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- PDB-4c7n: Crystal Structure of the synthetic peptide iM10 in complex with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7n
タイトルCrystal Structure of the synthetic peptide iM10 in complex with the coiled-coil region of MITF
要素
  • MICROPHTHALMIA ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR
  • SYNTHETIC ALPHA-HELIX, IM10
キーワードTRANSCRIPTION / COILED-COIL / PROTEIN ENGINEERING
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence ...melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / bone remodeling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / camera-type eye development / E-box binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / SUMOylation of transcription factors / cell fate commitment / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / osteoclast differentiation / negative regulation of cell migration / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / lysosomal membrane / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily ...MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Microphthalmia-associated transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wohlwend, D. / Gerhardt, S. / Kuekenshoener, T. / Einsle, O.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Improving Coiled Coil Stability While Maintaining Specificity by a Bacterial Hitchhiker Selection System.
著者: Kukenshoner, T. / Wohlwend, D. / Niemoller, J. / Dondapati, P. / Speck, J. / Adeniran, A.V. / Nieth, A. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Muller, K.M. / Arndt, K.M.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MICROPHTHALMIA ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR
B: SYNTHETIC ALPHA-HELIX, IM10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3948
ポリマ－12,1912
非ポリマー1,2046
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-102.6 kcal/mol
Surface area7890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.701, 33.265, 61.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MICROPHTHALMIA ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR


分子量: 6102.989 Da / 分子数: 1 / 断片: COILED-COIL REGION, RESIDUES 357-403 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O75030
#2: タンパク質 SYNTHETIC ALPHA-HELIX, IM10


分子量: 6087.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAIN A CORRESPONDS TO ISOFORM 9 OF 075030. ALA1, SER2, ALA50, PRO51 ARE THE CAP RESIDUES FROM THE ...CHAIN A CORRESPONDS TO ISOFORM 9 OF 075030. ALA1, SER2, ALA50, PRO51 ARE THE CAP RESIDUES FROM THE CHEMICAL SYNTHESIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 3.5 M NAFORMATE PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00799
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月8日
放射モノクロメーター: FIXED-EXIT LN2 COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→60.92 Å / Num. obs: 7041 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.18 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→60.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 7.424 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25312 266 4.7 %RANDOM
Rwork0.22755 ---
obs0.22872 5428 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å2-0.68 Å2
2--0 Å20 Å2
3----1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→60.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数833 0 6 49 888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.019839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.9451116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73431941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.934596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76223.70454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.16615181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3821513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2142.092390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1952.087389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8093.109484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8552.466449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 29 -
Rwork0.251 409 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1931-0.92635.09111.505-5.616537.86-0.10930.16480.0895-0.0586-0.039-0.1071-0.28150.31290.14820.0385-0.0286-0.00740.03660.00690.084118.821814.121976.0408
21.46520.46282.64631.67784.578329.2477-0.04230.159-0.0879-0.03770.00380.08890.309-0.57310.03850.0151-0.02490.00160.05690.00170.072112.357413.798176.4947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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