646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3.1749	0.2263	143	0.1909	1679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1749-3.6341	0.1901	146	0.1617	1684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6341-4.578	0.1624	145	0.1381	1693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.578-47.0845	0.1992	154	0.1698	1782	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3144	-1.5225	-0.4448	1.6361	2.0449	3.2963	-0.226	-0.4601	-0.9731	1.2341	0.2197	0.1997	0.6802	0.2902	-0.02	0.5564	0.033	0.0475	0.3316	0.0709	0.2894	-7.698	-32.5078	25.4393
2	1.5751	0.724	-0.3574	4.5556	0.9608	1.7691	0.027	0.0739	0.0036	0.2843	0.0373	0.1496	-0.0087	-0.0998	0.0024	0.2309	0.0079	-0.0372	0.2	-0.0075	0.1918	-5.3828	-21.3902	18.5965
3	4.7175	-0.6741	0.3105	4.7869	-0.735	4.199	0.0164	0.767	0.3015	-0.4369	-0.337	-0.9142	-0.0568	0.6513	0.2018	0.3439	0.0611	0.0758	0.324	0.0731	0.4097	6.8769	-30.2309	8.0956
4	3.1674	-0.5491	-0.8322	5.0083	0.5284	4.0094	0.1106	0.1698	0.1866	0.0863	-0.2164	0.2316	-0.2183	-0.1715	0.1097	0.1871	0.0424	-0.0001	0.2695	-0.0003	0.1939	-9.0263	-20.0083	15.4174
5	4.2161	-0.6086	-2.9194	3.2568	0.6909	4.4319	0.0523	0.2845	0.8988	-0.0885	0.0875	0.158	-0.3289	-0.2654	-0.2133	0.2412	0.0354	0.0163	0.2688	0.0631	0.4407	-5.6138	-7.7342	5.789
6	3.0109	0.347	0.1682	2.947	-0.1959	2.8763	0.1911	0.1491	0.3153	0.1385	-0.0105	0.4178	-0.1544	-0.6212	-0.1919	0.2557	0.0517	0.0462	0.3621	0.0432	0.2786	-15.002	-15.3901	15.4879
7	5.6804	1.3338	-0.3779	3.7452	-0.7751	4.848	-0.0501	-0.1985	-0.2488	-0.0698	0.134	0.3051	0.401	-0.475	-0.1835	0.2502	-0.0143	-0.0193	0.4471	0.1316	0.4208	-16.1285	-20.3161	7.7105
8	2.838	0.4058	2.436	1.5308	-0.9257	7.1004	0.105	-0.2031	0.0619	0.4733	-0.0427	-0.1713	0.2449	0.5847	-0.0927	0.3102	0.0273	0.0116	0.2748	0.0737	0.3296	-0.558	-16.6633	8.9294
9	3.4532	0.0859	0.3906	2.1023	2.181	4.1468	-0.0839	-0.2509	0.0101	0.1171	-0.0131	-0.6483	0.3046	0.4192	0.154	0.3351	0.0188	-0.0221	0.2467	0.0356	0.3055	4.3843	-30.9925	16.0723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 100 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 137 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 138 through 152 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 153 through 178 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 179 through 196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 197 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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