PDB-5wcc: Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wcc

タイトル

Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibody VRC 315 02-1F07 Fab.

要素

(VRC 315 02-1F07 Fab ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / human vaccine trial

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.461 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Andrews, S.F. / Mascola, J.R. / McDermott, A.B. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Preferential induction of cross-group influenza A hemagglutinin stem-specific memory B cells after H7N9 immunization in humans.
著者: Andrews, S.F. / Joyce, M.G. / Chambers, M.J. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Leung, K. / Yang, E.S. / Tsybovsky, Y. / Wheatley, A.K. / Crank, M.C. / Boyington, J.C. / Prabhakaran, M.S. / ...

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5wcc.ent.gz	286.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5wcc_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wcc_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5wcc_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	5wcc_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ty6SC 5u4rC 5wcaC 5wcdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uz8-1 4qhm-1 1mcq-d 3tnn-3 3lrs-1 6pzh-1 4d9l-3 5cgy-1 5jo5-3 5f88-1 2gfb-2 5mtl-2 5jo5-4 5t78-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: VRC 315 02-1F07 Fab Heavy chain

L: VRC 315 02-1F07 Fab Light chain

A: VRC 315 02-1F07 Fab Heavy chain

B: VRC 315 02-1F07 Fab Light chain

ヘテロ分子

100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: VRC 315 02-1F07 Fab Heavy chain

L: VRC 315 02-1F07 Fab Light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Heavy and light chain form a dimer.
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: VRC 315 02-1F07 Fab Heavy chain

B: VRC 315 02-1F07 Fab Light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.217, 70.581, 94.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-487- HOH
2	1	B-492- HOH

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体	VRC 315 02-1F07 Fab Heavy chain 分子量: 24275.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	VRC 315 02-1F07 Fab Light chain 分子量: 23190.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 306分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 分子量: 1529.829 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₉H₁₄₀O₃₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 40% (w/v) PEG-400, 11% (w/v) PEG-8000, 0.1 M Tris, pH 8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→46.624 Å / Num. obs: 39756 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 11.56
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / R_merge(I) obs: 0.861

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TY6

5ty6

解像度: 2.461→46.624 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	1996	5.02 %
R_work	0.2029	-	-
obs	0.2048	39748	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.461→46.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6514	0	69	297	6880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.586	9183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.52	4015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1162

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4615-2.523	0.3142	136	0.2721	2481	X-RAY DIFFRACTION	92
2.523-2.5912	0.2795	131	0.2525	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5912-2.6675	0.2789	142	0.2518	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6675-2.7536	0.3089	130	0.2441	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7536-2.852	0.2644	143	0.2386	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.852-2.9661	0.2583	150	0.2218	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9661-3.1011	0.2478	132	0.2304	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1011-3.2645	0.2768	126	0.2237	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2645-3.469	0.244	160	0.205	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.469-3.7368	0.221	148	0.1895	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7368-4.1126	0.2229	152	0.184	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1126-4.7072	0.203	144	0.1578	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7072-5.9287	0.1872	140	0.1795	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9287-46.6324	0.2724	162	0.2088	2789	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5416	-0.505	0.1669	2.12	-0.4607	0.9405	0.1188	0.1439	-0.3448	-0.0496	0.0019	-0.1111	0.2411	0.4621	0.0174	0.292	0.0934	0.0418	0.4487	-0.0471	0.3064	172.8172	-0.9424	88.2179
2	1.7132	-0.0539	0.0437	0.9196	-0.2082	0.7848	-0.2869	-0.1843	-0.1654	0.0311	0.0691	-0.0245	0.3332	0.3025	-0.7031	0.2215	-0.0011	-0.1009	0.0414	-0.0264	0.1969	161.7515	4.9426	97.0478
3	3.3908	-0.7556	-0.5421	4.7482	0.691	3.3034	-0.2325	-0.2569	-0.1547	-0.0533	0.0217	0.0573	0.2945	-0.0498	0.1393	0.3965	-0.0154	0.0113	0.2065	0.0468	0.3262	140.5454	-1.7288	109.5183
4	0.8542	-0.1582	0.5738	0.2835	-0.1418	0.3928	-0.3096	-0.0038	0.8998	0.4305	0.0618	-0.425	-0.0476	0.0306	-0.0108	0.3785	-0.0192	-0.0708	0.3066	-0.0425	0.3338	161.1812	24.4832	95.1521
5	0.3607	-0.5006	-0.1395	0.7334	0.147	0.1514	0.1629	0.1308	0.0405	-0.1469	-0.2778	-0.0897	-0.0303	0.4068	-0.1142	0.3476	-0.0689	0.0562	0.5018	0.022	0.2914	166.7104	16.6455	88.04
6	0.8381	-0.6491	-0.786	1.12	0.3277	1.3197	0.0346	0.2748	0.3471	0.092	0.0141	-0.1793	-0.3161	0.4982	-0.0009	0.2643	-0.1307	-0.0218	0.3137	0.0256	0.3809	166.8898	20.7793	88.6501
7	1.2455	-0.4182	0.6312	2.3414	-1.58	3.7342	-0.0116	-0.1935	-0.1596	0.1364	0.01	-0.1841	0.0375	0.0722	-0.0393	0.312	0.0205	-0.0253	0.2188	0.0068	0.327	151.7946	10.0977	111.9021
8	5.2967	-1.4332	3.334	3.5295	1.8572	4.4701	0.1406	-0.5661	-0.3079	1.0139	0.2809	0.2538	-0.1979	-0.321	-0.1435	0.338	0.052	-0.0033	0.3096	0.0338	0.3243	150.407	14.8518	120.0194
9	1.5833	0.439	0.8453	2.3037	-0.6353	1.5303	0.0027	-0.3263	0.3026	0.1055	-0.2678	-0.0649	-0.1837	0.2813	0	0.3478	-0.0628	-0.0454	0.4767	-0.0346	0.2836	147.298	-24.4673	151.2946
10	1.2687	-0.0444	0.5275	0.484	1.1581	2.9344	-0.0763	-0.3883	0.1619	0.1404	-0.3694	-0.5365	-1.4444	0.2116	-0.5701	0.0358	-0.032	-0.0528	0.1085	-0.0206	0.189	143.6325	-25.2473	142.4176
11	2.6637	-0.2234	-0.8087	4.304	-0.5668	2.4403	0.0929	0.2291	-0.0039	-0.0355	-0.0669	0.0036	-0.1592	0.18	0.0208	0.3743	-0.0117	0.0303	0.2218	0.0363	0.3613	139.9126	-25.0021	112.6421
12	0.7386	-0.2732	0.6614	0.1614	-0.335	0.94	0.0626	0.4031	0.0561	-0.0934	-0.1021	-0.1022	0.794	0.6753	-0.1765	0.3543	0.1122	0.1113	0.3099	0.0168	0.4191	141.6361	-49.9654	136.2575
13	0.459	0.2979	0.2179	0.4693	0.2395	0.5193	0.1419	0.2402	-0.5185	0.3911	0.2184	-0.6452	0.6793	0.8008	0.2605	0.5101	0.216	-0.0885	0.608	0.0756	0.7653	153.346	-49.4804	148.0159
14	0.7431	0.2654	-0.9513	1.4169	0.2884	1.2445	-0.018	-0.5722	-0.0928	0.2056	-0.0345	-0.1238	0.2313	0.1899	-0.021	0.2968	0.0676	-0.0695	0.345	0.0725	0.2902	142.5996	-44.7883	146.7231
15	2.7176	1.1951	-1.9047	0.8419	-1.3942	2.2432	-0.0396	0.0544	0.1446	-0.0419	0.0027	-0.0876	-0.1543	0.1257	0.0039	0.3025	-0.0292	0.0039	0.1782	-0.011	0.3258	146.2442	-36.1834	120.4737
16	4.6752	1.7985	-2.3682	5.9967	-2.5253	4.5066	-0.3165	0.1611	-0.058	-0.6134	-0.0781	-0.9719	0.1271	0.5366	0.2636	0.3396	-0.0467	-0.0118	0.3461	0.0279	0.4604	156.7231	-36.6244	114.6204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 95 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 96 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 135 through 216 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 2 through 25 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 26 through 48 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 49 through 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 102 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 198 through 211 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1 through 95 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 96 through 119 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 120 through 216 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 3 through 18 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 19 through 32 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 33 through 101 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 102 through 180 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 181 through 211 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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