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万見
- PDB-5wkf: D30 TCR in complex with HLA-A*11:01-GTS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wkf
タイトルD30 TCR in complex with HLA-A*11:01-GTS1
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • D30 TCR beta chain
  • GTS1 peptide
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
  • T-cell receptor alpha variable 30,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain Chimera
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / TCR / dengue / CD8 T cells
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / flavivirin / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / host cell mitochondrion / detection of bacterium / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / T cell receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / negative regulation of neuron projection development / channel activity / protein refolding / early endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / protein homotetramerization / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / amyloid fibril formation / methyltransferase cap1 activity / intracellular iron ion homeostasis / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / learning or memory / RNA helicase activity / protein dimerization activity / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B ...: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 30 / T-cell receptor, sp3.4 alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Genome polyprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Germline bias dictates cross-serotype reactivity in a common dengue-virus-specific CD8(+) T cell response.
著者: Culshaw, A. / Ladell, K. / Gras, S. / McLaren, J.E. / Miners, K.L. / Farenc, C. / van den Heuvel, H. / Gostick, E. / Dejnirattisai, W. / Wangteeraprasert, A. / Duangchinda, T. / ...著者: Culshaw, A. / Ladell, K. / Gras, S. / McLaren, J.E. / Miners, K.L. / Farenc, C. / van den Heuvel, H. / Gostick, E. / Dejnirattisai, W. / Wangteeraprasert, A. / Duangchinda, T. / Chotiyarnwong, P. / Limpitikul, W. / Vasanawathana, S. / Malasit, P. / Dong, T. / Rossjohn, J. / Mongkolsapaya, J. / Price, D.A. / Screaton, G.R.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: GTS1 peptide
D: T-cell receptor alpha variable 30,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain Chimera
E: D30 TCR beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: GTS1 peptide
I: T-cell receptor alpha variable 30,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain Chimera
J: D30 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,78310
ポリマ－187,78310
非ポリマー00
水6,557364
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: GTS1 peptide
D: T-cell receptor alpha variable 30,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain Chimera
E: D30 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8925
ポリマ－93,8925
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: GTS1 peptide
I: T-cell receptor alpha variable 30,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain Chimera
J: D30 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8925
ポリマ－93,8925
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.057, 146.376, 167.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-11 alpha chain / MHC class I antigen A*11


分子量: 31725.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13746, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 T-cell receptor alpha variable 30,T-cell receptor, sp3.4 alpha chain Chimera / T-cell receptor / sp3.4 beta chain


分子量: 21902.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV30 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A087WSZ9, UniProt: K7N5N2
#5: タンパク質 D30 TCR beta chain


分子量: 27395.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 366分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド GTS1 peptide


分子量: 988.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GL Biochem / 由来: (合成) Dengue virus 1 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: P17763*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 17%PEG8000, 2% Ethylen glycol, 0.1M HEPES pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→47.17 Å / Num. obs: 46399 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 58.86 Å2 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.95-3.058.71.3450.6521100
11.43-47.177.40.0840.995198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→47.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.399
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2276 4.91 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.193 46335 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.0784 Å20 Å20 Å2
2--1.6009 Å20 Å2
3---12.4775 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13216 0 0 364 13580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00813563HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0218406HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4652SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes380HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1959HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13563HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1701SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14492SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3194 172 5.09 %
Rwork0.2502 3209 -
all0.254 3381 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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