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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wjd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Naa80 bound to acetyl-CoA | ||||||
要素 | CG8481, isoform B | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Acetyltransferase / acetyl-CoA (アセチルCoA) / GNAT fold / acetylation (アセチル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-terminal peptidyl-aspartic acid acetylation / N-terminal peptidyl-glutamic acid acetylation / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / acetyl-CoA binding / N-acetyltransferase activity / protein acetylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å | ||||||
データ登録者 | Goris, M. / Magin, R.S. / Marmorstein, R. / Arnesen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Structural determinants and cellular environment define processed actin as the sole substrate of the N-terminal acetyltransferase NAA80. 著者: Goris, M. / Magin, R.S. / Foyn, H. / Myklebust, L.M. / Varland, S. / Ree, R. / Drazic, A. / Bhambra, P. / Stove, S.I. / Baumann, M. / Haug, B.E. / Marmorstein, R. / Arnesen, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wjd.cif.gz | 51.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wjd.ent.gz | 33.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wjd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wjd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18127.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Dmel\CG8481, CG8481-RB, CG8481, Dmel_CG8481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q59DX8, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACO / |
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 24% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M Bis Tris propane (pH 7.6, pH adjusted with citric acid) and 10 mM NaBr |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.03319 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11715 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 1.468 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 144411 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2CNM 解像度: 2.001→44.684 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.41 Å2 / Biso mean: 25.5361 Å2 / Biso min: 10.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.001→44.684 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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