[日本語] English
万見
- PDB-5wi6: Human beta-1 tryptase mutant Ile99Cys -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wi6
タイトルHuman beta-1 tryptase mutant Ile99Cys
要素Tryptase alpha/beta-1
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / disulfide mutation / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / defense response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLU-GLY-ARG-CHLOROMETHYL KETONE / Chem-0GJ / Tryptase alpha/beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Maun, H.R.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Dual functionality of beta-tryptase protomers as both proteases and cofactors in the active tetramer.
著者: Maun, H.R. / Liu, P.S. / Franke, Y. / Eigenbrot, C. / Forrest, W.F. / Schwartz, L.B. / Lazarus, R.A.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.32018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptase alpha/beta-1
B: Tryptase alpha/beta-1
C: Tryptase alpha/beta-1
D: Tryptase alpha/beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,12115
ポリマ－109,8654
非ポリマー2,25611
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.743, 96.743, 238.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.691127, -0.675703, 0.256455), (-0.689934, 0.511146, -0.512562), (0.215254, -0.531183, -0.819458)51.2651, -0.75914, -68.0495
3given(0.551414, 0.798838, 0.240418), (0.803374, -0.586145, 0.104995), (0.224793, 0.13525, -0.964974)12.71897, -0.87589, -78.70512
4given(-0.879936, -0.120335, -0.4596), (-0.08996, -0.907689, 0.409889), (-0.466498, 0.402021, 0.787882)23.80202, 32.00024, -0.99308

-
要素

#1: タンパク質
Tryptase alpha/beta-1 / Tryptase-1 / Tryptase I / Tryptase alpha-1


分子量: 27466.334 Da / 分子数: 4 / 変異: I118C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSAB1, TPS1, TPS2, TPSB1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q15661, tryptase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-0GJ / L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 395.862 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28ClN6O5 / 参照: GLU-GLY-ARG-CHLOROMETHYL KETONE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: ammonium sulfate, polyethylene glycol 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→37.57 Å / Num. obs: 35616 / Biso Wilson estimate: 79.2 Å2
反射 シェル解像度: 2.72→2.729 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3836 / CC1/2: 0.793 / Rpim(I) all: 0.545 / Rsym value: 1.246 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1a0l

1a0l


解像度: 2.72→37.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.705 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.685 / SU Rfree Blow DPI: 0.283 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.288
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1034 2.9 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 35616 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0504 Å20 Å20 Å2
2---6.0504 Å20 Å2
3---12.1009 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.72→37.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7668 0 135 25 7828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0098078HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0911066HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2568SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1172HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8078HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion980SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8515SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 -3.32 %
Rwork0.223 2794 -
all0.224 2890 -
obs--99.97 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る