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Yorodumi- PDB-4ke9: Crystal structure of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ke9 | ||||||
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Title | Crystal structure of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 in complex with an 1-stearyol glycerol analogue | ||||||
Components | Thermostable monoacylglycerol lipase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / monoglyceride lipase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Rengachari, S. / Aschauer, P. / Gruber, K. / Dreveny, I. / Oberer, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Conformational plasticity and ligand binding of bacterial monoacylglycerol lipase. Authors: Rengachari, S. / Aschauer, P. / Schittmayer, M. / Mayer, N. / Gruber, K. / Breinbauer, R. / Birner-Gruenberger, R. / Dreveny, I. / Oberer, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ke9.cif.gz | 201.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ke9.ent.gz | 168.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ke9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ke9_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ke9_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 4ke9_validation.xml.gz | 40.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4ke9_validation.cif.gz | 54.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ke9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ke9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29342.332 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus sp. (bacteria) / Strain: H-257 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P82597, acylglycerol lipase #2: Chemical | ChemComp-1R1 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 Details: 0.1 M citric acid pH 5.0 and 22% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 25, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: channel-cut monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→43.661 Å / Num. all: 48702 / Num. obs: 48702 / % possible obs: 93.2 % / Redundancy: 7 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→43.661 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.39 / Phase error: 32.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→43.661 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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