[日本語] English
万見
- PDB-5wi1: Crystal structure of human NAMPT with fragment 5: (3E)-3-[(phenyl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wi1
タイトルCrystal structure of human NAMPT with fragment 5: (3E)-3-[(phenylamino)methylidene]oxan-2-one
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / NAMPT / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear speck / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3E)-3-[(phenylamino)methylidene]oxan-2-one / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Raich, D. / Korepanova, A.V.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: Fragment-based discovery of a potent NAMPT inhibitor.
著者: Korepanova, A. / Longenecker, K.L. / Pratt, S.D. / Panchal, S.C. / Clark, R.F. / Lake, M. / Gopalakrishnan, S.M. / Raich, D. / Sun, C. / Petros, A.M.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7886
ポリマ－111,1902
非ポリマー5994
水9,692538
1
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8943
ポリマ－55,5951
非ポリマー2992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8943
ポリマ－55,5951
非ポリマー2992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.815, 106.759, 83.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 55594.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / Cell (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-AOY / (3E)-3-[(phenylamino)methylidene]oxan-2-one


分子量: 203.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 10K, sodium chloride, glycerol, Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→51.697 Å / Num. obs: 63067 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.228 / Rsym value: 0.228 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.99→1.996 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.831 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GVJ

2gvj


解像度: 1.99→22.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.201 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.169
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 3239 5.15 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 62927 86.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 103.28 Å2 / Biso mean: 20.89 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.007 Å20 Å2-1.1034 Å2
2--1.1364 Å20 Å2
3---4.8706 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→22.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7422 0 40 538 8000
Biso mean--21.18 28.52 -
残基数----928
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2642SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes194HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1100HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7638HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion972SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9118SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7638HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10350HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.15
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 249 4.66 %
Rwork0.2321 5098 -
all0.2335 5347 -
obs--99.8 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る