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- PDB-5wg6: Human Polycomb Repressive Complex 2 in complex with GSK126 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wg6
タイトルHuman Polycomb Repressive Complex 2 in complex with GSK126 inhibitor
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Polycomb protein SUZ12 (E.C.2.1.1.43) chimera
  • Polycomb protein EED
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / complex / epigenetics / transferase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway ...hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cerebellar cortex development / primary miRNA binding / random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / histone H3K27 methyltransferase activity / sex chromatin / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / RSC-type complex / negative regulation of stem cell differentiation / protein-lysine N-methyltransferase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / chromatin silencing complex / histone H3K9me2/3 reader activity / pronucleus / positive regulation of dendrite development / G1 to G0 transition / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spinal cord development / lncRNA binding / negative regulation of gene expression, epigenetic / synaptic transmission, GABAergic / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / positive regulation of MAP kinase activity / pericentric heterochromatin / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / ribonucleoprotein complex binding / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / nucleosome binding / keratinocyte differentiation / protein localization to chromatin / liver regeneration / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / SUMOylation of chromatin organization proteins / cellular response to leukemia inhibitory factor / B cell differentiation / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / hippocampus development / stem cell differentiation / enzyme activator activity / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of circadian rhythm / protein-DNA complex / protein modification process / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cellular response to hydrogen peroxide / HCMV Early Events / rhythmic process / transcription corepressor activity / heterochromatin formation / response to estradiol / chromosome / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / methylation / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / nuclear body / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / synapse / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain ...Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Zinc finger C2H2 type domain signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A9G / Polycomb protein EED / Polycomb protein SUZ12 / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.901 Å
データ登録者Bratkowski, M.A. / Liu, X.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114576 米国
Welch FoundationI-1790 米国
Rita Allen Foundation 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)R1119 米国
UT Southwestern Endowed Scholar Fund 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121662 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: An Evolutionarily Conserved Structural Platform for PRC2 Inhibition by a Class of Ezh2 Inhibitors.
著者: Bratkowski, M. / Yang, X. / Liu, X.
履歴
登録2017年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Polycomb protein SUZ12 (E.C.2.1.1.43) chimera
B: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Polycomb protein SUZ12 (E.C.2.1.1.43) chimera
D: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,59421
ポリマ－299,0214
非ポリマー1,57317
水00
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Polycomb protein SUZ12 (E.C.2.1.1.43) chimera
B: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,56011
ポリマ－149,5102
非ポリマー1,0509
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area38980 Å2
手法PISA
2
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Polycomb protein SUZ12 (E.C.2.1.1.43) chimera
D: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,03410
ポリマ－149,5102
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area39680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.880, 243.880, 243.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Polycomb protein SUZ12 (E.C.2.1.1.43) chimera / ENX-1 / Enhancer of zeste homolog 2 / Lysine N-methyltransferase 6


分子量: 99155.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EZH2, KMT6, SUZ12, CHET9, JJAZ1, KIAA0160 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q15910, UniProt: Q15022, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 50354.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O75530
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-A9G / 1-[(2S)-butan-2-yl]-N-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3-methyl-6-[6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl]-1H-indole-4-carboxamide


分子量: 526.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H38N6O2
配列の詳細THIS MUTATION INADVERTENTLY OCCURRED DURING CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 200 mM ammonium citrate pH 7.2, 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. obs: 33621 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.2 % / CC1/2: 0.932 / Rmerge(I) obs: 0.375 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 3.9→3.97 Å / 冗長度: 26.2 % / Rmerge(I) obs: 4.734 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 1643 / CC1/2: 0.646 / Rpim(I) all: 0.939 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IJ7

5ij7


解像度: 3.901→40.647 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 1367 5.1 %
Rwork0.242 --
obs0.245 26797 79.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.901→40.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13419 0 55 0 13474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75418557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2898310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9013-4.04070.2984520.2639786X-RAY DIFFRACTION25
4.0407-4.20230.38780.24761192X-RAY DIFFRACTION38
4.2023-4.39330.2689950.2381707X-RAY DIFFRACTION54
4.3933-4.62470.3021350.24272519X-RAY DIFFRACTION80
4.6247-4.91390.28121510.23663125X-RAY DIFFRACTION98
4.9139-5.29260.28452020.24553122X-RAY DIFFRACTION100
5.2926-5.82380.31661720.25323163X-RAY DIFFRACTION100
5.8238-6.66340.34721490.2673216X-RAY DIFFRACTION100
6.6634-8.3830.37331580.24923261X-RAY DIFFRACTION100
8.383-40.64890.24961750.21673339X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -68.3387 Å / Origin y: -22.3818 Å / Origin z: -37.2141 Å
111213212223313233
T0.1831 Å20.0389 Å2-0.4267 Å2-0.2862 Å2-1.0687 Å2---0.4854 Å2
L-0.1169 °20.1145 °20.108 °2-0.0743 °20.1946 °2--0.3604 °2
S0.0824 Å °-0.0931 Å °-0.3512 Å °0.1121 Å °0.1887 Å °-0.4116 Å °0.2265 Å °0.5964 Å °-0.2484 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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