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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wiw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of murine 4-1BB N128A mutant from HEK293T cells in P43 space group | |||||||||
![]() | Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Tumor necrosis factor / apoptosis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zajonc, D.M. / Bitra, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of murine 4-1BB and its interaction with 4-1BBL support a role for galectin-9 in 4-1BB signaling. 著者: Bitra, A. / Doukov, T. / Wang, J. / Picarda, G. / Benedict, C.A. / Croft, M. / Zajonc, D.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 805.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 806.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 15600.828 Da / 分子数: 2 / 変異: N128A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: Mammalian expression vector pcDNA3-N-HA-LIC (その他) 参照: UniProt: P20334 |
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-糖 , 2種, 2分子 
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 120分子 




#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 30% w/V PEG 8000, 0.2M lithium sulfate PH範囲: 7 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal monochromator, non fixed exit slit プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 18619 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 100598 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5WJF 解像度: 2.3→47.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.277 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.22 Å2 / Biso mean: 51.935 Å2 / Biso min: 24.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→47.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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