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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wbj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the arabidopsis thaliana Raptor in complex with the TOS peptide of human 4EBP1 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / Raptor / TOS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of shoot apical meristem identity / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / TORC1 complex / embryo development ending in seed dormancy / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / mTORC1-mediated signalling / TOR signaling / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation ...maintenance of shoot apical meristem identity / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / TORC1 complex / embryo development ending in seed dormancy / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / mTORC1-mediated signalling / TOR signaling / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of autophagy / kinase binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of translation / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Pavletich, N.P. / Jiang, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Mechanisms of mTORC1 activation by RHEB and inhibition by PRAS40. 著者: Haijuan Yang / Xiaolu Jiang / Buren Li / Hyo J Yang / Meredith Miller / Angela Yang / Ankita Dhar / Nikola P Pavletich / 要旨: The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) controls cell growth and metabolism in response to nutrients, energy levels, and growth factors. It contains the atypical kinase mTOR and the ...The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) controls cell growth and metabolism in response to nutrients, energy levels, and growth factors. It contains the atypical kinase mTOR and the RAPTOR subunit that binds to the Tor signalling sequence (TOS) motif of substrates and regulators. mTORC1 is activated by the small GTPase RHEB (Ras homologue enriched in brain) and inhibited by PRAS40. Here we present the 3.0 ångström cryo-electron microscopy structure of mTORC1 and the 3.4 ångström structure of activated RHEB-mTORC1. RHEB binds to mTOR distally from the kinase active site, yet causes a global conformational change that allosterically realigns active-site residues, accelerating catalysis. Cancer-associated hyperactivating mutations map to structural elements that maintain the inactive state, and we provide biochemical evidence that they mimic RHEB relieving auto-inhibition. We also present crystal structures of RAPTOR-TOS motif complexes that define the determinants of TOS recognition, of an mTOR FKBP12-rapamycin-binding (FRB) domain-substrate complex that establishes a second substrate-recruitment mechanism, and of a truncated mTOR-PRAS40 complex that reveals PRAS40 inhibits both substrate-recruitment sites. These findings help explain how mTORC1 selects its substrates, how its kinase activity is controlled, and how it is activated by cancer-associated mutations. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wbj.cif.gz | 441.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wbj.ent.gz | 360.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wbj_validation.pdf.gz | 441.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wbj_full_validation.pdf.gz | 451.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wbj_validation.xml.gz | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wbj_validation.cif.gz | 48.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 141855.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RAPTOR1, RAPTOR1B, At3g08850, T16O11.22 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q93YQ1 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2298.424 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 99-118 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13541 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % / Mosaicity: 0.4 ° |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: tacsimate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→80 Å / Num. obs: 31652 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.424 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 196625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WBI 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 54.688 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.466 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.215 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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