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- PDB-5wfc: Humanized mutant of the Chaetomium thermophilum Polycomb Repressi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wfc
タイトルHumanized mutant of the Chaetomium thermophilum Polycomb Repressive Complex 2 bound to the inhibitor GSK343
要素
  • Histone H3.1
  • Histone-lysine-N-methyltransferase EZH2, Polycomb protein SUZ12 chimera
  • Polycomb Protein EED
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / transferase / inhibitor / complex / epigenetics / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / histone methyltransferase activity / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation ...[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / histone methyltransferase activity / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / methylation / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EZH2, N-terminal domain / MCSS domain / : / : / Fungal MCSS domain / EZH2 N-terminal domain / Fungal polycomb repressive complex 2, Ezh2-like, preSET CXC domain / Polycomb protein EED insertion domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein ...EZH2, N-terminal domain / MCSS domain / : / : / Fungal MCSS domain / EZH2 N-terminal domain / Fungal polycomb repressive complex 2, Ezh2-like, preSET CXC domain / Polycomb protein EED insertion domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A97 / Polycomb protein SUZ12 / Polycomb protein EED / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.282 Å
データ登録者Bratkowski, M.A. / Liu, X.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114576 米国
Welch FoundationI-1790 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)R1119 米国
Rita Allen Foundation 米国
University of Texas Medical Center Endowed Scholar Fund 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121662 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: An Evolutionarily Conserved Structural Platform for PRC2 Inhibition by a Class of Ezh2 Inhibitors.
著者: Bratkowski, M. / Yang, X. / Liu, X.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb Protein EED
B: Histone-lysine-N-methyltransferase EZH2, Polycomb protein SUZ12 chimera
D: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,03412
ポリマ－173,9693
非ポリマー1,0659
水11,458636
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10630 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area53970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.587, 137.794, 222.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-8469-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Polycomb Protein EED


分子量: 66021.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0029920 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G0S8H7
#2: タンパク質 Histone-lysine-N-methyltransferase EZH2, Polycomb protein SUZ12 chimera


分子量: 106801.656 Da / 分子数: 1 / Mutation: P302I, R304Y, E850K, N851Y, K852M, V853C, Y855F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0053230, CTHT_0006210 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G0SDW4, UniProt: G0RYC6

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#3: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 1146.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431

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非ポリマー , 3種, 645分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-A97 / N-[(6-methyl-2-oxo-4-propyl-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-6-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-4-yl]-1-(propan-2-yl)-1H-indazole-4-carboxamide / GSK-343


分子量: 541.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N7O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % / 解説: Plate
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM sodium malonate pH 7.0, 16% PEG 3350, 43 mM 3-cyclohexyl-1-propylphosphocholine

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.282→50 Å / Num. obs: 79303 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.925 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.126 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 3729 / CC1/2: 0.476 / Rpim(I) all: 0.454 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BJS

5bjs


解像度: 2.282→44.723 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2031 4072 5.14 %
Rwork0.1665 --
obs0.1684 79297 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.282→44.723 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9866 0 48 636 10550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88113777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9726967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2816-2.30850.2773850.20281588X-RAY DIFFRACTION59
2.3085-2.33660.2544920.21392018X-RAY DIFFRACTION75
2.3366-2.36620.2851180.20862152X-RAY DIFFRACTION82
2.3662-2.39730.26861410.19852378X-RAY DIFFRACTION89
2.3973-2.43020.25321370.19642510X-RAY DIFFRACTION95
2.4302-2.46490.24421320.18752638X-RAY DIFFRACTION99
2.4649-2.50170.23631440.19072684X-RAY DIFFRACTION100
2.5017-2.54080.23091290.17732660X-RAY DIFFRACTION100
2.5408-2.58240.24951440.18032690X-RAY DIFFRACTION100
2.5824-2.62690.2371560.17852635X-RAY DIFFRACTION100
2.6269-2.67470.20141590.17312678X-RAY DIFFRACTION100
2.6747-2.72610.21961390.17322657X-RAY DIFFRACTION100
2.7261-2.78180.23111360.17622676X-RAY DIFFRACTION100
2.7818-2.84220.23051540.17372654X-RAY DIFFRACTION100
2.8422-2.90830.23121600.17182654X-RAY DIFFRACTION100
2.9083-2.98110.2291450.17332666X-RAY DIFFRACTION100
2.9811-3.06160.23621550.1772671X-RAY DIFFRACTION100
3.0616-3.15170.22491410.17942696X-RAY DIFFRACTION100
3.1517-3.25340.21331200.17452702X-RAY DIFFRACTION100
3.2534-3.36970.22661630.16492671X-RAY DIFFRACTION100
3.3697-3.50450.19041440.15972678X-RAY DIFFRACTION100
3.5045-3.6640.19841490.15912679X-RAY DIFFRACTION100
3.664-3.8570.18791360.15972696X-RAY DIFFRACTION100
3.857-4.09850.15291540.14572722X-RAY DIFFRACTION100
4.0985-4.41470.16651520.13582686X-RAY DIFFRACTION100
4.4147-4.85850.19211570.13832714X-RAY DIFFRACTION100
4.8585-5.56040.15761490.14092734X-RAY DIFFRACTION100
5.5604-7.00120.19451400.17922777X-RAY DIFFRACTION100
7.0012-44.73160.16981410.18072861X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.4105 Å / Origin y: 17.4473 Å / Origin z: -34.5652 Å
111213212223313233
T0.172 Å2-0.0632 Å2-0.0282 Å2-0.186 Å20.0324 Å2--0.1739 Å2
L0.6233 °2-0.0583 °2-0.0065 °2-0.5621 °20.0091 °2--0.588 °2
S0.0574 Å °0.1043 Å °0.0203 Å °0.0342 Å °-0.0284 Å °-0.0055 Å °-0.1332 Å °0.1265 Å °-0.0372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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