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- PDB-5wiw: Crystal structure of murine 4-1BB N128A mutant from HEK293T cells... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wiw
タイトルCrystal structure of murine 4-1BB N128A mutant from HEK293T cells in P43 space group
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Tumor necrosis factor / apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Bitra, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of murine 4-1BB and its interaction with 4-1BBL support a role for galectin-9 in 4-1BB signaling.
著者: Bitra, A. / Doukov, T. / Wang, J. / Picarda, G. / Benedict, C.A. / Croft, M. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2017年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7909
ポリマ－31,2022
非ポリマー1,5887
水2,072115
1
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0104
ポリマ－15,6011
非ポリマー4093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7805
ポリマ－15,6011
非ポリマー1,1794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.639, 66.639, 82.184
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / T-cell antigen 4-1BB


分子量: 15600.828 Da / 分子数: 2 / 変異: N128A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfrsf9, Cd137, Ila, Ly63
発現宿主: Mammalian expression vector pcDNA3-N-HA-LIC (その他)
参照: UniProt: P20334

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 120分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 30% w/V PEG 8000, 0.2M lithium sulfate
PH範囲: 7 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月18日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal monochromator, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 18619 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 100598
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.18-2.224.70.4939200.8210.2470.5540.46697.9
2.22-2.264.90.8639020.4280.9645.12598.3
2.26-2.34.70.3579290.8980.1780.40.4896.8
2.3-2.355.20.3549030.9290.1690.3930.49298.4
2.35-2.45.60.3389300.9450.1580.3730.456100
2.4-2.465.70.2729360.960.1260.30.463100
2.46-2.525.70.2259140.9770.1040.2480.458100
2.52-2.585.60.199210.9850.0880.210.491100
2.58-2.665.60.1679620.9850.0790.1850.506100
2.66-2.755.50.1419060.9910.0650.1560.55399.8
2.75-2.845.50.1169300.9910.0540.1280.53999.9
2.84-2.9650.0929290.9930.0450.1030.5699.8
2.96-3.095.40.0749420.9960.0340.0820.64399.3
3.09-3.265.90.0679320.9960.030.0740.708100
3.26-3.465.80.0569430.9970.0250.0610.808100
3.46-3.735.60.0539300.9980.0240.0581.057100
3.73-4.15.50.0459460.9980.0210.051.03899.7
4.1-4.75.10.0399350.9980.0180.0430.96999.4
4.7-5.915.80.0439450.9980.020.0481.056100
5.91-505.30.0429640.9990.020.0471.70599.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WJF

5wjf


解像度: 2.3→47.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.277 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 800 5 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
obs0.1988 15201 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.22 Å2 / Biso mean: 51.935 Å2 / Biso min: 24.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1577 0 101 115 1793
Biso mean--74.43 46.25 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191724
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.12.0152347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8233454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8375212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.07623.65163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03315248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9531510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 71 -
Rwork0.115 1087 -
all-1158 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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