[日本語] English
万見
- PDB-5vn5: Crystal structure of LigY from Sphingobium sp. strain SYK-6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vn5
タイトルCrystal structure of LigY from Sphingobium sp. strain SYK-6
要素2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
キーワードHYDROLASE / amidohydrolase / lignin degradation / meta-cleavage product hydrolase
機能・相同性2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / carboxy-lyase activity / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase / hydrolase activity / 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
機能・相同性情報
生物種Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kuatsjah, E. / Chan, A.C.K. / Kobylarz, M.J. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Genome Canada2108 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)171359 カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The bacterialmeta-cleavage hydrolase LigY belongs to the amidohydrolase superfamily, not to the alpha / beta-hydrolase superfamily.
著者: Kuatsjah, E. / Chan, A.C.K. / Kobylarz, M.J. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D.
履歴
登録2017年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
B: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
C: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5897
ポリマ－114,3583
非ポリマー2324
水9,638535
1
A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
B: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
C: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
ヘテロ分子

A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
B: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
C: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,17914
ポリマ－228,7166
非ポリマー4638
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area19580 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area63960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.020, 195.361, 178.249
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-561-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase


分子量: 38119.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NBRC 103272
由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
遺伝子: ligY, SLG_07750 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G2IN02
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-Cl, pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate, ~24% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→59.42 Å / Num. obs: 82888 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 23.28 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.946.10.5150.8250.2260.563100
9.87-59.425.30.0390.9980.0180.04399.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.35 Å48.23 Å
Translation5.35 Å48.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.14データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→54.614 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 4252 5.13 %Random selection
Rwork0.1624 ---
obs0.1638 82836 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.58 Å2 / Biso mean: 34.4641 Å2 / Biso min: 12.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→54.614 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7838 0 4 535 8377
Biso mean--24.92 34.35 -
残基数----998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85311073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4574849
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9-1.92160.23411480.216425572705
1.9216-1.94420.25661270.207326012728
1.9442-1.96790.2371630.203825622725
1.9679-1.99280.22081310.197926232754
1.9928-2.0190.23121450.18625592704
2.019-2.04670.20441540.193525942748
2.0467-2.07590.21511340.184326052739
2.0759-2.10690.21771370.175325682705
2.1069-2.13990.20541360.177726412777
2.1399-2.17490.20451450.167125632708
2.1749-2.21240.22251390.164126122751
2.2124-2.25270.20091360.162525772713
2.2527-2.2960.14941220.156926502772
2.296-2.34290.19321450.154425802725
2.3429-2.39380.19111590.157626042763
2.3938-2.44950.19281530.160325672720
2.4495-2.51080.19521590.164526262785
2.5108-2.57860.18951170.154626082725
2.5786-2.65450.18691520.16125992751
2.6545-2.74020.21131360.162326412777
2.7402-2.83810.19231500.152226122762
2.8381-2.95180.18441410.157426022743
2.9518-3.08610.17521480.156126322780
3.0861-3.24880.17871330.15926352768
3.2488-3.45230.2091480.157826192767
3.4523-3.71880.17011500.144226502800
3.7188-4.09290.16641490.138326682817
4.0929-4.68490.13811390.134326742813
4.6849-5.90130.16671270.161427172844
5.9013-54.63660.22571290.204628382967
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2597-0.54941.50382.6028-0.37862.5464-0.1734-0.14310.24450.32230.0146-0.0277-0.56490.08050.11270.2348-0.0427-0.01320.2305-0.00640.1893-11.4979-5.1928-14.0433
21.10990.15470.2431.8516-0.01291.3851-0.01340.06860.01140.0126-0.0133-0.1586-0.14170.2963-0.00210.0905-0.0295-0.00060.24150.02980.1682-7.551-16.7553-25.4315
32.78960.13630.5682.83730.60351.98460.10740.0525-0.3837-0.01210.0116-0.24050.35930.2794-0.15630.13280.05-0.03890.20260.06150.2628-10.2041-36.1348-18.0446
42.0605-0.38010.43442.53050.39591.4061-0.0492-0.3473-0.15050.5030.06-0.22250.13910.3358-0.03710.22530.0086-0.07250.31830.05160.2017-6.0338-24.6694-4.7321
50.92350.2636-0.73042.387-1.22991.04390.37170.0574-0.3791-0.44240.1590.26950.7641-0.4822-0.1850.448-0.1184-0.19630.28920.10230.4202-35.4105-47.4694-37.9681
60.1763-0.07-0.10161.7017-1.08150.83370.3344-0.0161-0.5619-0.14020.00010.18060.9762-0.5299-0.1280.6345-0.2092-0.26570.14340.13570.4882-33.2825-50.6206-31.8459
70.90090.32050.36760.6716-0.21331.10180.1475-0.2042-0.133-0.10880.17420.21360.3535-0.70.02080.0338-0.0967-0.0250.42070.14470.3323-36.9313-34.4647-24.0454
82.12870.8347-0.14233.81150.64833.2320.1676-0.4264-0.05930.3369-0.04850.13070.0547-0.2635-0.11690.1468-0.03370.01410.27710.06970.161-25.7649-32.1871-9.3762
90.85080.805-0.12080.96370.46373.18820.3395-0.3797-0.44810.11930.20470.15350.8894-0.09450.66360.4689-0.1013-0.11880.29960.21690.3905-25.5204-49.7312-12.5454
101.0129-0.4281-0.10492.79081.26551.481-0.1145-0.1490.05450.3935-0.0045-0.3422-0.30690.2257-0.05840.4508-0.0261-0.09650.1854-0.00770.2173-26.388210.726-18.2047
110.967-0.2072-0.0491.3031-0.09541.6832-0.0603-0.0119-0.02070.1269-0.04490.183-0.2034-0.15530.11130.24420.0225-0.03030.124-0.02590.1748-39.13978.7301-28.916
121.2514-0.5614-0.86811.9424-0.19141.2573-0.0265-0.01560.14580.2391-0.11040.0095-0.8078-0.09690.09720.57590.0455-0.1140.1657-0.0160.2487-35.568127.0634-34.8235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 82 )A1 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 225 )A83 - 225
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 226 through 272 )A226 - 272
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 273 through 332 )A273 - 332
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 37 )B1 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 103 )B38 - 103
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 104 through 225 )B104 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 226 through 272 )B226 - 272
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 273 through 332 )B273 - 332
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 82 )C1 - 82
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 83 through 225 )C83 - 225
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 226 through 334 )C226 - 334

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る