PDB-5wbi: Crystal structure of the Arabidopsis thaliana Raptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wbi

タイトル

Crystal structure of the Arabidopsis thaliana Raptor

要素

Regulatory-associated protein of TOR 1

キーワード

PROTEIN BINDING / FRB

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of shoot apical meristem identity / TORC1 complex / embryo development ending in seed dormancy / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / TOR signaling / negative regulation of autophagy / kinase binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Pavletich, N.P. / Jiang, X.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Mechanisms of mTORC1 activation by RHEB and inhibition by PRAS40.
著者: Haijuan Yang / Xiaolu Jiang / Buren Li / Hyo J Yang / Meredith Miller / Angela Yang / Ankita Dhar / Nikola P Pavletich /

要旨: The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) controls cell growth and metabolism in response to nutrients, energy levels, and growth factors. It contains the atypical kinase mTOR and the ...

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wbi.cif.gz	434.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wbi.ent.gz	354.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wbi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wbi_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wbi_full_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示
XML形式データ	5wbi_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	5wbi_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7086C 7087C 5wbhC 5wbjC 5wbkC 5wblC 5wbuC 5wbyC 6bcuC 6bcxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wbj-d 5wbk-d 5wbl-d 5he3-d 5ef5-1 5wg4-d 6c2y-d 4mk0-d 3pvw-d 5he0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory-associated protein of TOR 1

142 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.123, 112.551, 134.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Regulatory-associated protein of TOR 1 / Protein RAPTOR 1 / Protein RAPTOR 1B / AtRaptor1b 分子量: 141855.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RAPTOR1, RAPTOR1B, At3g08850, T16O11.22 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q93YQ1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 % / Mosaicity: 0.714 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: tacsimate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 27193 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.763 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 83089

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3-3.11	3	0.533	2674	2674	0.713	0.362	0.648	1.746	97.3
3.11-3.23	3.1	0.397	2652		0.827	0.268	0.481	1.822	97.4
3.23-3.38	3.1	0.262	2673		0.913	0.177	0.318	1.771	96.9
3.38-3.56	3.1	0.189	2670		0.95	0.126	0.228	1.846	97.2
3.56-3.78	3.1	0.123	2685		0.978	0.082	0.149	1.824	97.5
3.78-4.07	3.1	0.092	2723		0.988	0.061	0.11	1.769	97.7
4.07-4.48	3.1	0.066	2748		0.993	0.044	0.08	1.764	98.2
4.48-5.13	3.1	0.053	2732		0.994	0.036	0.064	1.726	98.5
5.13-6.46	3	0.058	2770		0.993	0.04	0.071	1.829	97.8
6.46-50	3	0.033	2866		0.998	0.022	0.04	1.541	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 48.25 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26771	1007	4 %	RANDOM
R_work	0.22735	-	-	-
obs	0.229	24264	91.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.967 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8311	0	0	0	8311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	8503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7982
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.961	11552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.972	3	18494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.519	5	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.044	23.678	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.523	15	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.376	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.426	1.907	4225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.426	1.906	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.292	3.81	5269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.291	3.81	5270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.122	1.939	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.122	1.939	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.865	3.84	6283
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.758	42.866	9276
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.758	42.865	9276
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.479	64	-
R_work	0.374	1525	-
obs	-	-	79.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8095	0.4311	-0.2019	1.4896	-0.9911	3.2372	0.003	-0.7528	-0.331	0.7152	-0.1362	0.4265	0.2385	-0.1268	0.1333	0.6477	-0.0878	0.1876	0.6209	-0.1093	0.5717	-34.898	-66.928	39.664
2	4.2676	-1.0267	-1.4237	5.1176	1.147	3.9125	0.0848	0.1269	-0.203	-0.0686	-0.1376	0.0169	0.1233	0.0891	0.0527	0.215	-0.033	-0.081	0.37	-0.0447	0.2773	-24.353	-61.914	19.558
3	2.168	3.4213	1.1336	6.2462	0.8198	5.1518	-0.015	0.0466	-0.1375	0.0062	-0.0534	0.167	-0.0704	-0.1349	0.0683	0.3363	-0.0037	-0.0568	0.2645	-0.0186	0.3325	-19.58	-39.638	17.266
4	3.6584	0.5943	2.0662	6.1529	-0.5135	3.0185	-0.0641	0.1547	0.0285	0.0591	-0.11	-0.1473	0.1787	0.0182	0.1742	0.2868	0.0532	-0.1034	0.1185	0.0304	0.2427	-8.592	-24.188	25.525
5	2.1773	-1.1922	-0.0472	4.2204	0.8485	4.2657	-0.0068	-0.4314	-0.0053	0.4185	0.0206	0.0214	-0.0434	-0.2182	-0.0137	0.2379	-0.0262	-0.0855	0.1841	0.1063	0.2418	-9.364	-2.957	29.708
6	2.4616	0.1501	0.6433	3.2926	-0.8059	2.6754	-0.061	0.1344	0.0107	-0.1804	0.1389	0.205	0.1005	-0.2748	-0.0778	0.0132	-0.0185	-0.012	0.1404	0.0421	0.0227	-25.454	14.925	0.305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	106 - 303
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	372 - 404
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	304 - 371
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	405 - 437
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	438 - 534
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	90 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	535 - 599
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	966 - 978
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	75 - 89
12	X-RAY DIFFRACTION	5	A	609 - 865
13	X-RAY DIFFRACTION	5	A	957 - 965
14	X-RAY DIFFRACTION	6	A	985 - 1339
15	X-RAY DIFFRACTION	6	A	61 - 74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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